8년 이상 자경한 농지를 2005년에 양도하고, 일반공업지역 편입일을 고시일이 아닌 고시일부터 5일 후로 보아 양도소득세 감면을 신고함

- 1 - 대 위 고 등 법 원 제 1 행 정 부 판 결 사 건2010누1024 양도소득세부과처분취소 원고, 항소인○○○○○○○○○○ **** 대표자 ○○○ 피고, 피항소인○○○○○○ 소송수행자 ○○○ 제 1 심 판 결대전지방법원 2010. 5. 12. 선고 2009구합4519 판결 변 론 종 결2010. 8. 19. 판 결 선 고2010. 10. 7. 주 문 1. 제1심 판결을 취소한다. 2. 피고가 2009. 4. 14. 원고에 대하여 한 2005년 귀속 양도소득세 25,164,040원의 부 과처분을 취소한다. 3. 소송총비용은 피고가 부담한다. - 2 - 청구취지 묏 항소취지 주문과 같다. 이 유 1. 처분의 경위 및 사실관계 가. 원고는 1939. 5. 8. **** 전 3,283㎡, 같은 리 ○○○ -○○ 전 1,279㎡, 같은 리 **** 전 691㎡, 같은 리 **** 전 502㎡, 같은 리 **** 유지 248㎡, 같은 리 산 **** 임야 27,372㎡를 취득하였다가 2005. 10. 14. 위 각 토지를 ****에게 양도하였다. 나. 한편, ○○○○○○는 2005. 5. 28. 구 산업입지 및 개발에 관한 법률(2007. 4. 6. 법률 제8337호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 산업입지법’이라 한다) 제18조에 의하여 ○○○○○○○○○○○○ 실시계획(이하 ‘이 사건 실시계획’이라 한다)을 승인하고 같 은 법 제19조의2에 의하여 위 실시계획을 고시하였는데, 이 사건 실시계획에 의하여 위 가항의 각 토지 중 **** 전 3,283㎡, 같은 리 ○○○- ○○ 전 1,279㎡, 같은 리 **** 전 502㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)가 일반공업 지역으로 편입되었다. 다. 원고는 2005. 12.경 양도소득세를 예정신고하면서, 이 사건 토지는 구 조세특례 제한법(2005. 12. 21. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제69조 제1항이 정한 8년 이상의 자경농지로서, 이 사건 토지가 일반공업지역으로 편입된 날을 2005. 6. 2.(이 사건 실시계획의 고시일로부터 5일 후의 날)로 보고 이 날까지 발생한 양도소 득세는 감면대상이라고 보아, 산출세액 197,806,876원에서 2005. 5. 31. 공시된 개별공 - 3 - 시지가를 적용한 감면세액 86,403,730원 및 예정신고납부세액공제액 11,140,314원을 차감한 100,262,832원(= 197,806,876원 - 86,403,730원 - 11,140,314원)을 2005년 귀속 양도소득세로 예정신고하고, 100,262,830원을 납부하였다. 라. 피고는 2009. 4. 14. 구 조세특례제한법 제69조 제1항에 따라 감면세액을 산정하 면서 이 사건 토지가 일반공업지역에 편입된 날을 원고가 주장하는 2005. 6. 2.이 아니 라 2005. 5. 28.(이 사건 실시계획의 고시일)로 보아 그 이전인 2004. 6. 30. 공시된 개 별공시지가를 적용하여 감면세액을 78,393,039원으로 산정한 다음 여기에 납부불성실 가산세를 더하여 이 사건 토지에 대한 양도소득세를 125,426,877원으로 경정하고, 원 고에게 이미 납부세액을 공제한 나머지 2005년 귀속 양도소득세 25,164,047원(= 125,426,877원 - 100,262,830원)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2009. 7. 13. 조세심판원에 심판청구를 하였으 나, 조세심판원은 2009. 9. 3. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2, 4, 5호증(가지번호가 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부에 대한 판단 가. 원고의 주장 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2007. 7. 27. 법률 제8564호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국토계획법’이라 한다) 제31조 제1항에 의하면 도시관리계획결정은 같은 법 제30조 제6항의 고시가 있은 날부터 5일 후에 그 효력이 발생하는 것이므로, 이 사 건 토지의 일반공업지역 편입일자는 2005. 6. 2.로 보아야 하고, 이에 따라 2005. 5. 31. 공시된 개별공시지가를 적용하여 양도소득세 감면세액이 결정되어야 함에도, 피고 - 4 - 가 위 편입일자를 고시일인 2005. 5. 28.로 보아 2004. 6. 30. 공시된 개별공시지가를 적용하여 양도소득세 감면세액을 산정한 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 1) 쟁점 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서는 8년 이상 자경농지로 양도소득세 감면대 상이 되는 토지라 하더라도 당해 토지가 국토계획법에 의한 주거지역.상업지역 및 공 업지역(이하 ‘주거지역 등’이라 한다)에 편입된 경우에는 주거지역 등에 편입된 날까지 발생한 소득으로서 대통령령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상 당하는 세액을 감면한다고 규정하고 있다. 이와 관련하여, 이 사건 토지는 앞서 본 바와 같이 이 사건 실시계획에 따라 일반 공업지역으로 편입되었는바, 위 제69조 제1항 단서에서 말하는 ‘주거지역 등에 편입된 날’이 이 사건 실시계획이 고시된 날인지, 아니면 이 사건 실시계획의 효력이 발생한 날인지가 문제된다. 2) 이 사건 토지가 ‘주거지역 등에 편입된 날’이 언제인지 구 조세특례제한법 제69조 제1항 단서에서 규정하고 있는 ‘주거지역 등에 편입된 날’에서 ‘편입’이란 주거지역.상업지역 및 공업지역이 아닌 지역이 주거지역.상업지 역 및 공업지역으로 용도지역이 변경되는 것을 의미한다. 그런데 이 사건 토지가 주거 지역.상업지역 및 공업지역으로 그 용도지역이 변경된 것은 이 사건 실시계획의 효력 에 따른 것이므로, 이 사건 실시계획이 고시된 것만으로는 ‘편입’되었다고 볼 수 없고 - 5 - 이 사건 실시계획의 효력이 발생하여야 비로소 ‘편입’되었다고 볼 수 있다. 따라서 이 사건 토지가 ‘주거지역 등에 편입된 날’이 언제인지를 판단하기 위해서는 먼저 이 사건 실시계획의 효력발생일을 살펴볼 필요가 있다. 이 사건 토지가 이 사건 실시계획에 따라 주거지역 등에 편입되고, 위와 같은 내용 의 이 사건 실시계획이 승인.고시된 것은 구 산업입지법 제18조 제1항, 제19조의2 제 1항, 같은 법 시행령 제23조의2 제6호에 의한 것인데, 구 산업입지법 제21조 제1항 제 1호에 의하여 이 사건 실시계획의 승인은 도시관리계획의 결정으로, 이 사건 실시계획 의 고시는 구 국토계획법 제30조 제6항의 규정에 의한 도시관리계획결정의 고시로 각 간주되었다. 구 산업입지법에 이 사건 실시계획의 효력발생일에 관하여 아무런 규정을 두고 있지 않은 이상, 위 규정에 따라 이 사건 실시계획의 효력발생일도 도시관리계획 결정의 효력발생일과 동일하게 해석하는 것이 타당한바, 이와 관련하여 구 국토계획법 제31조 제1항은 ‘도시관리계획결정은 그 고시가 있은 날부터 5일 후 효력이 발생한다’ 고 규정하고 있으므로, 이 사건 실시계획도 그 고시일부터 5일 후에 효력이 발생한다 고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 토지가 ‘주거지역 등에 편입된 날’은 이 사건 실시계획이 고시된 날 인 2005. 5. 28.이 아니라 이 사건 실시계획의 효력이 발생한 날로서 그 고시일부터 5 일 후인 2005. 6. 2.로 봄이 타당하다(제1심 판결이 들고 있는 대법원 2004. 12. 9. 선 고 2003두4034 판결은 구 도시계획법 및 이를 대체한 국토계획법에 도시계획결정 또 는 도시관리계획결정의 효력발생일에 관한 규정이 없었던 시기의 사안으로서 이 사건 에 그대로 적용하기에는 적절하지 않다). 3) 소결론 - 6 - 위와 같이 이 사건 토지가 ‘주거지역 등에 편입된 날’을 이 사건 실시계획의 효력이 발생한 날인 2005. 6. 2.로 보아야 하는 이상, 피고로서는 이 사건 토지에 관하여 2005. 6. 2. 현재 이미 2005. 5. 31. 공시된 개별공시지가를 적용하여 양도소득세 감면 세액을 산정하였어야 한다. 그럼에도 불구하고, 이 사건 토지가 ‘주거지역 등에 편입된 날’이 이 사건 실시계획의 고시일인 2005. 5. 28.임을 전제로 하여 2005. 5. 28. 이전에 공시된 개별공시지가를 적용하여 양도소득세 감면세액을 산정한 이 사건 처분에는 법 령을 잘못 해석하고 적용한 위법이 있다. 3. 결론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용할 것인바, 제1심 판결은 이 와 결론을 달리하여 부당하므로 제1심 판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 하 여, 주문과 같이 판결한다. 재판장 판사 신귀섭 _________________________ 판사 이태영 _________________________ 판사 오영표 _________________________ - 7 - 관계 법령 ■ 구 조세특례제한법(2005. 12. 21. 법률 제7839호로 개정되기 전의 것) 제69조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ①농지소재지에 거주하는 대통령령이 정하는 거주자가 8 년 이상[농지법 제32조의 규정에 의한 농업진흥지역내의 농지를 농업기반공사및농지관리기금법에 의한 농업기반공사(이하 이 조에서 "농업기반공사"라 한다) 또는 농업을 주업으로 하는 법인으로서 대통령령 이 정하는 법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)에 2005년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 5년 이상, 대통령령이 정하는 경영이양직접지불보조금의 지급대상이 되는 농지를 농업기반공사 또는 농업법 인에 2010년 12월 31일까지 양도하는 경우에는 3년이상] 직접 경작한 토지로서 농업소득세의 과세대상 (비과세·감면 및 소액부징수 대상을 포함한다)이 되는 토지중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해 토지가 국토의계획및이용에관한법률에 의한 주거지역·상업지역 및 공업지역(이하 이 조에서 "주거지역등"이라 한다)에 편입되거나 도시개발법 그 밖의 법률에 의하여 환지처분전에 농지외의 토지로 환지예정지 지정 을 받은 경우에는 주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날까지 발생한 소득으로서 대통령 령이 정하는 소득에 한하여 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다 ③제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 감면신청을 하여야 한다. ■ 구 조세특례제한법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19329호로 개정되기 전의 것) 제66조 (자경농지에 대한 양도소득세의 감면) ⑦법 제69조제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 소득"이라 함은 「소득세법」 제95조제1항의 규정에 의 한 양도소득금액(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다. 양도소득금액 × (주거지역등에 편입되거나 환지예정지 지정을 받은 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시 가)/(양도당시의 기준시가) － (취득당시의 기준시가) ■ 소득세법 제99조 (기준시가의 산정) ①제96조제2항, 제97조제1항제1호 가목 단서, 제100조 및 제114조제7항의 규정에 따른 기준시가는 다음 각 호에서 정하는 바에 의한다. 1. 제94조제1항제1호의 규정에 의한 토지 또는 건물 가. 토지 「부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 의한 개별공시지가(이하 "개별공시지가"라 한다). 다만, 개별공시지가가 없는 토지의 가액은 납세지 관할세무서장이 인근 유사토지의 개별공시지가를 참 작하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 금액으로 하고, 지가가 급등하는 지역으로서 대통령령 이 정하는 지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액으로 한다. - 8 - ■ 구 산업입지 및 개발에 관한 법률(2007. 4. 6. 법률 제8337호로 개정되기 전의 것) 제7조 (일반지방산업단지의 지정) ①일반지방산업단지는 시·도지사가 지정한다. 제18조 (지방산업단지개발실시계획의 승인) ①지방산업단지의 사업시행자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지방산업단지개발실시계획(이하 "지방 단지실시계획"이라 한다)을 작성하여 시·도지사(항만건설사업에 관한 실시계획의 경우에는 해양수산부장 관을 말하며, 이 경우 해양수산부장관은 시·도지사와 미리 협의하여야 한다. 이하 같다)의 승인을 얻어야 한다. 이 경우 시·도지사는 당해 시장·군수 또는 구청장의 의견을 들어야 하며, 승인을 얻은 사항을 변경 하고자 할 때에도 또한 같다. ②시·도지사가 제1항의 규정에 의하여 지방단지실시계획을 승인하고자 할 때에는 미리 관계행정기관의 장(제7조제2항의 규정에 의한 산업단지개발계획의 협의시 이견을 제출하지 아니한 기관의 장을 제외한 다)과 협의하거나 그 승인을 얻어야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경미한 사항의 변경은 그러하지 아 니하다. 제19조의2 (실시계획승인의 고시등) ①건설교통부장관, 해양수산부장관 또는 시·도지사는 제17조 또는 제18조의 규정에 의하여 실시계획을 승인한 때에는 대통령령이 정하는 사항을 관보 또는 공보에 고시하고, 관계서류의 사본을 관할 시장·군 수 또는 구청장에게 송부하여야 한다. ②제1항의 규정에 의하여 관계서류의 사본을 송부받은 시장·군수 또는 구청장은 이를 일반인이 열람할 수 있도록 하여야 한다. ③제1항의 규정에 의하여 관계서류의 사본을 송부받은 시장·군수 또는 구청장은 도시관리계획결정사항 이 포함되어 있는 경우에는 국토의계획및이용에관한법률 제32조의 규정에 의하여 지형도면의 승인신청 등 필요한 절차를 취하여야 한다. 이 경우 사업시행자는 지형도면고시 등에 필요한 서류를 시장·군수 또 는 구청장에게 제출하여야 한다. ④제1항 내지 제3항의 규정은 제19조의 규정에 의한 농공단지실시계획승인의 경우에 이를 준용한다. 제21조 (다른 법령에 의한 인·허가의 의제등) ①사업시행자가 제17조 내지 제19조의 규정에 의한 실시계획의 승인을 얻은 경우에는 다음 각호의 허 가·결정·인가·면허·협의·동의·승인·해제 또는 처분등(이하 "인·허가등"이라 한다)을 얻은 것으로 보며, 제19 조의2의 규정에 의하여 실시계획의 승인이 고시된 때에는 다음 각호의 관계법률에 의한 인·허가등의 고 시 또는 공고가 있는 것으로 본다. 1. 국토의계획및이용에관한법률 제30조의 규정에 의한 도시관리계획의 결정, 동법 제56조의 규정에 의 한 개발행위의 허가, 동법 제86조의 규정에 의한 도시계획시설사업의 시행자의 지정, 동법 제88조의 규 - 9 - 정에 의한 실시계획의 인가 및 도시개발법 제11조의 규정에 의한 사업시행자의 지정, 동법 제17조의 규 정에 의한 실시계획의 인가 ■ 산업입지 및 개발에 관한 법률 시행령 제23조의2 (실시계획승인의 고시) 법 제19조의2제1항의 규정에 의하여 고시할 사항은 다음 각호와 같다. 1. 사업의 명칭 2. 사업시행자의 성명(법인인 경우에는 법인의 명칭 및 대표자의 성명) 3. 사업의 목적 및 개요 4. 사업시행지역의 위치 및 면적 5. 사업시행기간(착공 및 준공예정일을 포함한다) 6. 도시관리계획결정에 대한 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령」 제25조제5항 각호의 사항 ■ 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(2007. 7. 27. 법률 제8564호로 개정되기 전의 것) 제2조 (정의) 이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. 4. "도시관리계획"이라 함은 특별시·광역시·시 또는 군의 개발·정비 및 보전을 위하여 수립하는 토지이용· 교통·환경·경관·안전·산업·정보통신·보건·후생·안보·문화 등에 관한 다음의 계획을 말한다. 가. 용도지역·용도지구의 지정 또는 변경에 관한 계획 제30조 (도시관리계획의 결정) ①시·도지사는 도시관리계획을 결정하고자 하는 때에는 관계 행정기관의 장과 미리 협의하여야 하며, 건 설교통부장관은 도시관리계획을 결정하고자 하는 때에는 관계 중앙행정기관의 장과 미리 협의하여야 한 다. 이 경우 협의요청을 받은 기관의 장은 특별한 사유가 없는 한 그 요청을 받은 날부터 30일 이내에 의견을 제시하여야 한다. ⑥건설교통부장관 또는 시·도지사는 도시관리계획을 결정한 때에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 고시하고, 건설교통부장관 또는 도지사는 관계 서류를 관계 특별시장·광역시장·시장 또는 군수에게 송부 하여 일반이 열람할 수 있도록 하여야 하며, 특별시장·광역시장은 관계 서류를 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다. 제31조 (도시관리계획결정의 효력) ①도시관리계획결정은 제30조제6항의 규정에 의한 고시가 있은 날부터 5일후에 그 효력이 발생한다. - 10 - 제36조 (용도지역의 지정) ①건설교통부장관 또는 시·도지사는 다음 각호의 1의 용도지역의 지정 또는 변경을 도시관리계획으로 결정한다. 1. 도시지역 : 다음 각목의 1로 구분하여 지정한다. 가. 주거지역 : 거주의 안녕과 건전한 생활환경의 보호를 위하여 필요한 지역 나. 상업지역 : 상업 그 밖의 업무의 편익증진을 위하여 필요한 지역 다. 공업지역 : 공업의 편익증진을 위하여 필요한 지역 라. 녹지지역 : 자연환경·농지 및 산림의 보호, 보건위생, 보안과 도시의 무질서한 확산을 방지하기 위하 여 녹지의 보전이 필요한 지역 ■ 구 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 20722호로 개정되기 전의 것) 제25조 (도시관리계획의 결정) ⑤법 제30조제6항의 규정에 의한 도시관리계획결정의 고시는 건설교통부장관이 하는 경우에는 관보에, 시·도지사가 하는 경우에는 당해 시·도의 공보에 다음 각호의 사항을 게재하는 방법에 의한다. 1. 법 제2조제4호 각목의 1에 해당하는 계획이라는 취지 2. 위치 3. 면적 또는 규모 4. 그 밖에 건설교통부령이 정하는 사항 제30조 (용도지역의 세분) 건설교통부장관 또는 시·도지사는 법 제36조제2항의 규정에 의하여 도시관리계획결정으로 주거지역·상업 지역·공업지역 및 녹지지역을 다음 각호와 같이 세분하여 지정할 수 있다. 3. 공업지역 가. 전용공업지역 : 주로 중화학공업, 공해성 공업 등을 수용하기 위하여 필요한 지역 나. 일반공업지역 : 환경을 저해하지 아니하는 공업의 배치를 위하여 필요한 지역 다. 준공업지역 : 경공업 그 밖의 공업을 수용하되, 주거기능·상업기능 및 업무기능의 보완이 필요한 지 역. 끝.