원고가 2012·2013 사업연도 에너지절약시설투자비에 대한 이월세액공제를 적용해 법인지방소득세 환급을 요구하는 경정청구를 했고, 피고가 이를 거부했다.

• 원고는 2012년과 2013년 사업연도에 에너지절약시설투자비를 지출하고, 구 조세특례제한법에 따른 이월세액공제를 적용해 법인지방소득세를 환급해 달라는 경정청구를 했다.
• 피고는 2020. 6. 22. 원고에 대해 29,357,857원의 법인지방소득세 경정거부처분을 했다.
• 2014. 1. 1. 지방세법이 개정되면서 법인지방소득세 부과방식이 다른 세금에 얹어 부과하는 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀌었다.
• 이에 따라 개정 전 법령에 따라 주어졌던 에너지절약시설투자비 이월세액공제를 개정 후에도 그대로 적용할 수 있는지가 문제가 됐다.
• 원고는 거부처분을 취소해 달라는 소송을 냈고, 제1심 법원은 원고의 청구를 받아들여 거부처분을 취소했다.
• 피고는 이에 불복해 항소했지만, 항소심 법원도 제1심 판단이 정당하다고 보아 항소를 기각했다.

원고가 2012·2013 사업연도 에너지절약시설투자비에 대한 이월세액공제를 적용해 법인지방소득세 29,357,857원의 환급을 구하는 경정청구를 했으나, 피고가 2020. 6. 22. 이를 거부하는 처분을 했다. 쟁점은 지방세법이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀐 뒤에도 구 조세특례제한법상 에너지절약시설투자비 이월세액공제 규정이 개정 지방세법 부칙 제15조의 '종전의 규정'에 포함되는지였다. 법원은 원고의 청구를 받아들여 거부처분을 취소했고, 피고의 항소도 받아들여지지 않았다.

• 법원은 지방세법이 2014. 1. 1. 개정되어 법인지방소득세가 독립세 방식으로 바뀌었더라도, 개정 지방세법 부칙 제15조에서 말하는 '종전의 규정'에는 에너지절약시설투자비 이월세액공제에 관한 구 조세특례제한법 제25조의2, 제144조 제1항 등이 포함된다고 봤다.
• 즉, 개정 전에 주어졌던 세액공제 혜택을 개정 후에도 계속 받을 수 있도록 하는 신뢰보호 규정이 적용된다고 해석했다.
• 원고가 개정 전 법령에 따라 에너지절약시설투자비 이월공제를 받을 것이라고 믿은 데에 정당한 이유가 있고, 그 신뢰를 보호해야 할 정도에 이르렀다고 판단했다.
• 따라서 2012년, 2013년 사업연도의 에너지절약시설투자비에 대해 이월세액공제를 적용한 원고의 환급 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하다고 결론 내렸다.
• 항소심은 피고의 항소 이유가 제1심과 크게 다르지 않고, 제출된 증거와 변론 내용을 다시 살펴봐도 제1심의 사실인정과 판단이 정당하다고 확인했다.

이 사건은 지방세법 개정으로 법인지방소득세가 독립세로 바뀌더라도, 개정 전에 약속된 에너지절약시설투자비 이월세액공제 혜택은 신뢰보호 원칙에 따라 계속 유지된다는 점을 확인한 판결이다. 납세자가 개정 전 법령을 믿고 세금 신고를 했다면, 개정 후에도 그 신뢰를 보호받아야 한다는 취지를 보여준다.