인천국제공항철도 민간투자사업에서 기부채납과 위·수탁 도급계약을 통해 건설 및 용역을 수행함.

• 원고는 인천국제공항철도 민간투자사업 시행자로서 철도시설을 건설해 국가에 기부채납하고 30년간 운영권을 갖는 사업을 진행함.
• 원고는 서울특별시 및 철도청과 위·수탁계약을 맺고 김포공항정거장 공사 및 경의선 설계·감리 용역을 수행함.
• 원고는 이 사업들에 대해 매입세액을 환급받았으나, 피고(종로세무서장)는 이를 영세율·면세 대상이 아니라고 판단해 부가가치세를 부과함.
• 원고는 기부채납사업은 부가가치세 영세율 대상이고, 위·수탁사업은 도급계약에 해당해 매입세액 공제가 가능하다고 주장하며 부과처분 취소를 청구함.
• 국세심판원은 원고의 심판청구를 기각했고, 원고는 법원에 소송을 제기함.

원고가 인천국제공항철도 민간투자사업의 기부채납과 위·수탁사업에 대해 매입세액 환급을 받았으나, 세무서장이 이를 부가가치세 부과 대상이라고 판단해 부과처분을 내림. 쟁점은 기부채납사업의 영세율 적용 여부와 위·수탁사업의 계약 성격이었으며, 법원은 부과처분 일부를 취소하고 소송비용은 세무서장이 부담하도록 결정함.

• 기부채납사업은 민간투자법에 따른 사회간접자본시설 건설용역에 해당하며, 조세특례제한법상 부가가치세 영세율 적용 대상임을 인정함.
• 기부채납사업은 여객운송사업과 별개의 과세사업으로서 매입세액 공제가 가능하다고 봄.
• 위·수탁사업은 원고가 직접 용역을 제공하지 않고 수급업체와 도급계약을 체결해 용역을 공급하는 구조로, 도급계약에 해당해 매입세액 공제가 인정됨.
• 피고가 위·수탁사업을 용역 주선으로 보고 매입세액 공제를 부인한 처분은 위법하다고 판단함.
• 가산세 부과는 원고에게 정당한 사유가 있으므로 위법하다고 봄.
• 2004년 제1기분 부가가치세 부과처분 중 일부는 관할 세무서 변경에 따른 절차적 문제로 부적법하다고 판단함.

원고가 수행한 인천국제공항철도 기부채납사업은 부가가치세 영세율 대상이며, 위·수탁사업은 도급계약으로 매입세액 공제가 가능하다. 이에 세무서장의 일부 부과처분은 법적으로 잘못된 것으로 판단되어 취소되었다.