원고가 집합주택 건설용지를 사업시행자에게 양도하고 양수인이 양도소득세 감면신청을 제출함.

【원 고】 【피 고】 서울반포세무서장 【주 문】 피고가 1981. 12. 16. 원고에 대하여 한 양도소득세 금 14,979,459원과 동 방위세 금 4,126,468원의 부과처분은 이를 취소한다. 소송비용은 피고의 부담으로 한다. 【청구취지】주문과 같다. 【이 유】성립에 다툼이 없는 갑 제1호증(납세고지서), 갑 제2호증(결정내용), 갑 제4호증(자진납부계산서), 을 제1호증의 1(확정결의서), 을 제1호증의 2(과세자료전),을 제1호증의 3(결정내용), 을 제1호증의 4(자진납부계산서), 을 제1호증의 5(매매계약서)의 각 기재에 변론의 전취지를 종합해보면, 원고는 1972. 6. 12. 서울특별시 강남구 반포동(지번 생략) 대 200평 7홉을 취득하여 1978. 3. 10. 소외 한신공영주식회사(이하 소외 한신공영이라 한다)에 대금 40,140,000원에 매도하고 1979. 5. 30. 당시의 원고의 관할세무서인 관악세무서에 소득세과세표준 확정신고를 함에 있어서 과세표준금액을 금 30,298,010원으로 하여 산출된 세액 금 15,149,005원중 위 토지가 집합주택건설용지로서 집합주택지역개발사업 시행자인 위 한신공영에 양도한 것이어서조세감면규제법 제3조의 3 제5항에 따라 75.24퍼센트에 해당하는 금 11,398,111원이 감면된 것으로 계산하여 나머지 세액 금 3,750,894원과 방위세 금 3,029,901원을 자진납부한 사실과(전액면제되는데 착오로 일부감면된 것으로 계산함) 그후 관할의 변경에 의하여 원고의 관할 관청이 된 피고는 원고에게 위 양도소득세를 감면할 근거가 없다는 이유로 1981. 12. 16. 다시 위 동일한 과세대상에 대하여 과세표준을 금 34,387,241원으로 확정하고 산출된 세액 금 17,193,620원에 신고불성실 가산세 금 192,461원과 납부불성실 가산세 금 1,344,272원을 가산한 총 결정세액 금 18,730,353원중 위에서 본 자진납부세액 금 3,750,894원을 공제한 금 14,979,459원과 방위세 금 4,126,468원(가산세 포함)을 부과처분한 사실을 인정할 수 있고 반증없다. 원고는 원고가 양도한 위 대지는 집합주택건설용 토지이고 원고는 이를 집합주택 지역개발사업 시행자에 양도한 것이므로조세감면규제법 제3조의 3 제5항에 따라 양도소득세를 감면받게 되어 있으므로 원고는동법시행령부칙 제3조의 정하는 바에 따라 1979. 1. 6. 양도소득세 감면신청서를 소외 한신공영주식회사를 대리하여 관할세무서에 제출하였으며, 당시 세무서 담당직원소외인이 위 신청서에 따라 소정 양도소득세의 75.24퍼센트를 감면한 금 3,750,894원과 방위세 3,029,901원의 세액을 계산하여 주어 위 인정과 같이 원고는 이를 납부한 사실이 있음에도 피고가 위와 같은 과세처분을 한 것은 부당하다고 주장하므로 살피건대,조세감면규제법(1979. 12. 19. 개정, 법률 제3017호) 제3조의 3 제5항에 의하면 집합주택 지역내의 토지를 주택건설용지로 집합주택 지역개발사업 시행자에게 양도하므로서 생긴 소득은 당해 토지를 매입한 자가 대통령령이 정하는 바에 따라 신청하는 경우에 소득세를 면제한다고 규정하고,동법시행령(1978. 12. 30. 개정, 대통령령 제9232호) 제2조의 4 제3항에는 위 법에 의한 감면신청은 토지를 양수한 날의 다음달 말일까지 양도자의 납세지 세무서장에게 하여야 한다고 규정하고, 동법시행령부칙에서 위 시행령은 1979. 1. 1. 이후 최초로 종료하는 과세기간 또는 사업년도분부터 적용한다라고 규정하는 한편, 이 사건의 경우와 같이 위시행령이 제정되기전에 이미 신청기간이 종료한 양도분에 대하여는 1979. 2. 28.까지 이를 신청하도록 규정되어 있고, 한편 성립에 다툼이 없는 갑 제13호증(확인서)의 기재와 변론의 전취지에 의하면 원고가 양도한 위 토지는 집합주택 지역내의 토지이고 그 양수인인 소외 한신공영은 집합주택지구 개발사업 시행자로 지정된 자인 사실을 인정할 수 있고 반증없으므로, 위 한신공영이 소정 기간내에 원고의 관할세무서장에게 양도소득세 감면신청을 한 사실이 있는가에 관하여 보니, 성립에 다툼이 없는 갑 제11호증(감면신청서), 갑 제12호증(사전안내서), 을 제2호증의 1(접수여부 조회), 을 제2호증의 2(감면신청서), 을 제2호증의 3(조회회보)의 각 기재와 증인소외인, 김호극의 각 증언에 변론의 전취지를 종합해 보면, 원고는 1978. 11월경 당시의 관할관청인 남부세무서장으로부터 자산양도차익예정신고에 관한 안내공문을 받고 1979. 1. 6.의 한신공영을 대리하여 동인명의로 매매계약서, 건설부의 주택건설사업계획 승인서등을 첨부한 양도소득세 감면신청서를 남부세무서의 원고주소지 담당직원인소외인에게 제출하였는데 동인은 위 서류를 받아 접수대장에 등재하지 아니하고 이 사건 과세자료전 이면에 첨부하여 두면서, 적법한 감면신청이 있는 것으로 보아 세액계산을 하여 위 인정과 같이 원고로 하여금 이를 자진납부케 하였는데, 위 관할이 강남세무서로 바뀌고 다시 피고 관할로 바뀔때에 위 감면신청서류가 그대로 인계되어 현재 피고가 이를 서류를 보관하고 있는 사실을 인정할 수 있고 반증없다. 피고는 소외 한신공영이 적법한 기간내에 소득세 감면신청서를 제출하였다 하더라도 동 신청서에 접수인이 찍혀있지 않고 당시 관할세무서의 접수대장에 이를 등재한 사실이 없으므로 적법한 신청이 있었다고 볼 수 없다는 취지로 주장하나 소외 한신공영이 제출하는 위 서류를 접수하고 이를 접수대장에 등재하는 일은 피고의 의무에 속하는 것이라 할 것인바, 피고가 그 의무를 다하지 못하므로서 위 서류가 접수되지 아니하였다하여 원고가 피해를 입을 수 없다 할 것이므로 위 주장은 그 이유없다. 위 인정사실에 의하면 원고는 주택건설용지를 당해 집합주택 지구개발사업 시행자에게 양도하였고 매입자인 소외 한신공영은 대통령령이 정하는 바에 따라 적법한 양도소득세 감면신청을 하였다 할 것이므로 원고는 위 토지의 양도로 인하여 발생할 소득에 대하여 소득세를 면제받아야 할 것인바 피고가 이와 결론을 달리하여 이 사건 과세처분을 한 것은 위법하므로 이를 취소하기로 하고 소송비용은 패소자인 피고의 부담으로 하여 주문과 같이 판결한다. 판사 윤영철(재판장) 김훈 이범주