법인세 신고 시 외국납부세액에 대해 세액공제방법을 선택하고, 법인지방소득세 신고 시 동일한 외국납부세액을 비용에서 빼지 않고 수입에 더하는 방식으로 신고함.

• 2014년과 2015년 사업연도에 원고는 법인세 신고 시 외국에서 낸 세금(외국납부세액)에 대해 세금에서 빼주는 방법(세액공제방법)을 선택함.
• 같은 기간 법인지방소득세 신고 때는 같은 외국납부세액을 비용에서 빼지 않고 수입에 더하는 방식으로 신고하고 세금을 냄.
• 원고는 이후 법인지방소득세 신고 때 외국납부세액을 비용으로 넣고 수입에서 빼는 방식으로 다시 계산해 세금을 돌려달라고 요구함.
• 관할 세무 당국은 원고의 요구를 모두 거부함.
• 원고는 이에 불복해 법원에 처분 취소를 요구하는 소송을 냄.

원고는 법인세 신고 때 외국납부세액을 세금에서 빼주는 방법을 선택했지만, 법인지방소득세 신고 때는 같은 금액을 비용에서 빼지 않고 수입에 더하는 방식으로 신고했다. 쟁점은 법인지방소득세 과세표준 산정 시 외국납부세액을 어떻게 처리해야 하는지였고, 법원은 원고의 주장이 옳다고 판단해 세무 당국의 거부 처분을 취소했다.

• 법인세법은 외국에서 낸 세금을 세금에서 빼주거나 비용으로 인정해 중복 과세를 막고 조세 부담을 줄이려는 취지가 있음.
• 법인지방소득세법에는 외국납부세액을 세금에서 빼주거나 비용으로 인정하는 규정이 없지만, 법인세법의 취지에 따라 직접 외국납부세액은 비용으로 넣고 간접 외국납부세액은 수입에서 빼는 방식으로 과세표준을 산정하는 것이 맞음.
• 법인지방소득세 과세표준을 법인세법에 따라 계산하라는 규정은 법인세 과세표준과 똑같이 적용하라는 뜻이 아니라 계산 방법을 참고하라는 의미임.
• 원고가 법인지방소득세 과세표준을 다시 계산해 환급을 요구한 것은 법인세법 취지에 맞는 합리적인 요구임.
• 따라서 세무 당국의 거부 처분은 법에 맞지 않아 위법함.

법원은 법인세 신고 때 외국납부세액을 세액공제 방법으로 처리한 경우, 법인지방소득세 과세표준 산정 시에도 직접 외국납부세액은 비용으로 넣고 간접 외국납부세액은 수입에서 빼야 한다고 판단했다. 이로 인해 원고의 세금 환급 요구가 인정되어 세무 당국의 거부 처분이 취소되었다.