8년 이상 직접 경작한 농지를 연구개발특구 환지예정지로 지정받은 후 3년 이내에 양도함

• 원고는 1990년부터 대전 유성구에 있는 농지를 8년 이상 직접 경작해 왔다.
• 이 농지는 연구개발특구 개발사업의 일환으로 환지예정지로 지정되었고, 2013년 6월 21일 환지예정지 지정 공고가 있었다.
• 원고는 2014년 9월 이 농지를 주식회사에 양도했고, 양도소득세를 신고했다.
• 원고는 양도소득세 감면 계산 시 환지예정지 지정일인 2013년 6월 21일의 기준시가를 적용해 경정청구를 했으나, 세무서는 주거지역 편입일인 2011년 12월 28일의 기준시가를 적용해야 한다며 이를 거부했다.
• 원고는 세무서의 거부 처분을 취소해 달라는 소송을 냈고, 1심에서는 패소했으나 항소심에서 승소했다.

원고가 8년 이상 직접 경작한 농지를 연구개발특구 개발사업으로 환지예정지로 지정받은 후 3년 이내에 양도하면서 양도소득세 감면 기준시가를 환지예정지 지정일로 적용해야 한다고 주장했다. 쟁점은 감면 기준시가 적용 시점을 환지예정지 지정일로 볼 것인지, 주거지역 편입일로 볼 것인지였으며, 법원은 환지예정지 지정일 기준시가 적용이 타당하다고 판단해 세무서의 거부 처분을 취소했다.

• 이 사건 개발사업은 토지소유자에 의한 환지방식으로 시행되었고, 환지예정지 지정일이 2013년 6월 21일로 명확히 공고되었다.
• 원고가 양도한 토지는 환지처분 전에 농지 외의 토지로 환지예정지 지정을 받은 경우에 해당한다.
• 도시개발법에 따라 환지방식으로 사업이 진행되면 지구단위계획(주거지역 지정 등)이 환지예정지 지정보다 먼저 이루어지는 경우가 많아, 주거지역 편입일을 기준으로 하면 환지예정지 지정 관련 규정이 무의미해진다.
• 주거지역 편입일을 기준으로 하면 개발이익 산정이 부적절할 수 있으나, 환지예정지 지정일을 기준으로 하면 감보율 등 개발이익 산정이 가능해진다.
• 따라서 환지예정지 지정일을 기준으로 양도소득세 감면 기준시가를 적용하는 것이 법 취지에 맞고 합리적이다.

원고가 8년 이상 직접 경작한 농지를 환지예정지로 지정받은 후 양도하면서, 양도소득세 감면 기준시가를 환지예정지 지정일로 적용해야 한다는 주장이 인정되었다. 법원은 환지예정지 지정일 기준시가 적용이 타당하다고 보고 세무서의 거부 처분을 취소했다.