원고 회사가 소외 회사를 흡수합병하면서 소외 회사가 보유하던 원고 회사 발행주식(자기주식)을 장부가액으로 넘겨받아 2004년과 2005년에 처분함

• 원고 회사가 소외 회사를 흡수합병하는 과정에서, 소외 회사가 보유하고 있던 원고 회사의 발행주식, 즉 자기주식을 장부가액으로 넘겨받았다.
• 원고 회사는 이렇게 넘겨받은 자기주식을 2004년과 2005년에 처분하였다.
• 피고인 수원세무서장은 이 처분으로 생긴 이익을 법인세 과세대상으로 보아, 원고가 청구한 법인세 과세표준 경정을 받아들이지 않았다(경정거부처분).
• 이에 원고 회사는 2009년 2월경 피고가 한 2004년 귀속 법인세 및 2005년 귀속 법인세 경정거부처분을 취소해 달라며 소송을 냈다.
• 제1심 법원은 원고의 청구를 받아들이지 않았고, 원고가 항소하여 서울고등법원에서 다시 판단을 받게 되었다.

원고 회사가 흡수합병 과정에서 피합병 회사가 들고 있던 원고 회사 발행주식(자기주식)을 장부가액으로 넘겨받은 뒤 2004년과 2005년에 처분한 데 대해, 피고인 수원세무서장이 이를 법인세 과세대상으로 보고 경정을 거부한 처분이 문제가 되었다. 법원은 이 처분이익이 자본의 증감에 관한 거래, 즉 자본거래에서 생긴 합병차익에 해당한다며 익금(세금 계산에서 이익으로 잡는 금액)에 넣지 않는 대상이라고 보아, 피고의 경정거부처분을 모두 취소하였다.

• 법인세법상 익금(이익으로 잡는 금액)은 원칙적으로 법인의 순자산을 늘리는 거래에서 생긴 수익이지만, 자본거래로 생긴 수익은 따로 익금에 넣지 않는다고 규정되어 있다.
• 자기주식을 처분해서 생긴 이익이라도 그것이 자본거래에서 비롯된 '합병차익'에 해당하면 익금에 넣지 않고, 오직 대통령령이 정하는 '합병평가차익'에 해당할 때만 다시 익금에 넣는다.
• 합병법인이 피합병법인이 들고 있던 합병법인 발행주식(자기주식)을 넘겨받아 처분하는 것은 자본의 환급 또는 납입 성격을 지닌 자본거래로 보아야 한다.
• 대법원 판례(1992. 9. 8. 선고 91누13670 등)도 같은 취지로, 이런 처분이익은 합병차익에 포함되어 익금에서 빠진다고 본다.
• 피고는 처분가액과 합병등기일 당시 시가의 차액, 즉 합병 후 시가상승분도 익금에 넣어야 한다고 주장했지만, 법령상 익금에서 빼는 합병평가차익은 합병 시점의 평가가액과 장부가액의 차액만을 가리키므로 이 주장은 받아들여지지 않았다.

합병으로 피합병 회사가 보유하던 자기주식을 넘겨받아 처분해 생긴 이익은, 자본거래에서 비롯된 합병차익으로서 법인세 계산에서 이익에 넣지 않는 대상이라는 점을 확인한 사건이다. 합병 후 시가가 올라 생긴 차익까지 세금 대상으로 볼 수 없다는 점에서, 합병·자기주식 거래를 하는 회사들이 세금 계산 시 참고할 만한 의미가 있다.