원고가 산업단지 내 공장용 토지를 나대지 상태로 중소기업자에게 임대하고, 임차인이 그 위에 산업용 건축물을 신축하여 사용함.

• 원고는 2005년 9월 산업단지 내 토지 3필지를 취득하고, 지방세법에 따라 취득세와 등록세 면제를 받음.
• 2005년 12월, 원고는 취득한 토지 중 일부(9,900㎡)를 중소기업자인 현대프로스에게 나대지 상태로 임대함.
• 2006년 11월, 현대프로스는 임대한 토지 위에 산업용 건축물(공장)을 신축하여 사용하기 시작함.
• 2010년 4월, 피고는 원고가 토지를 나대지 상태로 임대한 점을 문제 삼아 취득세와 등록세를 추징하는 처분을 내림.
• 원고는 이 처분이 부당하다며 소송을 제기함.

원고가 산업단지 내 토지를 나대지 상태로 중소기업자에게 임대했으나, 임차인이 그 위에 산업용 건축물을 신축하여 사용한 경우 취득세와 등록세 면제 대상에 해당하는지가 쟁점이었다. 법원은 원고의 주장을 받아들여, 임차인이 건축물을 신축해 사용한 이상 취득세와 등록세를 추징할 이유가 없다고 판단했다.

• 지방세법은 산업단지 내에서 산업용 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자와 공장용 부동산을 중소기업자에게 임대하고자 하는 자에게 취득세와 등록세를 면제해 주고 있음.
• '공장용 부동산'에는 건축물이 없는 나대지 상태의 토지도 포함되며, 임대 목적이 중소기업자에게 산업용 건축물을 신축·사용하게 하는 것이라면 면제 대상에 해당함.
• 임차인이 토지 위에 산업용 건축물을 신축하여 직접 사용한 경우, 토지 취득자가 직접 건축하지 않았더라도 면제 취지에 반하지 않음.
• 원고가 토지를 임대한 현대프로스는 원고의 사내 창업 회사로 사실상 원고의 일부로 볼 수 있어, 임차인의 사용은 원고의 직접 사용으로 간주 가능함.
• 따라서 원고가 토지를 나대지 상태로 임대한 사실만으로는 취득세와 등록세를 추징할 근거가 없다고 봄.

산업단지 내 토지를 나대지 상태로 중소기업자에게 임대했더라도, 임차인이 그 위에 산업용 건축물을 신축하여 사용하면 취득세와 등록세 면제 대상에 해당한다. 법원은 임차인의 건축 및 사용 행위를 토지 취득자의 직접 사용으로 인정하여 세금 추징 처분을 취소했다.