어린이 선교 목적의 비영리단체가 1992년 취득한 토지를 2011년에 매도함

• 원고는 어린이 선교를 목적으로 설립된 비영리단체로, 1992년에 토지를 매입해 1995년에 소유권을 이전받았다.
• 2011년에 이 토지를 125억 원에 매도했으나, 매도 당시 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않아 법인세가 부과되었다.
• 원고는 법인세 부과가 부당하다며, 시행령 조항이 위헌이고 정당한 사유가 있으며 취득가액 산정과 가산세 부과가 잘못되었다고 주장했다.
• 원고는 이의신청과 심판청구를 했으나 모두 기각되었고, 법원에 처분 취소를 청구했다.
• 법원은 원고의 주장을 모두 받아들이지 않고 청구를 기각했다.

원고인 비영리단체가 3년 미만 고유목적사업에 사용한 토지 처분수익에 대해 법인세를 부과한 처분이 적법한지 쟁점이었으며, 법원은 시행령 조항이 위법하지 않고 정당한 사유가 인정되지 않으며 취득가액 산정과 가산세 부과도 적법하다고 판단하여 원고의 청구를 기각했다.

• 시행령 조항은 법률 위임 범위 내에서 합리적으로 비과세 대상 범위를 제한하고 있어 위헌이나 무효가 아니다.
• 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 데 정당한 사유가 있어도 비과세 대상에서 제외된다는 규정은 법령에 없으므로 이를 인정할 수 없다.
• 토지의 취득가액은 실제 거래가액을 기준으로 산정하는 것이 맞으며, 과거 고유목적사업 사용 기간의 평가이익을 반영하는 것은 법령상 근거가 없다.
• 가산세 부과는 납세자가 법인세 납부 의무를 몰랐더라도 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 법령에 따른 적법한 행정 제재이다.

비영리단체가 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용하지 않은 토지 처분수익에 대해 법인세를 부과한 것은 법령에 근거한 적법한 조치이며, 단체의 주장과 달리 정당한 사유 인정이나 취득가액 산정 변경은 받아들여지지 않았다. 가산세 부과 역시 법적 절차에 맞게 이루어졌다.