원고가 토지를 매도한 후 양도소득세 장기보유특별공제 대상 토지의 범위를 두고 과세관청과 다툼을 벌였다.

【심급】 1심 【세목】 기타 【주문】 1. 피고가 1995. 8. 16. 원고에 대하여 한 양도소득세 금 173,304,730원의 부과처분 중 금 137,810,683원을 초과하는 부분을 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 이를 3등분하여 그중 2는 원고의, 나머지는 피고의 각 부담으로 한다. 【이유】 1. 과세처분의 경위 다음 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나 갑제1호증의 1,2, 을제1호증의 1,2, 을제2호증의 1,2, 을제3호증의 1,2,3, 을제7호증의 1,2, 을제9호증, 을제10호증의 1내지4의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하여 이를 인정할 수 있다. 가. 원고는 1965. 12. 22. ****대 3,394m2(이하 이 사건 토지라 한다) 중 3,388m2를, 1972. 7. 20. 그 나머지 6m2를 취득하여, 1992. 12. 16.소외 한국토지개발공사에게 이를 매도하고, 같은 달 28. 위 공사 명의로 소유권이전등기를 마친 뒤, 이 사건 토지의 양도에 따른 양도소득세를 자진 신고, 납부함에 있어서, 그 양도차익은 기준시가로 계산하고, 여기에 필요경비, 양도소득특별공제, 양도소득공제를 하는 외에, 이 사건 토지는 그 지상에 주차장사무실 76.59m2, 운전사대기실 74.51m2, 정비창고 333.99m2, 차량정비사 사무실 13.22m2, 차량정비기계 부속창고 33.05m2, 전기동력변전시설 49.58m2, 컨테이너 현가장치 175.2m2 등이 축조되어 있는 건축물의 부속토지로서 10년이상의 장기보유특별공제 대상토지임을 전제로 금 845,473,570원(양도차익 × 30/100)의 장기보유특별공제를 하여 양도소득세 금 1,031,697,947원을 산출한 뒤, 여기에 감면세액과 예정신고납부세액을 차감한 금 628,528,153원을 피고에게 납부하였다. 나. 피고는 원고가 양도한 이 사건 토지 중 건축물관리대장에 등재되어 있는 허가건물인 주차장사무실 76.59m2, 운전사대기실 74.51m2, 정비창고 333.99m2 합계 485.09m2에 부수되는 토지 2,425.45m2에 대해서만 장기보유 특별공제대상 토지로 인정하여, 금 604,199,726원의 장기보유특별공제를 하고, 그 나머지는 그 대상 토지가 아니라는 이유로 공제를 아니하여 과세표준을 당초 신고보다 금 241,273,844원(845,473,570원 - 604,199,726원) 증액한 뒤, 이에 따른 산출세액에 가산세 등을 가산하고 기납부세액을 차감하여 추가할 세액을 금 173,304,730원으로 결정하여, 1995. 8. 16. 원고에게 위 양도소득세 금173,304,730원을 부과하는 처분(이 사건 과세처분이라 한다)을 하였다. 2. 이 사건 과세처분의 적법여부 피고는 위 처분사유와 적용법조를 들어 이 사건 과세처분이 적법하다고 주장하고, 이에 대하여, 원고는 (1) 이 사건 토지의 양도 당시 그 지상에는 피고가 양도소득세 장기보유 특별공제대상으로 인정한 건축물 외에도 차량정비사 사무실 13.22m2, 차량정비기계 부속창고 33.05m2 합계 46.27m2의 건물과, 전기동력변전시설 49.58m2, 컨테이너 현가장치 175.2m2 합계 224.78m2의 구축물이 있었고, 특히 그중 컨테이너 현가장치와 전기동력변전시설은 허가나 신고대상이 되는 것도 아니므로, 이들의 부속 토지에 해당하는 부분은 양도소득세 장기보유 특별공제대상에 포함시켜야 하고, (2) 또한 이들은 원고가 대표이사로 있는 운수업체인소외 주식회사 동진(이하 소외회사라 한다)이 자동차운수사업법에 의하여 의무적으로 보유하여야 하는 기본시설일 뿐만 아니라, 이들이 설치되어 있는 이 사건 토지 는 소외회사의 주차장용 토지로서토지초과이득세법 제8조 제1항 제9호 라목에 의하여 소외회사의 보유차량인 트랙터 37대와 트레일러 90대의 차고에 해당하는 면적이 3,865.3m2나 되어 유휴토지에 해당한다 할 수 없으므로, 이 사건 토지는 어느 모로 보나 장기보유특별공제 대상이 되는 토지임에도 불구하고, 피고가 이 사건 토지 중 건물 485.09m2에 부수되는 토지 2,425.45m2에 대해서만 그 대상토지로 인정하고, 그 나머지 부분에 대하여는 그 대상토지로 인정하지 아니한 이 사건 과세처분은 위법하다고 주장한다. 나. 관계법령 (1) 구 소득세법(1992. 12. 22. 법률 제4803호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조 제2항 제2호는, 토지 또는 건물(대통령령이 정하는 토지를 제외한다)로서 그 자산의 보유기간이 10년 이상인 것은 양도차익의 100분의 30을 장기보유특별공제액으로 공제하도록 규정하고 있으며, 구 소득세법시행령(1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제46조의3은, 법 제23조 제2항 제2호에서 “대통령령이 정하는 토지”라 함은 나대지(재무부령이 정하는 무허가건축물이 정착되어 있는 것을 포함한다)와 건축물에 부수되는 토지로서 당해 건축물의 바닥면적에 제15조 제9항의 규정에 의한 배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하는 경우의 그 초과하는 부분의 토지를 말하고, 다만 토지초과이득세법 제8조의 규정에 의한 유휴토지 등에 해당하지 아니하는 토지는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 구 소득세법시행규칙(1995. 5. 3. 총리령 제505호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제18조의2 제1항은, 영 제46조의3 본문에서 “건축물”이라 함은 지방세법시행령 제75조의2의 규정에 의한 건물과 구축물을 말한다고 규정하고, 제2항은 영 제43조의3 본문에서 “재무부령이 정하는 무허가건축물”이라 함은 건축법 제5조 또는 제47조 제1항의 규정에 의한 허가를 받아야 하거나 신고를 하여야 할 건축물을 그 허가 또는 신고 없이 건축한 건축물과 임시로 사용하기 위하여 건축한 일시적인 건축물을 말한다고 규정하고 있다. (2) 한편 토지초과이득세법 제2조 제6호는, “건축물”이라 함은 지방세법 제104조 제4호에 규정된 건축물을 말한다고 규정하고, 같은 법 제8조 제1항은, 개인이 소유하는 토지로서 토지초과이득세의 과세대상이 되는 유휴토지 등은 다음 각호의 1에 해당하는 토지로 한다고 규정하면서, 그 제4호에서는, 건축물의 면적 등을 참작하여 대통령령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지(가목), 대통령령이 정하는 무허가건축물의 부속토지(다목) 등을 들고 있고, 제9호 라목에서는, 자동차운수사업법 또는 중기관리법에 의하여 자동차운송사업의 면허를 받은 자 또는 중기사업의 허가를 받은 자의 주차장 및 차고용토지로서 대통령령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지를 들고 있고, 제13호에서는, 임대에 쓰이고 있는 토지는 대통령령이 정하는 토지(같은법시행령 제20조 제2항에 의한 농지, 주택부속토지 등) 및 건축물이 정착되어 있는 토지로서 제1호 내지 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 토지를 제외하고는 유휴토지에 해당한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제11조 제1항은, 법 제8조 제1항 제4호 가목에서 “대통령령이 정하는 기준면적”이라 함은 건축물의 바닥면적에 별표1의 용도지역별 적용배율을 곱하여 계산한 면적을 말한다고 규정하고, 같은 조 제3항은, 법 제8조 제1항 제4호 다목에서 “대통령령이 정하는 무허가건축물”이라 함은 건축법 기타 관계법령의 규정에 의하여 허가를 받아야 하거나 신고를 하여야 하는 건축물로서 허가를 받거나 신고를 하지 아니한 건축물과 준공검사를 받아야 하는 건축물을 말한다고 규정하고 있으며, 별표1의 용도지역별 적용배율은, 도시계획구역의 경우 전용주거지역은 5배, 상업지역·준주거지역은 3배, 일반주거지역·공업지역은 4배, 녹지지역은 7배, 미계획지역은 4배로 규정하고 있다. (3) 지방세법 제104조 제4호는, 건축물에 관한 정의를, 대통령령이 정하는 건물·구축물 및 건물과 구축물의 특수한 부대설비를 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제75조의2는, 법 제104조 제4호의 규정에 의한 대통령령이 정하는 건물과 구축물은 다음 각호에 게기한 것으로 한다고 규정하면서, 제2호에서, 구축물의 정의를 풀장, 스케이트장, 전망대, 옥외스탠드, 유원지의 옥외오락시설, 수조, 저유조, 싸이로, 저장조등 저장용 옥외구축물, 잔교, 도크 및 조선대, 송유관(연결시설 포함) 및 옥외주유시설, 옥외가스충전시설, 급·배수시설, 복개설비와 내무부령으로 정하는 구축물이라고 규정하고, 같은 영 제76조 제1항은, 법 제104조 제4호에서 “건물과 구축물의 특수한 부대설비”라 함은 당해 건물 및 구축물에 부속 또는 부착설치된 다음 각호의 설비(다만, 단독주택에 부속 또는 부착설치된 것은 제외)를 말한다고 규정하면서, 제7호에서, 건물에 부속 또는 부착 설치된 건축설비 중 내무부령이 정하는 기타의 설비를 들고 있고, 같은법시행규칙 제40조의3은, 영 제76조 제1항 제7호에서 “내무부령이 정하는 기타의 설비”라 함은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다고 규정하면서, 제3호에서, 구내의 변전·배전시설을 들고 있다. 다. 판단 (1) 이 사건 토지가 건축물 부수 토지라는 주장에 대하여 갑제5,7호증, 갑제8호증의 1,2,3, 을제4,5,6호증, 의 각 기재 및 증인강영규,남진혁의 각 증언에 변론의 전취지를 종합하면, 원고가 대표이사로 있는 소외회사는 자동차운수사업을 경영하는 법인으로서, 이 사건 토지를 원고로부터 임차하여 그 업무용으로 사용하여 온 사실, 이 사건 토지의 양도당시 그 지상에는, 피고가 그 부수 토지 부분에 대하여 양도소득세 장기보유특별공제를 인정한, 허가받은 건물인 주차장사무실 76.59m2, 운전사대기실 74.51m2, 정비창고 333.99m2 합계 485.09m2 외에, 피고가 이를 부인한 무허가건물인 차량정비사 사무실 13.22m2, 차량정비기계 부속창고 33.05m2 합계 46.27m2 및 그밖에 전기동력변전시설 49.58m2, 컨테이너 현가장치 175.2m2의 설비가 있었던 사실을 인정할 수 있다. 살피건대, 차량정비사 사무실 및 부속창고 합계 46.27m2가 건립되어 있는 토지 및 부수토지는 위 건물자체가 무허가여서구 소득세법시행령 제46조의3소정의 나대지에 해당되어 장기보유특별공제 대상토지가 되지 못하고, 그 나머지 전기동력변전시설 49.58m2, 컨테이너 현가장치 175.2m2가 설치되어 있는 토지 및 부수토지는 위 시설이 적법한 것인가의 여부에 관계없이 위 시설자체가구 소득세법시행령 제46조의3에서 규정하고 있는 건축물에 해당되지 아니하므로(구 소득세법시행규칙 제18조의2와 거기서 인용하고 있는지방세법시행령 제75조의2의 규정을 종합하면, 장기보유특별공제 대상이 되는 건축물은 적법한 건물 및 구축물을 뜻하고, 이 사건의 전기동력변전시설이나 컨테이너 현가장치는 위 법령에서 열거하고 있는 건물이나 구축물 어디에도 해당하지 않으며, 다만 뒤에서 보는 바와 같이, 위 설비중 전기동력변전시설만이지방세법 제104조 제4호에서 규정한 건물, 구축물 및 특수부대설비를 포함하는 광의의 건축물에 해당될 뿐이다), 장기보유특별공제의 대상이 되는 토지라 할 수 없고, 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. (2) 이 사건 토지가 유휴토지에 해당하지 않는다는 주장에 대하여 (가) 먼저 이 사건 무허가건물 합계 46.27m2가 건립된 토지는,초지초과이득세법 제8조 제1항 제4호 다목이 규정한 무허가건물의 부속토지로서 유휴토지에 해당하고, 이 사건 컨테이너 현가장치 175.2m2가 설치된 토지는 그 시설자체가 토지초과이득세법 및 같은법이 인용하고 있는지방세법 제104조 제4호에서 말하는 건물, 구축물 및 특수부대설비를 포함하는 광의의 건축물에도 해당하지 않으므로, 이는 결국같은법조 제14목 가호,같은법시행령 제21조 제1항 제1호의 나지로서 유휴토지에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 그러나, 이 사건 전기동력변전시설 49.58m2는 구내의 변전변전시설로서,토지초과이득세법 제2조 제6호,지방세법 제104조 제4호,지방세법시행령 제76조 제1항 제7호,같은법시행규칙 제40조의3 제3호에서 규정한 광의의 건축물에 해당하고, 위 건축설비에 대하여 건축법 기타 관계법령상 허가 또는 신고를 받아야 할 근거를 찾아볼 수 없으므로, 이를 무허가·무신고 건축물이라고는 할 수 없으며, 따라서 그 부속토지로서,토지초과이득세법시행령 제11조 제1항에서 규정한 기준면적 범위내에 있는 토지는 유휴토지에서 제외되어 장기보유특별공제의 대상이 되는 토지라고 할 것이므로(이 사건 토지의 양도당시 그 용도지역이 일반주거지역인 사실은 사실은 당사자사이에 다툼이 없으므로 기준면적은 건축물 바닥 면적의 4배가 된다), 원고의 이 부분 주장은 이유 있다. (나) 다음, 원고가 소외회사의 대표이사로서, 소외회사를 경영하여 왔다 하더라도, 소외회사와 그 대표이사인 원고 개인은 법률상 별개의 인격체이므로, 소외회사의 사업을 원고의 사업으로 볼 수는 없다고 할 것이고, 따라서, 소외회사가 자동차운수사업면허를 받아 이 사건 토지를 주차장 등으로 사용하여 왔다 하더라도, 원고 소유인 이 사건 토지가토지초과이득세법 제8조 제1항 제9호 라목에서 말하는 자동차운수사업법에 의하여 자동차운송사업의 면허를 받은 자의 주차장 및 차고용토지에 해당한다고 할 수는 없으므로{다만 같은 항 제13호에서는, 임대에 쓰이고 있는 토지 중 대통령령이 정하는 토지(농지, 주택부속토지 등) 및 건축물이 정착되어 있는 토지로서 같은 항 제1호 내지 제4호의 규정에 해당하지 아니하는 토지를 제외하고 있으나, 이 사건 토지는 이러한 제외 토지에 해당하지 아니한다}, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 라. 정당한 세액 계산 위에서 본 바와 같이 이 사건 토지 중 피고가 장기보유특별공제를 인정한 허가건물 합계 485.09m2의 5배에 해당하는 2,425.45m2 및 피고가 이를 부인한 전기동력변전시설 49.58m2의 4배에 해당하는 198.32m2는 모두 양도소득세 장기보유특별공제 대상이 되는 토지라 할 것이고, 이를 기초로 하여 이 사건 양도소득세액을 계산하면, 원고가 납부하여야 할 세액은 별지 세액계산내역서 기재와 같이 금 137,810,683원이 된다. 3. 결론 그렇다면, 이 사건 양도소득세 금 173,304,730원의 부과처분 중 금 137,810,683원을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 할 것이므로, 원고의 이 사건 청구는 그 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하며, 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조, 민사소송법 제89조, 제92조를 각 적용하여 주문과 같이 판결한다.