조합원입주권을 양도하면서 장기보유특별공제를 적용해 양도소득세를 신고함

• 원고는 재개발 조합원입주권을 양도하면서 양도소득세 신고 시 장기보유특별공제를 적용해 세금을 계산했다.
• 세무서(피고)는 관리처분계획 인가 이후 발생한 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제를 인정하지 않고 경정처분을 내렸다.
• 원고는 이에 불복해 경정거부처분 취소를 요구하며 소송을 제기했다.
• 쟁점은 조합원입주권의 관리처분계획 인가 후 양도차익에 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지 여부였다.

원고가 조합원입주권을 양도하면서 장기보유특별공제를 적용했으나, 세무서는 관리처분계획 인가 이후 양도차익에 대해서는 공제를 인정하지 않았다. 법원은 조합원입주권의 관리처분계획 인가 이후 양도차익에 대해서는 장기보유특별공제를 적용할 수 없다고 판단해 원고의 청구를 기각했다.

• 장기보유특별공제는 3년 이상 자산을 보유한 사람에게 양도소득세 부담을 줄여주기 위한 제도이며, 1세대 1주택에 대해 높은 공제율을 적용하는 취지는 국민 주거 안정에 있다.
• 법 개정 전에는 조합원입주권도 1세대 1주택으로 간주되어 장기보유특별공제 대상이었으나, 2013년 개정법은 관리처분계획 인가 전 양도차익에만 공제를 인정하도록 명확히 규정했다.
• 법 조문과 입법 취지에 따르면, 관리처분계획 인가 이후 발생한 개발이익은 공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다.
• 조세법률주의에 따라 법 문언을 엄격히 해석해야 하며, 특별한 사정이 없으면 법 조항을 확대 해석할 수 없다.
• 따라서 조합원입주권이 1세대 1주택으로 의제되더라도 관리처분계획 인가 이후 양도차익에는 장기보유특별공제를 적용할 수 없다.

조합원입주권을 양도할 때 장기보유특별공제는 관리처분계획 인가 이전에 발생한 양도차익에만 적용된다. 법원은 이 규정을 엄격히 해석해 관리처분계획 인가 이후 양도차익에 대한 공제를 인정하지 않았다.