원고가 2012·2013년도 고용창출투자비에 대한 이월세액공제를 적용해 법인지방소득세 환급을 청구했으나, 피고가 이를 거부함.

• 원고는 2012년도와 2013년도에 고용창출투자비를 지출하고, 구 조세특례제한법에 따른 이월세액공제를 적용하여 법인지방소득세 환급을 청구하였다.
• 피고는 2020년 6월 29일 원고에게 33,435,215원의 법인지방소득세 경정거부처분을 하였다.
• 2014년 1월 1일 지방세법이 법률 제12153호로 개정되면서 법인지방소득세 부과방식이 부가세 방식에서 독립세 방식으로 변경되었다.
• 개정 지방세법 부칙 제15조는 신뢰보호를 위해 '종전의 규정'을 따르도록 하였고, 여기에는 구 조세특례제한법(2014년 1월 1일 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제26조, 제132조, 제144조 등이 포함된다.
• 원고는 피고의 경정거부처분에 불복하여 취소를 구하는 소송을 제기하였다.
• 제1심 법원은 29,044,877원 부분에 대한 취소 청구를 받아들였고, 초과 부분은 소를 각하하였다.

원고가 2012·2013년도 고용창출투자비에 대한 이월세액공제를 적용하여 법인지방소득세 환급 경정청구를 하였고, 피고는 2020년 6월 29일 33,435,215원의 경정거부처분을 하였다. 쟁점은 2014년 지방세법 개정으로 법인지방소득세가 부가세 방식에서 독립세 방식으로 바뀐 뒤에도 구 조세특례제한법상 고용창출투자비 이월공제에 대한 신뢰보호가 인정되는지였다. 법원은 개정 지방세법 부칙에서 정한 '종전의 규정'에 구 조세특례제한법 조항도 포함되고 원고의 신뢰를 보호해야 할 정도에 이르렀다며, 피고의 거부처분이 위법하다고 판단하였다.

• 법인지방소득세 부과방식이 부가세에서 독립세로 바뀌었더라도, 개정 지방세법 부칙 제15조에서 정한 '종전의 규정'에 고용창출투자비 이월공제에 관한 구 조세특례제한법 조항들이 포함된다고 보았다.
• 원고가 개정 전 법령에 따라 고용창출투자비 이월공제를 적용받을 것이라고 믿은 데 대해 법이 보호해 주어야 할 정도에 이르렀다고 판단하였다.
• 따라서 2012년도와 2013년도 고용창출투자비에 대해 이월세액공제를 적용한 원고의 법인지방소득세 환급 경정청구를 거부한 피고의 처분은 위법하다고 보았다.
• 제1심의 사실인정과 판단이 정당하다고 인정하여, 행정소송법 제8조 제2항과 민사소송법 제420조 본문에 따라 제1심판결 이유를 그대로 인용하였다.
• 다만 당심의 심판범위가 아닌 소각하 부분은 제외하고 판단하였다.

이 사건은 법인지방소득세 부과방식이 부가세에서 독립세로 바뀌더라도, 개정 법률의 부칙에서 '종전의 규정'을 따르도록 한 경우에는 구 조세특례제한법상 고용창출투자비 이월세액공제에 대한 납세자의 신뢰가 보호된다는 점을 확인해 준 의미가 있다. 납세자가 기존 법령을 믿고 세제 혜택을 적용받은 경우, 법 개정 후에도 그 신뢰가 함부로 침해되어서는 안 된다는 원칙을 보여주는 판결이다.