서울특별시로부터 위탁받아 집단에너지 공급사업을 수행하며 부가가치세 부과처분을 받음.

• 원고(서울주택도시공사)는 2002년 1월 집단에너지 공급사업에 대해 면세사업자로 등록했다가, 같은 해 4월 과세사업자로 정정하고, 2003년 6월 다시 면세사업자로 정정했습니다.
• 피고 양천세무서장은 2013년 6월과 10월에 원고에게 부가가치세를 부과하는 처분을 했습니다.
• 원고는 조세심판원에 심판청구를 제기했고, 조세심판원은 2018년 12월 일부 인용 결정을 하면서 재조사를 명했습니다.
• 피고 서울지방국세청장은 재조사 결과 당초 과세가 정당하다는 통지를 2018년 1월에 했습니다.
• 원고는 이에 불복하여 2019년 3월 행정소송을 제기했습니다.

원고(서울주택도시공사)가 서울특별시로부터 위탁받아 집단에너지 공급사업을 수행하면서 부가가치세 부과처분을 받고, 이에 불복하여 소송을 제기했으나, 항소심 법원은 원고의 청구를 기각하고 피고 양천세무서장의 항소를 받아들여 제1심 판결을 취소했습니다. 쟁점은 재조사 결정의 기속력 위반 여부와 면세 대상 해당 여부 등이었습니다.

• 법원은 원고가 피고 서울지방국세청장에 대한 소를 제소기간 내에 제기했다고 판단하여, 제1심의 각하 결정을 취소했습니다.
• 재조사 결정의 기속력에 관해, 법원은 피고 서울지방국세청장이 재조사 결정의 취지에 따라 재조사를 했고, 당초 과세가 정당하다는 결론이 재조사 결정의 취지에 반하지 않는다고 보았습니다.
• 원고의 집단에너지 공급사업이 면세 대상인지에 대해, 법원은 해당 용역이 구 부가가치세법 시행규칙 제11조의5 제1항의 면세사업에 해당하지 않는다고 판단했습니다.
• 매입세액 공제 주장에 대해, 법원은 원고의 매입세액이 사업자등록 전 매입세액에 해당하여 공제 대상이 아니라고 판단했습니다.

이 사건은 지방자치단체로부터 위탁받은 공공기관의 집단에너지 공급사업에 대해 부가가치세 과세가 정당한지 여부를 확인한 사례입니다. 법원은 재조사 결정의 기속력 범위와 면세 대상 판단 기준을 명확히 했으며, 공공기관이라도 사업의 성격에 따라 과세될 수 있음을 보여줍니다.