1층 상가와 2층 주택이 함께 있는 복합 건물을 팔고 양도소득세 부과 방식을 다툼.

【원고, 피항소인】 【피고, 항소인】 금천세무서장 【제1심판결】 서울행정법원 2014. 5. 15. 선고 2014구단4217 판결 【변론종결】2014. 11. 27. 【주 문】 1. 제1심 판결을 취소한다. 2. 원고의 청구를 기각한다. 3. 소송총비용은 원고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】 1. 청구취지 피고가 2013. 7. 16. 원고에게 한 2011년 귀속 양도소득세 17,162,910원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다. 2. 항소취지 주문과 같다. 【이 유】1. 처분의 경위 이 부분에 관한 이 판결의 이유는 제1심 판결문의 이유 중에서, ① 제2쪽 제4행의 “양도하였고” 부분을 “양도하였고(소유권 이전 등기일은 2011. 4. 29.)”라고, ② 제2쪽 제6행의 “환산취득가액을 675,978,301원으로” 부분을 “환산 취득가액을 675,978,301원으로, 장기보유특별공제를 338,242,404원 등으로”라고, ③ 제2쪽 제11행의 “환산취득가액을 594,846,621원으로” 부분을 “환산 취득가액을 594,846,621원으로, 장기보유특별공제를 362,991,108원 등으로”라고 각 고쳐 쓰는 이외에는 제1심 판결문의 “1. 처분 경위” 부분(제1심 판결문 제2쪽 제2행부터 제2쪽 제17행까지) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다. 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 당사자들의 주장 요지 (1) 원고 이 사건 건물과 그 대지(이하, ‘이 사건 부동산’이라 한다)는 1개의 건물이 주택 부분(2층 부분)과 주택 외의 부분(1층 부분)이 복합되어 있는 형태로 이 사건 처분에 적용될 구 소득세법(2011. 5. 2. 법률 제10625호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘소득세법’이라 한다) 제89조 제1항 제3호, 구 소득세법 시행령(2011. 6. 3. 대통령령 제22950호로 개정되기 전의 것, 이하, ‘시행령’이라 한다) 제154조 제3항에 의할 때, 이 사건 건물 전체를 주택으로 보아 그 양도차익을 산출하여야 한다. 그러나 피고는 위 건물 중 1층 부분은 상가로, 2층 부분은 주택으로 각각 구분하여 양도차익을 산출하여 이 사건 처분을 하였으므로 위 처분은 위법하다. 나아가, 이 사건 처분 전에 서울특별시 관악구청장은 이 사건 부동산에 관한 재산세를 부과함에 있어 그 전체를 주택으로 보아 재산세를 부과하여 온 사정 등에 비추어 보면 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에도 위반된다. (2) 피고 시행령 제154조 제3항은 소득세법 제89조 제1항 제3호를 적용할 수 있을 때에만 적용할 수 있는 것이고, 이 사건 부동산에 관한 환산 취득가액을 산정함에 있어서까지 위 규정을 적용할 수 없다. 나아가, 고가주택에 해당되는 이 사건 부동산에 관하여는 소득세법 제89조 제1항 제3호, 시행령 제154조 제3항을 적용할 여지도 없다. 한편, 원고가 주장한 위 관악구청장의 그 동안의 이 사건 부동산에 관한 재산세 부과 내역만을 이유로 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위반된다고 볼 수 없다. 나. 관계 법령 [별지] 기재와 같다. 다. 판단 (1) 살피건대, 소득세법 제89조 제1항 제3호, 시행령 제156조 제1항, 제160조 제1항 등에 의하면, 양도대상 주택 및 이에 딸린 토지가 그 양도 당시의 실지거래가액 합계액 9억 원을 초과하는 고가주택에 해당되면 1세대 1주택에 관한 양도소득세 비과세 규정(소득세법 제89조 제1항 제3호)이 적용되지 않고 양도소득세가 과세됨이 원칙이라 할 것이다. 따라서 소득세법상 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추었더라도 당해 양도주택이 시행령 제156조 제1항이 정한 고가주택에 해당된다면 소득세법 제89조 제1항 제3호, 시행령 제154조 제3항 등이 아니라 소득세법 제95조 제3항, 시행령 제160조 등에 따라 양도차익을 산정하여 양도소득세를 과세하여야 할 것이다. 비록 시행령 제154조 제3항에서는 소득세법 제89조 제1항 제3호(1세대 1주택 비과세 규정)를 적용함에 있어서 하나의 건물이 주택과 주택 외 부분으로 복합되어 있는 경우(이하, ‘겸용주택’이라 한다)로서 주택 부분 면적이 주택 외 부분보다 더 크면 그 전부를 주택으로 보도록 규정하고 있지만, 이는 겸용주택 중에서 소득세법 제89조 제1항 제3호가 적용될 경우에 주택 외 부분도 주택으로 간주하여 1세대 1주택 비과세 규정을 적용할 수 있다는 것으로 이해될 뿐이다. 결국, 소득세법 제89조 제1항 제3호가 적용되지 않는 고가주택에 해당되는 겸용주택에 관하여는 시행령 제160조 등에 따라 양도차익을 산정함에 있어 주택 외 부분까지 당연히 주택으로 간주할 수 있다고 볼 수는 없다고 판단된다. (2) 또한, 이 사건 부동산과 같이 그 실지양도가액(16억 원)은 확인되나, 실지취득가액을 확인할 수 없는 경우에 시행령 제176조의2 제2항 제2호가 정한 환산가액으로 그 취득가액을 적용하는 경우(= 실지양도가액 × ), 위 환산가액을 산정함에 있어 필요한 기준시가에 대해 규정한 소득세법 제99조 제1항 제1호가 2005. 7. 13. 법률 제7579호로 개정되면서 “토지(가.목)”, “건물(나.목), ”오피스텔·상업용 건물(다.목)“ 및 ”주택(라.목)“으로 구분함과 아울러 ”주택“의 기준시가는 토지 가격을 제외하고 기준시가를 산정하는 ”건물“과는 달리 토지 가격이 포함된 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」 에 따라 지방자치단체가 결정·공시하는 개별주택가격을 기준시가로 정하고 있다. 따라서 위 법률 제7579호로 개정된 소득세법이 적용되는 이 사건에서는 이 사건 부동산 중 주택 부분과 주택 외 부분에 관한 환산 취득가액은 위 관련 규정들이 정한 바에 따라 각각 분리하여 별도의 방식으로 산정하는 것이 원칙이라 할 것이고, 그와 달리 원고의 위 주장처럼 이 사건 부동산은 그 주택 부분이 주택 외 부분보다 더 큰 겸용주택에 해당된다는 이유만으로 위 부동산의 주택 외 부분까지도 모두 위 주택 부분에 관한 기준시가에 기초하여 환산 취득가액을 산정할 수 있다고 볼 만한 아무런 법률적 근거를 발견할 수 없다. (3) 나아가, 조세 법률관계에 있어서 신뢰보호의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 납세자의 신뢰를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정될 특별한 사정이 있을 경우에 적용되는 예외적인 원칙이라 할 것이므로 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 공적인 견해표명 등을 통하여 부여한 신뢰가 평균적인 납세자로 하여금 합리적이고 정당한 기대를 가지게 할 만한 것이어야 한다(대법원 2013. 12. 26. 선고 2011두5940 판결 참조). 그런데 이 사건에서 원고가 제출한 증거들만으로는, 피고가 직접 원고에게 원고의 위 주장과 같은 신뢰보호원칙을 주장할 수 있는 공적인 견해 표명을 한 것이라고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거도 없다. 설령 원고가 이 사건 부동산은 그 전부를 주택으로 보아 그 양도에 따른 양도차익을 산정할 수 있다고 기대하였더라도, 그러한 막연한 기대를 법률상 보호가치가 있는 신뢰라고 보기도 어렵다. 결국, 그와 다른 전제에 기초하여 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위반된다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다. 라. 소결론 따라서, 위와 같은 사정들을 위 관계 법령의 내용과 종합해 볼 때, 원고가 제출한 증거들과 그 주장의 사정을 모두 고려한다고 하더라도, 피고가 이 사건 건물 중 1층은 주택이 아닌 상가로, 2층은 주택으로 구분하여 위 부동산의 환산 취득가액 내지 장기보유특별공제액 등을 산정하여 한 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다. 결국, 그와 다른 전제에 기초한 원고의 이 사건 청구는 이유 없다. 3. 결론 그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이를 기각할 것인데, 제1심 판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소하고 원고의 청구를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. [별지 관계법령 생략] 판사 정형식(재판장) 강경구 임영우