겸용주택 재개발 후 신축주택을 양도하며 장기보유특별공제율 적용을 다툼.

• 원고는 1985년 이전에 겸용주택(상가와 주택이 함께 있는 건물)을 취득했고, 이 건물이 재개발되어 신축주택으로 바뀌었다.
• 2010년 3월, 원고는 신축주택을 양도하며 양도소득세 신고 시 장기보유특별공제율을 주택 부분은 80%, 상가 부분은 30%로 적용했다.
• 세무서장(피고)은 원고의 경정청구를 거부했고, 원고는 이에 불복해 취소를 청구했다.
• 조세심판원은 일부 인정하여 관리처분계획인가 이후 주택 부분에 대해 장기보유특별공제를 적용했으나, 상가 부분에 대해서는 다툼이 남았다.
• 법원은 재개발 전 상가 부분은 장기보유특별공제율 30%를 적용하고, 나머지 부분은 80%를 적용하는 것이 타당하다고 판단했다.

원고는 재개발된 신축주택을 양도하면서 장기보유특별공제율 적용 문제로 세무서장과 다툼이 있었다. 쟁점은 재개발 전 상가와 주택 부분의 보유기간과 공제율 적용 방식이었으며, 법원은 상가 부분은 낮은 공제율을, 주택 부분은 높은 공제율을 적용하는 것이 옳다고 판단해 일부 경정청구 거부처분을 취소했다.

• 장기보유특별공제는 3년 이상 보유한 자산에 대해 양도소득세 부담을 줄이기 위한 제도로, 1세대 1주택은 최대 80%까지 공제받을 수 있다.
• 재개발로 신축된 주택은 기존 겸용주택의 주택 부분과 상가 부분으로 나누어 각각 다른 공제율을 적용하는 것이 법 취지에 맞다.
• 관리처분계획인가 전 상가 부분은 주택이 아니므로 낮은 공제율(30%)을 적용하고, 주택 부분과 관리처분계획인가 후 양도차익에는 높은 공제율(80%)을 적용해야 한다.
• 보유기간은 기존 건물 취득일부터 신축주택 양도일까지 모두 합산하여 계산하는 것이 타당하다.
• 피고가 상가 부분 보유기간을 관리처분계획인가일로 제한한 것은 잘못이지만, 결과적으로 보유기간이 10년 이상으로 인정되어 큰 문제는 없었다.

재개발로 신축된 겸용주택을 양도할 때는 주택과 상가 부분을 구분해 장기보유특별공제율을 다르게 적용해야 한다. 보유기간은 기존 건물 취득일부터 신축주택 양도일까지 모두 합산하는 것이 맞으며, 이에 따라 일부 경정청구 거부처분이 취소되었다.