북한 금강산 관광지구에서 골프장과 스파 리조트 사업을 하던 중 관광 중단으로 약 60억 원의 결손금이 발생함.

• 2005년 12월, 원고는 통일부장관으로부터 북한 금강산 관광지구에서 골프장과 스파 리조트 건설 및 운영 사업에 대한 남북협력사업 승인을 받았다.
• 2008년 7월, 금강산 관광 중단과 함께 북한군의 총격 사고로 남한 관광객이 사망하는 사건이 발생했다.
• 이로 인해 원고의 금강산 지점에서 약 60억 원의 결손금이 발생하였다.
• 원고는 2009년 3월에 결손금을 공제하지 않고 법인세를 신고했으나, 2009년 10월에 결손금을 포함해 법인세 경정청구를 하였다.
• 피고는 남북 이중과세방지 합의서에 따른 소득면제방식이 완전면제방식이라며 경정청구를 거부하였다.

원고는 북한 금강산 지점에서 발생한 결손금을 법인세 과세표준에서 공제할 수 있는지 여부를 두고 다투었다. 쟁점은 남북 이중과세방지 합의서에 따른 소득면제방식이 완전면제방식인지와 결손금 공제 가능성이었다. 법원은 금강산 지점에서 발생한 결손금을 공제하는 것이 타당하다고 판단하여 경정청구 거부는 잘못되었다고 판결했다.

• 남북 이중과세방지 합의서는 남북 간 소득에 대한 이중과세를 막기 위한 취지이며, 상대방 지역에서 결손금이 발생한 경우 이를 처리하는 규정은 포함하지 않았다.
• 원고가 북한에서 영위하는 사업의 결손금 처리는 남한 법인세법이 적용되어야 한다.
• 구 법인세법에 따르면 내국법인은 사업연도 소득에서 결손금을 공제할 수 있다.
• 피고가 주장한 소득면제방식이 완전면제방식이라는 해석은 이 사건 합의서의 취지와 맞지 않는다.
• 따라서 원고가 결손금을 포함해 법인세 과세표준을 산정하는 것이 적법하다.

북한 금강산 관광 중단으로 발생한 결손금을 법인세 계산에서 빼는 것이 가능하다는 법원의 판단이 나왔다. 남북 이중과세방지 합의서가 결손금 공제를 막는다고 볼 수 없으며, 내국법인에 대한 법인세법이 우선 적용된다.