학교법인이 대학 교사로 쓰던 건물 일부를 창업보육센터로 돌려 창업업체들에 임대해 수익사업에 사용함

• 원고 학교법인은 1995년 9월 30일 한국토지개발공사로부터 OO지역 첨단과학산업단지 내 교육시설용지 66,116㎡를 매수하였고, 이후 이 토지는 33,058.2㎡와 34,840.8㎡로 분할되었다.
• 원고는 1997년 5월 28일 피고 구청장으로부터 대학 교사 5개 동 신축을 위한 건축허가를 받아 공사를 진행하였고, 1998년 11월과 12월에 걸쳐 사용승인을 받아 교사로 사용해 왔다.
• 원고가 설치·경영하는 대학은 2000년 4월 27일 중소기업창업지원법에 따른 창업보육센터 사업자로 지정되었고, 이 사건 건물 중 기계자동차학과동을 창업보육센터로 사용하면서 그중 899.5㎡에 2000년 10월경부터 창업업체들이 입주하였다.
• 광주광역시장은 2002년 12월 31일경 원고가 이 사건 부동산을 교육 목적으로 취득한 후 취득세 등을 비과세 받았으나 유예기간 3년 이내에 일부를 임대한 사실이 확인된다며 취득세·등록세 등 합계 66,968,900원과 2001·2002년도 종합토지세 등을 추징한다는 세무조사 결과를 통지하였다.
• 원고가 과세전 적부심사 청구를 하자 피고는 이를 기각하였고, 광주광역시장은 일부 감액 경정을 하였으며, 이후 행정자치부장관의 지방세 심사청구 경정결정에 따라 종합토지세 부분이 50% 경감되었다.
• 결국 피고는 2003년 3월 11일 취득세 28,737,570원, 농어촌특별세 2,634,260원을, 같은 달 12일 일반등록세 29,645,830원, 지방교육세 5,435,060원을, 같은 해 4월 9일 2001·2002년도 종합토지세 등을 각 부과하는 처분을 하였다.

학교법인이 대학 교사(校舍)로 사용하던 건물 중 일부를 창업보육센터로 이용하면서 그 일부를 창업업체들에게 임대한 것은 부동산 임대 행위로서 지방세법상 '수익사업'에 해당하고, 이미 교사로 사용하던 건물을 창업보육센터용으로 사용한 것은 '창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득한 것'으로 볼 수 없다는 이유로, 피고 구청장이 부과한 취득세·등록세·종합토지세 부과처분은 모두 정당하다고 판단하여 원고의 청구를 기각하였다.

• 법원은 학교법인이 대학 교사로 사용하던 건물을 창업보육센터로 이용하면서 그중 일부를 창업업체들에게 임대하고 있는 행위는 부동산 임대 행위로서 구 지방세법 제107조 단서 및 제127조 제1항 단서가 정한 '수익사업'에 해당한다고 보았다.
• 또한 이미 대학 교사로 사용하던 건물 중 일부를 창업보육센터로 이용한 경우에는, 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 그 건물을 취득한 것으로 볼 수 없다고 판단하였다.
• 즉 취득세·등록세를 면제받으려면 취득한 부동산을 정해진 용도에 직접 사용해야 하는데, 이미 다른 용도(교사)로 사용하던 건물을 나중에 창업보육센터로 돌려 쓴 것은 '직접 사용하기 위한 취득'으로 인정할 수 없다는 것이다.
• 창업업체들이 입주한 부분은 임대 수익을 얻는 사업에 쓰인 것이므로 비과세·감면 대상에서 제외되고, 그 부분에 해당하는 토지 비율만큼 종합토지세 등도 부과하는 것이 정당하다고 보았다.
• 원고가 주장한 '입주 부분에 대해서만 과세 가능하다'는 주장은 받아들여지지 않았고, 피고의 과세처분은 적법하다고 결론지었다.

학교법인이 교육용으로 취득해 세금을 면제받은 부동산이라도, 그 일부를 창업보육센터 입주업체 등에 임대해 수익을 내면 지방세법상 '수익사업'으로 보아 취득세·등록세·종합토지세 과세 대상이 될 수 있다는 점을 보여준 사례이다. 특히 이미 교사로 쓰던 건물을 나중에 다른 용도로 돌려 쓰는 경우에는 '직접 사용하기 위한 취득'으로 인정되지 않아 감면이 배제될 수 있음을 기억할 필요가 있다.