외국인투자 세액감면을 적용해 법인지방소득세 환급을 청구했으나 거부당함

• 원고는 외국인투자에 대한 세액감면을 적용해 2014사업연도와 2015사업연도 귀속 법인지방소득세의 환급을 구하는 경정청구를 했다.
• 피고들은 2020년 5~6월경 2014사업연도 귀속 법인지방소득세 경정거부처분(합계 2,357,451,320원)과 2015사업연도 귀속 법인지방소득세 경정거부처분(합계 2,075,192,050원)을 했다.
• 쟁점은 지방세법이 2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀐 뒤에도, 개정법 부칙 제15조의 '종전의 규정'에 외국인투자 세액감면 규정이 포함되는지였다.
• 또 개정 전 법령에 따른 감면에 대한 원고의 신뢰를 보호해야 하는지, 즉 신뢰보호 원칙이 적용되는지도 다퉈졌다.
• 1심은 원고의 청구를 받아들여 거부처분을 취소했고, 피고들이 이에 불복해 항소했다.
• 2심 법원은 피고들의 항소이유가 1심과 크게 다르지 않고 새 증거를 보태도 1심 판단이 정당하다고 봤다.

원고가 2014·2015 사업연도 법인지방소득세에 대해 외국인투자 세액감면을 적용한 환급 경정청구를 했으나 피고들이 거부하자 소송을 냈다. 법원은 지방세법이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀌었어도 개정법 부칙의 '종전의 규정'에 외국인투자 감면 규정이 포함되고 원고의 신뢰를 보호해야 한다며, 거부처분을 취소한 1심 판단이 정당하다고 보고 피고들의 항소를 모두 기각했다.

• 지방세법이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 개정되었더라도, 신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조에서 정한 '종전의 규정'에는 외국인투자에 대한 법인세 등 감면에 관한 구 조세특례제한법(2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제121조의4, 제121조의2 제1항 제1호 나목, 제2항 등의 세액감면 규정도 포함된다고 봤다.
• 개정 전 법령에 따른 외국인투자 감면에 대한 원고의 신뢰를 보호해야 할 정도에 이르렀다고 인정했다.
• 따라서 2014·2015년도 귀속 법인지방세에 세액감면을 적용한 원고의 환급 경정청구를 거부한 피고들의 처분은 위법하다고 판단했다.
• 1심의 사실인정과 판단은 정당하고, 당심에서 추가된 증거들을 보태어 살펴봐도 결론이 달라지지 않는다고 했다.
• 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 1심판결의 이유를 그대로 인용했다.

세법이 개정되어 과세 방식이 바뀌더라도, 개정법 부칙에서 '종전의 규정'을 따르도록 한 부분에 기존 감면 규정이 포함된다면 납세자의 기존 신뢰는 보호받을 수 있다. 이 사건은 지방세법 개정 이후에도 외국인투자 세액감면을 계속 적용받을 수 있음을 확인한 판결이라는 점에서 의미가 있다.