부동산 양도차익과 임대보증금 수입에 대해 신고하지 않아 세금이 부과됨.

• 회사는 1978년과 1979년 사업년도에 부동산을 양도하여 양도차익이 발생했고, 임대보증금 및 임대료 수입도 있었으나 이를 신고·납부하지 않았습니다.
• 세무서는 1978년분에 대해 기준시가로 양도차익을 계산하고, 임대보증금 수입을 추계하여 법인세와 방위세를 부과했습니다.
• 1979년분에 대해서는 양도가액을 실제 거래가액(경락가액)으로, 취득가액을 기준시가로 하여 양도차익을 계산하고, 임대료 수입을 추계하여 과세했습니다.
• 회사는 특별부가세가 비영리법인에만 적용되어야 하고, 동일 소득에 대한 이중과세이며, 필요경비가 공제되지 않았다고 주장하며 소송을 제기했습니다.
• 1978년분 중 일부에 대해 회사는 심판청구를 거치지 않아 소송 요건을 갖추지 못했습니다.

회사가 부동산 양도차익과 임대보증금 수입을 신고·납부하지 않아 세무서가 기준시가 등으로 과세하자, 회사는 특별부가세 부과의 위법, 이중과세, 필요경비 미공제 등을 주장하며 취소를 구했습니다. 법원은 1978년분 중 일부는 심판청구를 거치지 않아 각하하고, 1979년분에 대해서는 실지 양도가액이 기준시가보다 낮아 결과적으로 위법이 없다고 판단하여 대부분의 청구를 기각했습니다.

• 1978년 사업년도 중 일부 과세처분에 대해서는 회사가 심판청구를 거치지 않았으므로 소송 자체가 부적법하여 각하했습니다.
• 특별부가세는 영리법인에도 적용되므로 회사의 주장은 이유 없습니다.
• 양도차익에 대해 특별부가세와 법인세를 모두 부과하는 것은 이중과세가 아닙니다. 두 세목은 과세 대상과 목적이 다릅니다.
• 1979년분의 경우, 세무서가 양도가액을 실제 거래가액(경락가액)으로, 취득가액을 기준시가로 계산했는데, 실제 거래가액이 기준시가보다 낮아 결과적으로 회사에게 유리한 과세가 되었으므로 위법하지 않습니다.
• 회사가 주장하는 필요경비(매립비 등)는 증빙이 없어 공제할 수 없습니다.

이 사건은 세금 신고를 하지 않으면 세무서가 추계로 과세할 수 있으며, 특별부가세와 법인세는 별개의 세목이므로 이중과세가 아님을 확인한 판결입니다. 또한, 과세처분의 위법 여부는 결과적으로 납세자에게 불이익이 있는지가 중요합니다.