원고가 피합병법인을 흡수합병하면서 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액 차액을 영업권으로 회계장부에 계상함.

• 2008년 9월, 코스닥 상장회사인 원고가 비상장 피합병법인을 흡수합병하였다.
• 합병 당시 피합병법인의 순자산 공정가액은 약 42억 7천만 원이었고, 원고는 합병신주 발행가액 약 200억 원과의 차액 약 158억 원을 영업권으로 회계장부에 기록하였다.
• 원고는 세법상 영업권 요건을 충족하지 못한다고 판단해 세무조정 없이 법인세 신고를 하였다.
• 세무당국은 이 금액을 합병평가차익으로 보고 법인세를 부과하였고, 원고는 이에 대해 취소를 요구하는 소송을 제기하였다.

원고는 피합병법인 합병 과정에서 발생한 영업권 계상액을 세법상 영업권으로 인정받지 못해 법인세 부과처분을 다투었다. 쟁점은 영업권이 세법상 인정되는 자산인지와 합병평가차익으로 볼 수 있는지 여부였다. 법원은 세무당국의 판단이 옳다고 보고 원고의 청구를 받아들이지 않았다.

• 원고가 계상한 영업권은 피합병법인의 순자산 공정가액과 합병신주 발행가액의 차액으로, 세법상 영업권 요건을 충족하는 것으로 봤다.
• 합병평가차익은 합병 당시 실제로 존재하는 평가증액으로, 이는 법인세법에 따라 익금에 산입되어야 한다고 판단했다.
• 영업권은 피합병법인의 허가권, 거래관계, 영업상의 비밀 등 무형자산으로 구성되며, 객관적인 평가방식이 없어 합병대가와 순자산가액 차액으로 평가하는 것이 합리적이라고 보았다.
• 원고의 주장은 회계기술적 발생에 불과하다는 점과 과세관행을 근거로 한 비과세 주장은 받아들여지지 않았다.
• 신고불성실가산세와 납부불성실가산세 부과도 적법하다고 판단했다.

원고가 합병 과정에서 계상한 영업권은 세법상 인정되는 합병평가차익으로 보아 법인세 부과가 적법하다는 판결이 나왔다. 영업권은 단순 회계처리가 아니라 실제 사업가치를 반영한 무형자산으로 인정되었다.