미국법인이 국내 미등록 특허권 사용대가를 국내원천소득으로 본 법인세 환급거부 처분 취소

• 미국법인 원고는 2014년 11월 삼성전자와 소프트웨어 라이선스 계약을 체결하고, 특허권 등이 포함된 소프트웨어 사용을 허용했다.
• 삼성전자는 2015년 1월 원고에게 사용대가 1,000,000달러를 지급하면서 법인세와 주민세 합계 165,000달러를 원천징수하여 세무서에 납부했다.
• 원고는 2015년 9월, 해당 특허권이 국내에 등록되지 않아 사용대가가 국내원천소득이 아니라고 주장하며 환급을 청구했다.
• 피고 세무서는 2016년 3월 경정청구를 거부했고, 원고는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각되었다.
• 원고는 법원에 소송을 제기하여 환급거부 처분의 취소를 구했다.

미국법인 원고가 삼성전자에 소프트웨어 라이선스를 부여하고 사용대가를 받았으나, 관련 특허권이 국내에 등록되지 않아 국내원천소득이 아니라고 주장하며 원천징수된 법인세의 환급을 구한 사건에서, 법원은 한미조세협약에 따라 국내 미등록 특허권 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다고 판단하여 피고의 환급거부 처분을 취소했다.

• 법인세법 제93조 제8호는 특허권 등이 국외에서 등록되고 국내에서 사용된 경우 국내원천소득으로 보도록 규정하지만, 한미조세협약 제14조 제4항은 사용지를 기준으로 하여 국내원천소득 해당 여부를 판단하도록 규정하고 있다.
• 한미조세협약에 따르면, 특허권이 국내에 등록되지 않은 경우 국내에서 사용되더라도 그 사용대가는 국내원천소득에 해당하지 않는다.
• 이 사건 특허권은 미국에만 등록되었고 국내에는 등록되지 않았으므로, 한미조세협약이 적용되어 국내원천소득으로 볼 수 없다.
• 따라서 피고가 이 사건 소득을 국내원천소득으로 보아 원천징수한 것은 위법하며, 환급거부 처분은 취소되어야 한다.

이 사건은 국내에 등록되지 않은 외국 특허권의 사용대가가 국내원천소득에 해당하는지가 쟁점이었으며, 법원은 한미조세협약을 우선 적용하여 국내 미등록 특허권 사용대가는 국내원천소득이 아니라고 판단했다. 이는 조세조약이 국내법보다 우선 적용될 수 있음을 보여주는 중요한 사례다.