원고는 중소기업 유예기간 적용 중 관계기업 기준 도입으로 유예기간 적용 배제되어 법인세 부과처분을 받음.

• 원고는 2003년에 설립된 플라스틱 제조업체로, 2010 사업연도에 매출액이 1,000억 원을 넘어서 중소기업 기준에 해당하지 않게 되었으나, 당시 구 조세특례제한법 시행령에 따라 중소기업 유예기간을 적용받았다.
• 2011년부터 중소기업기본법 시행령이 개정되어 관계기업 기준이 도입되었고, 2012년부터는 관계기업 매출액 합계가 1,000억 원을 넘으면 중소기업 유예기간 적용에서 제외되도록 규정이 바뀌었다.
• 원고는 지배기업과 관계기업을 포함한 매출액 합계가 1,000억 원을 초과하여 2012 사업연도부터 중소기업에 해당하지 않는 것으로 판단되었다.
• 2013년 11월, 피고는 원고에게 2012 사업연도 법인세 2억 6817만 원을 부과하며 중소기업 유예기간 적용을 배제했다.
• 원고는 이에 불복해 법원에 부과처분 취소를 청구했고, 1심에서는 원고의 청구가 기각되었다.
• 항소심 법원은 원고가 이미 2010년에 매출액 기준으로 중소기업에 해당하지 않게 되었고, 개정된 관계기업 기준 도입으로 인해 유예기간이 실효된 것이 아니므로, 부과처분이 위법하다고 판단했다.

원고는 중소기업 유예기간 적용 중 관계기업 기준 도입으로 인해 유예기간 적용이 배제되어 법인세 부과처분을 받았다. 쟁점은 개정 시행령이 이미 시작된 유예기간을 없애는지 여부였으며, 법원은 개정 규정이 기존 유예기간을 실효시키지 않는다고 판단해 부과처분을 취소했다.

• 원고는 2010년 이미 매출액 1,000억 원을 초과해 중소기업에 해당하지 않게 되었고, 유예기간 적용을 받고 있었으므로 개정 시행령의 관계기업 기준 도입으로 새롭게 중소기업이 아니게 된 것이 아니다.
• 개정 조세특례제한법 시행령 제2조 제2항 단서는 유예기간 개시를 제한하는 규정이지 이미 시작된 유예기간을 없애는 규정이 아니다.
• 관계기업 기준 초과로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 유예기간 적용을 배제하는 규정은 있지만, 이미 유예기간 중인 기업에 대해서는 이를 실효시키는 명확한 규정이 없다.
• 법령 개정의 문언과 취지, 그리고 부칙 규정 등을 종합하면, 기존에 부여된 유예기간은 계속 유지되어야 한다.
• 따라서 피고가 원고에게 2012 사업연도 법인세를 부과한 처분은 법령 해석에 어긋나 위법하다.

원고는 2010년 매출액 기준으로 중소기업 유예기간을 적용받고 있었으며, 이후 관계기업 기준 도입으로 중소기업이 아니게 된 것이 아니므로 개정 시행령이 기존 유예기간을 없애지 않는다. 이에 법원은 원고의 법인세 부과처분을 취소했다.