외국법인 원고가 국외 특수관계자에게 연 17% 이자율의 유동화증권 이자를 지급하고, 부산 부지를 매도하며 매매대금을 신고함.

• 원고는 외국에 본사를 둔 회사로, 국외 특수관계자인 LSIF에게 유동화증권을 발행하고 연 17%의 이자를 지급함.
• LSIF는 이 증권을 인수하기 위해 은행에서 LIBOR+3.5%의 이자율로 돈을 빌림.
• 세무당국은 LSIF가 은행에서 빌린 이자율 10.02%를 정상 이자율로 보고, 원고가 지급한 이자 중 이보다 높은 부분을 인정하지 않아 법인세를 추가로 부과함.
• 원고는 부산에 있는 부지를 해밀이라는 회사에 매도하면서 매매대금을 1,100억 원으로 신고했으나, 세무당국은 1,460억 6,500만 원으로 보고 추가 세금을 부과함.
• 원고는 이자율 산정이 부당하며, 부지 매매대금이 최종적으로 확정된 1,100억 원을 기준으로 해야 하고, 매매대금 일부 감액 합의도 고려되어야 한다고 주장함.
• 법원은 이 사건에 대해 원고와 세무당국 간의 이자율 비교 대상의 적정성, 부지 양도대금의 귀속 시기 및 감액 합의의 효력을 검토함.

원고가 국외 특수관계자에게 지급한 유동화증권 이자율이 정상 이자율을 초과했는지와 부산 부지 양도대금의 실제 귀속 시기가 쟁점이었다. 법원은 일부 이자 초과분에 대한 세금 부과를 취소하고, 부지 양도대금 관련 일부 세금 부과를 인정하는 등 원심 판결을 일부 파기하고 형량을 변경했다.

• LSIF가 은행에서 빌린 이자율과 원고가 지급한 증권 이자율은 위험도, 담보력, 만기 등 조건이 달라 직접 비교하기 어려워, 세무당국의 이자율 산정이 일부 부당하다고 봄.
• 부지 매매대금은 최초 계약 이후 수정 계약을 통해 최종 1,100억 원으로 확정되었으므로, 이 금액을 기준으로 세금을 산정해야 한다고 판단함.
• 원고와 해밀 간에 매매대금 일부를 감액하기로 한 합의가 있었으므로, 그 감액분은 익금 산입에서 제외하는 것이 타당하다고 봄.
• 다만, 세무당국이 산정한 일부 추가 과세 부분은 인정되어 원고의 청구 일부만 받아들여졌음.
• 세무조사 과정에서 중복 조사 여부와 관련한 절차적 문제도 검토되었으나, 일부 세무조사 결과는 유효하다고 판단함.

원고가 지급한 유동화증권 이자율이 정상 이자율을 초과했는지와 부지 양도대금의 귀속 시기가 쟁점이었다. 법원은 이자율 산정과 부지 매매대금 확정 시기 및 감액 합의의 적정성을 고려해 일부 세금 부과를 취소하고 일부는 인정하는 판단을 내렸다.