원고가 창업벤처중소기업 세액감면을 신청했으나, 피고가 감면기간 경과 등을 이유로 법인세를 부과함.

• 원고는 2008년에 설립된 회사로, 2009년부터 벤처기업 확인을 여러 차례 받았다.
• 2014년 3월, 원고는 2013년 귀속 법인세에 대해 창업벤처중소기업 세액감면을 신청하고 나머지 세액을 신고·납부했다.
• 피고는 원고가 관계기업으로 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 2014년 7월에 법인세를 다시 부과했다.
• 조세심판원은 2015년 2월 이 부과처분이 위법하다며 취소 결정을 내렸다.
• 이후 서울지방국세청 감사 결과, 원고가 승계한 사업 소득에 대한 감면기한이 2012년까지임을 확인하고, 피고는 2016년 5월 2013년 귀속 법인세를 다시 부과했다.
• 조세심판원은 2016년 12월 이 두 번째 부과처분은 대체로 적법하다고 결정했다.

원고는 창업벤처중소기업 세액감면을 신청했으나, 피고는 원고가 중소기업에 해당하지 않거나 감면기간이 지났다는 이유로 법인세를 부과했다. 쟁점은 원고가 중소기업에 해당하는지와 감면기간 적용 여부였으며, 법원은 원고가 중소기업에 해당하나 감면기간이 지난 2013년 귀속분에 대해서는 세액감면이 적용되지 않는다고 판단했다.

• 원고가 중소기업에 해당하는지 여부는 관계기업을 포함한 매출액 등 기준으로 판단했으며, 2012년 기준으로는 중소기업에 해당한다고 봤다.
• 첫 번째 부과처분은 원고가 중소기업에 해당하지 않는다는 이유였으나, 조세심판원은 이 판단이 잘못됐다고 봤다.
• 두 번째 부과처분은 감면기간이 지난 2013년 귀속분에 대해 이루어진 것으로, 이는 첫 번째 부과처분과는 다른 사유에 따른 새로운 처분으로 인정되었다.
• 법원은 감면기간 개시 시점을 '확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도'로 해석하며, 감면기간이 지난 2013년 귀속분에 대해서는 세액감면을 적용할 수 없다고 판단했다.
• 재결의 기속력은 같은 사유에만 적용되므로, 서로 다른 사유에 따른 두 번째 부과처분은 기속력에 반하지 않는다고 봤다.
• 법률 해석상 감면요건은 엄격히 해석해야 하며, 원고의 감면기간 포함 주장은 합리적 이유 없는 확장 해석으로 받아들여지지 않았다.

원고는 중소기업에 해당하지만, 법원은 감면기간이 지난 2013년 귀속 법인세에 대해서는 세액감면을 적용할 수 없다고 판단했다. 따라서 피고가 부과한 법인세 처분은 적법하다고 봤다.