원고가 에너지절약시설투자비 이월 세액공제를 적용해 법인지방소득세 환급을 청구했으나 피고가 거부함

• 원고는 2009사업연도부터 2013사업연도까지 에너지절약시설투자비에 대한 이월 세액공제를 적용하여 법인지방소득세 환급 경정청구를 했다.
• 피고는 원고의 경정청구를 거부하는 처분을 했다.
• 2014년 1월 1일 법률 제12153호로 지방세법이 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경되었다.
• 개정 지방세법 부칙 제15조는 신뢰보호를 위해 '종전의 규정'을 따르도록 했는데, 여기에 구 조세특례제한법 제25조의2, 제144조 제1항 등이 포함되는지가 다투어졌다.
• 원고는 2020년 6월 피고의 법인지방소득세 경정거부처분의 취소를 구하는 소를 제기했다.
• 제1심은 원고의 청구를 받아들여 피고의 거부처분이 위법하다고 판단했고, 피고가 항소했다.

원고가 2009사업연도부터 2013사업연도까지 에너지절약시설투자비에 대한 이월 세액공제를 적용하여 법인지방소득세 환급 경정청구를 하였으나, 피고가 이를 거부한 처분이 문제되었다. 지방세법이 2014년 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀌면서, 신뢰보호를 위한 부칙 조항의 '종전의 규정'에 구 조세특례제한법의 에너지절약시설투자비 이월 세액공제 조항이 포함되는지가 쟁점이었다. 제1심은 원고의 청구를 받아들여 피고의 거부처분이 위법하다고 판단했고, 항소심도 이를 유지했다.

• 피고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않았고, 제출된 증거와 변론 전체의 취지를 종합해 다시 살펴보아도 제1심의 사실인정과 판단이 정당하다고 보았다.
• 지방세법이 2014년 개정되어 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀌었더라도, 신뢰보호를 위한 개정 지방세법 부칙 제15조에서 정한 '종전의 규정'에는 에너지절약시설투자비 이월 세액공제에 관한 구 조세특례제한법 제25조의2, 제144조 제1항 등도 포함된다고 해석했다.
• 개정 전 법령에 따른 에너지절약시설투자비의 이월공제에 대한 원고의 신뢰를 보호해야 할 정도에 이르렀다고 판단했다.
• 따라서 2009사업연도부터 2013사업연도까지의 에너지절약시설투자비에 대해 이월 세액공제를 적용한 원고의 법인지방소득세 환급 경정청구를 받아들이지 않은 피고의 각 거부처분은 위법하다고 결론지었다.

이 사건은 지방세법 개정으로 법인지방소득세 부과방식이 바뀌더라도, 개정 전 법령에 따라 에너지절약시설투자비 이월 세액공제를 받을 것이라는 납세자의 신뢰가 보호되어야 한다는 점을 확인한 판결이다. 부칙의 '종전의 규정'에 구 조세특례제한법 조항이 포함된다고 해석함으로써, 납세자의 예측 가능성과 신뢰 보호 원칙이 중요하다는 점을 보여준다.