합병법인이 피합병법인의 청산소득 법인세 부과처분에 대해 포합주식조항과 상계조항 위헌을 주장하며 취소를 구함

• 1999년 3월, 주식회사 고합이 고려석유화학과 고합물산을 합병하고, 고려석유의 청산소득에 대한 법인세 신고를 했다.
• 합병 당시 고려석유의 합병대가(합병으로 받은 주식출자가액)에서 자기자본총액을 빼 청산소득을 0원으로 신고하여 법인세를 내지 않았다.
• 세무서는 합병 전 2년 이내에 취득한 포합주식(합병법인이 피합병법인의 주식을 취득한 것)을 합병대가에 포함해 법인세를 다시 계산해 약 102억 원의 세금을 부과했다.
• 원고는 포합주식조항과 상계조항이 헌법에 위반된다며 법인세 부과처분 취소를 요구했고, 회계처리가 무효이며 이중공제 오류가 있다고 주장했다.
• 국세심판원은 일부 주식은 포합주식에 해당하지 않는다고 결정해 세액을 약 31억 원으로 감액했다.
• 원고는 이 결정에도 불복해 소송을 이어갔다.

합병법인인 원고가 피합병법인의 청산소득에 대해 세무서가 포합주식조항과 상계조항을 적용해 법인세를 부과한 것에 대해 위헌성을 주장하며 취소를 요구했다. 쟁점은 이 조항들의 헌법적 합헌성, 회계처리의 효력, 이중공제 여부였다. 법원은 원고의 주장을 받아들이지 않고 항소를 기각했다.

• 법인세법은 합병 시 피합병법인의 청산소득에 대해 법인세를 부과하도록 규정하고 있으며, 이는 해산과 합병에 따른 재산가치 증가에 대한 정산적 과세다.
• 포합주식조항은 합병 전 2년 이내에 취득한 주식을 합병대가에 포함해 청산소득을 산정하도록 한 것으로, 법원이 이를 위헌으로 보지 않았다.
• 상계조항도 이월결손금을 자기자본에서 공제하는 규정으로, 법원은 이를 조세평등원칙이나 과잉금지 원칙에 위배된다고 판단하지 않았다.
• 원고가 주장한 회계처리 무효와 이중공제 오류에 대해서도 법원은 원고의 회계처리와 주장의 법적 근거가 부족하다고 봤다.
• 결국 법원은 원고의 항소를 기각하고, 세무서의 법인세 부과처분이 적법하다고 판단했다.

합병에 따른 청산소득 법인세 부과에서 포합주식과 이월결손금 상계 규정이 위헌이 아니며, 원고의 회계처리 무효 주장과 이중공제 주장은 받아들여지지 않았다. 법원은 세무서의 처분이 적법하다고 판단해 원고의 항소를 기각했다.