개인병원을 의료법인으로 전환하며 양도소득세 이월과세를 신청하고 세무서에 여러 차례 문의한 후 진행함.

• 원고는 2004년 개인병원을 개업하여 운영하다가 2008년 6월 의료법인을 설립함.
• 2008년 8월 개인병원 자산과 부채를 의료법인에 모두 넘겼고, 10월에 양도소득세 이월과세를 신청함.
• 세무서가 처음에는 이월과세를 인정했으나, 감사원 감사 후 2010년 3월 이월과세 결정을 취소하고 세금을 부과함.
• 원고는 의료법인이 비영리법인이라 이월과세가 적용되지 않는다는 점과 세무서의 이전 견해가 달라진 점을 문제 삼아 처분 취소를 요구함.

원고는 개인병원을 의료법인(비영리법인)으로 바꾸면서 양도소득세 이월과세를 신청했으나, 세무서가 이를 취소하고 세금을 부과했다. 쟁점은 비영리법인 전환 시 이월과세 적용 여부와 세무서가 이전에 한 안내가 신뢰보호 원칙에 위배되는지였다. 법원은 세무서가 이전에 이월과세가 가능하다고 안내한 점을 인정해 원고 손을 들어주었다.

• 조세법은 법문 그대로 해석해야 하며, 비영리법인은 영리법인과 달라 이월과세 요건인 '출자'에 해당하지 않아 이월과세를 적용할 수 없다고 봄.
• 그러나 세무서가 원고 측에 의료법인 전환 시 이월과세가 가능하다고 여러 차례 공식적으로 안내했고, 원고는 이를 믿고 법인 전환을 진행했음.
• 이월과세 결정도 세무서가 받아들여 주었고, 상급기관도 세무조사 결과를 적정하다고 통지함.
• 이후 세무서가 갑자기 입장을 바꿔 세금을 부과한 것은 원고의 신뢰를 깨뜨리는 행위로 신뢰보호 원칙에 어긋남.
• 원고가 세무 전문가를 통해 여러 차례 문의하며 신중히 행동했고, 세무서의 견해 변경으로 인해 큰 재산상 손해가 발생함.
• 세무서가 당초 견해를 유지했다면 국가의 세금 징수 시기만 늦춰질 뿐 공익에 큰 해가 없다고 판단함.

개인병원을 의료법인으로 바꾸면서 세무서가 이월과세를 인정해 준 점을 믿고 진행한 원고에게, 세무서가 나중에 입장을 바꿔 세금을 부과한 것은 부당하다고 법원이 판단했다. 비영리법인에 이월과세가 원칙적으로 적용되지 않더라도, 행정기관의 신뢰할 만한 안내가 있었다면 그 신뢰를 보호해야 한다는 점이 중요하다.