울산농지개량조합이 비영리공익법인임에도 보고서 미제출로 가산세를 부과받고, 공사비 지급 대신 사리채취권을 제공함에 따라 원천징수세액 부과처분을 받음

• 울산농지개량조합(이하 원고)은 비영리공익법인으로 법인세 면제 대상임에도 법인세 관련 보고서 미제출로 가산세를 부과받았다.
• 원고는 한국전력에 지급한 배전공사비와 여러 공사비 총 34,611,195원에 대해 보고서 미제출 가산세가 부과된 사실이 있었다.
• 원고는 공사비 지급 대신 수급인들에게 사리채취권을 부여했는데, 이에 대해 원천징수 의무를 이행하지 않았다는 이유로 개인영업세와 사업소득세가 부과되었다.
• 또한 원고가 조합비 조기완납 경진회 시상금품 일부를 특정 지역에 지급한 것에 대해 기타소득세 원천징수 의무 불이행으로 세액이 부과되었다.
• 원고는 이들 세금 부과 처분의 취소를 청구했으나, 일부만 인정되고 나머지는 기각되었다.

원고인 울산농지개량조합은 비영리공익법인임에도 보고서 미제출로 법인세 가산세와 공사비 지급 관련 원천징수세액 부과처분을 받았다. 쟁점은 비영리법인에 대한 가산세 부과의 적법성과 공사비 지급에 따른 원천징수 의무 이행 여부였다. 법원은 법인세 면제 대상인 경우 가산세 부과는 부당하다고 판단했으나, 공사비 지급과 관련한 원천징수 의무는 인정하여 일부 부과처분만 취소했다.

• 법인세법에 따라 법인은 매월 지급한 물품 대금 등에 관한 보고서를 제출해야 하고, 미제출 시 가산세가 부과되나, 법인세가 면제되는 비영리공익법인에는 가산세 부과가 적용되지 않는다고 봤다.
• 원고는 공사비 지급 대신 사리채취권을 수급인에게 제공했는데, 이는 공사비 지급의 대체로 보아 원천징수 의무가 발생한다.
• 원고가 공사비 지급과 사리채취권 상계를 통해 공사를 완성했으므로, 이에 대한 원천징수 의무를 이행하지 않은 것은 법에 위반된다고 판단했다.
• 일부 공사에 대해 원고가 실제 공사비를 지급하지 않았다는 주장에 대해, 법원은 관련 서류와 증언을 통해 공사비와 사리채취권이 상계 처리된 사실을 인정했다.
• 원고의 심판청구 절차상 일부 부적법 주장에 대해, 국세기본법상 전심절차가 형식적으로라도 이행되면 행정소송 제기는 적법하다고 판단했다.

울산농지개량조합은 비영리공익법인으로 법인세 면제 대상이지만, 보고서 미제출에 따른 가산세 부과는 부당했다. 그러나 공사비 지급 대신 사리채취권을 제공한 부분에 대해서는 원천징수 의무를 이행하지 않아 일부 세금 부과가 정당하다고 인정되었다.