부동산을 양도한 원고가 필요경비로 신고한 공사비를 세무당국이 재조사하여 세금을 부과하자, 이를 중복 세무조사라며 취소를 청구함.

【원 고】 원고 (소송대리인 변호사 임윤태 외 1인) 【피 고】 동대문세무서장 【변론종결】2016. 5. 13. 【주 문】 1. 피고가 2014. 10. 1. 원고에 대하여 한 2012년 귀속 양도소득세 161,811,470원(가산세 67,040,485원 포함)의 부과처분을 취소한다. 2. 소송비용은 피고가 부담한다. 【청구취지】 주문과 같다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 2004. 10. 12. 포항시 북구 (주소 생략) 토지 6559㎡ 및 그 지상 건물 2244㎡(공장 1800㎡, 사무실 228㎡, 후생동 216㎡)(이하 위 토지 및 건물을 모두 합하여 이 사건 부동산)을 621,100,000원에 경매로 취득하고, 2012. 2. 26. ○○○ 주식회사(구 △△△ 주식회사, 이하 이 사건 양수법인)에 1,350,000,000원에 양도하였다. 나. 원고는 2012. 4. 27. 양도소득세를 신고하면서, 원고가 2004. 11. 1.부터 2005. 6. 1.사이에 이 사건 부동산 건물에 대한 리모델링 공사(이하 이 사건 공사)를 하여 □□□ 주식회사(이하 시공업체)에 이 사건 공사비 285,000,000원을 지급하였고, 그 외에 전기승압공사비 26,500,000원을 지급하였음을 이유로 이들을 필요경비로 신고하였다. 다. 강동세무서장은 2012. 10. 4.부터 2012. 10. 23.까지 세무조사(이하 1차 세무조사)를 실시하였는데, 원고는 이 사건 공사에 대한 공사계약서 및 공사내역서, 이 사건 양수법인이 2006. 12. 19. 이 사건 부동산을 원고로부터 임차할 당시 이 사건 부동산 건물에 리모델링공사가 되어 있었다는 취지의 이 사건 양수법인 대표 소외 1의 확인서, 이 사건 공사에 대한 지출내역을 나타내는 금융거래내역을 제출하였고, 이에 강동세무서장은 위 전기승압공사비는 부인하고 이 사건 공사비는 필요경비로 인정하는 것으로 세무조사를 종결하였다. 라. 그 후 국세청은 강동세무서에 대한 업무감사를 실시하여 시공업체가 공사비에 대한 세금계산서를 발급하지 않았고, 원고가 제시한 공사비 지급내역도 수취자 미확인 등으로 신빙성이 없다는 이유로, 이 사건 공사가 실제 진행되었는지를 검토하여 원고에 대한 양도소득세를 재경정하도록 시정지시를 하였다. 마. 강동세무서장은 위 시정지시에 따라 조사담당 공무원으로 하여금 2014. 7. 23.부터 2014. 7. 25.까지 이 사건 부동산을 방문하게 하여, 이 사건 양수법인의 대표 소외 1 및 직원 소외 2에게 질문을 하고 그들로부터 소외 1 명의의 위 확인서가 위조되었고, 이 사건 부동산 건물에 리모델링공사가 이루어지지 않았다는 취지의 진술서 및 관련장부를 제출받은 후(이하 이 사건 조사), 이 사건 공사가 실제로 이루어지지 않았다고 보아 이 사건 공사비를 부인하였고, 원고의 주소지를 관할하는 피고는 2014. 10. 1. 원고에 대하여 2012년 귀속 양도소득세 161,811,470원(가산세 67,040,485원 포함)을 부과하는 처분(이하 이 사건 처분)을 하였다. 바. 원고는 이에 조세심판원에 심사청구를 하였으나 2015. 5. 6. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1, 3, 5, 6, 을 1, 2, 3, 7, 10, 변론 전체의 취지 2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 1) 이 사건 조사는 1차 세무조사 이후에 이루어진 별개의 세무조사이다. 따라서 이 사건 처분은 중복 세무조사에 기한 처분으로서 위법하다. 2) 원고가 이 사건 공장을 낙찰 받았을 당시 공장이 너무 낡아서 대수선을 하지 않으면 쓸 수 없는 상태였다. 원고는 이 사건 업체에 대금을 지급한 객관적 증빙자료를 제출하지 못하였을 뿐 시공업체에 공사비를 지급한 것은 사실이다. 나. 판단 1) 먼저 이 사건 처분이 위법한 중복조사에 기한 것으로서 위법하다는 주장에 대하여 본다. 세무조사란 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부·서류 또는 그 밖의 물건을 검사·조사하거나 그 제출을 명하는 것(국세기본법 제81조의2 제2항 제1호)을 의미하는데, 과세관청으로 하여금 과세자료의 수집과 신고내용의 정확성을 검증하여 조세의 탈루를 막고 납세자의 성실한 신고를 담보함으로써 종국적으로는 적정하고 공평한 과세를 달성하기 위한 것이다. 그러나 세무조사의 상대방인 납세자 등으로서는 이를 거부할 경우 과태료의 제재 등을 받게 되어 사실상 세무조사에 응할 수밖에 없는데, 그 과정에서 개인의 재산권, 프라이버시권 및 영업의 자유 등 기본권의 일정 부분이 제한받을 수밖에 없다. 이에 국세기본법은 납세자의 권익을 증진하고 세무행정의 선진화를 위하여 제81조의4 제2항에서 "세무공무원은 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 원칙적으로 재차 세무조사를 할 수 없다."라고 중복세무조사금지의 원칙을 규정하면서도, 일률적으로 모든 경우에 중복세무조사를 금지함으로써 조세공평에 반하는 불합리한 결과가 발생하는 것을 방지하기 위하여 같은 항 각 호에서 예외적으로 중복세무조사를 할 수 있는 경우를 규정함으로써 조세공평이라는 공익과 개인의 기본권 사이의 조화를 도모하고 있다. 같은 세목 및 과세기간에 대한 거듭된 세무조사는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로 이어질 우려가 있으므로 조세공평의 원칙에 현저히 반하는 예외적인 경우를 제외하고는 금지할 필요가 있다 할 것이고, 위법한 재조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다(대법원 2006. 6. 2. 선고 2004두12070 판결 참조). 2) 강동세무서장은 1차 세무조사를 실시한 후, 국세청의 감사에서 지적을 받자 이 사건 조사를 실시하면서 원고의 2012년 귀속 양도소득세를 경정하기 위하여 이 사건 부동산의 현장을 방문하여 이 사건 양수법인의 대표 및 직원에게 질문을 하여 그 진술서를 받아냈으며 관련장부까지 받아내었는바, ① 이는 위 세무조사의 정의규정에 포섭되는 점, ② 비록 이 사건 조사가 원고의 거래상대방인 이 사건 양수법인을 상대로 이루어지긴 하였으나, 납세자로서는 본인이 알지 못하는 상황에서 자신과 관련된 조사가 거래상대방에 대하여 실시될 수 있다는 심리적 불안을 가지게 되고, 거래상대방에 대한 조사만으로도 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시를 침해하는 결과를 초래할 수도 있는 점 등에 비추어, 이 사건 조사는 세무조사에 해당한다 할 것이고, 이는 국세기본법 제81조의4 제2항 각호가 규정하는 예외사유에 해당한다는 특별한 사정이 없는 한 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어진 재조사로서 위법하다. 3) 이에 대하여 피고는 이 사건 조사는 조사사무처리규정 제3조가 규정하는 ‘현장확인’에 불과하여 세무조사에 해당하지 않는다고 주장한다. 살피건대, 조사사무처리규정 제3조 제2호는 세무조사와 별도로 현장확인이라는 개념을 정의하고 있고, 이에 따르면 세무조사 증거자료를 수집하는 행위는 현장확인에 해당할 뿐 세무조사가 아니다. 또한 갑 8호증의 기재에 의하면 강동세무서장은 ‘현장확인’이라는 명목으로 이 사건 재조사를 시행한 사실이 인정된다. 그러나 위 규정은 국세청 훈령으로서 행정규칙에 불과하고, 앞에서 살펴본 바와 같이 국세기본법의 규정에 의한 세무조사의 정의, 입법취지 등에 비추어 볼때, 명칭과 형식이 어떠하든 이 사건 조사가 앞에서 본 바와 같이 국세기본법 제81조의2 제2항 제1호가 규정하는 세무조사의 개념에 해당하는 이상 위 국세청 훈령상의 현장확인에 해당한다는 이유만으로 그것이 세무조사가 아니게 되는 것은 아니므로, 피고의 위 주장은 이유 없다. 4) 또한 피고는 이미 1차 세무조사를 통하여 확인된 과세자료만으로도 충분히 이 사건 처분이 가능하였으므로, 이 사건 처분은 이 사건 조사에 ‘기초하여’ 이루어진 것이 아니고, 따라서 이 사건 조사가 위법하다고 하더라도 이 사건 처분이 위법한 것은 아니라고 주장한다. 살피건대, ① 피고 주장대로 1차 세무조사를 통하여 확인된 과세자료만으로도 충분히 이 사건 처분이 가능하였다면, 강동세무서장은 단지 국세청의 감사지적사항을 이행하기 위하여 필요성도 없는 세무조사를 하였다는 것인데, 이는 납세자의 영업의 자유나 법적 안정성을 심각하게 침해할 뿐만 아니라 세무조사권의 남용으로서, 앞에서 살펴본 국세기본법 제81조의4 제2항의 취지에 비추어 허용될 수 없는 점, ② 또한 이 사건 처분은 이 사건 조사에서 얻어진 자료, 즉 원고가 1차 세무조사에서 제출한 소외 1 명의의 확인서의 진위, 이 사건 공사의 실재 여부 등에 대하여 소외 1, 소외 2에게 질문하여 얻은 진술서 등을 토대로 이루어진 것이라고 보여 이 사건 조사와 이 사건 처분 사이에 인과관계가 없다고도 볼 수도 없다. 따라서 피고의 위 주장도 이유 없다. 5) 따라서 원고의 나머지 주장에 대하여 더 살필 필요 없이 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 3. 결 론 그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 주문과 같이 판결한다. 판사 박준석