비영리법인이 학교용지로 토지를 양도하고, 취득가액을 기준시가로 계산하여 특별부가세분 방위세를 신고·납부함.

• 원고는 1965년 9월 28일 종중재산을 출연받아 설립된 비영리법인이다.
• 1983년 8월 4일, 원고는 OO지역 소재 임야 25,020㎡를 서울특별시 교육위원회에 학교용지로 663,030,000원에 양도했다.
• 1984년 3월 15일, 원고는 특별부가세분 방위세 과세표준을 신고하면서 양도가액은 실지거래가액(663,030,000원)으로, 취득가액은 기준시가(75,682,998원)로 계산하여 38,402,031원을 신고·납부했다.
• 피고(광화문세무서장)는 1985년 5월 16일 서면심리 결과 양도비용 과다공제 등을 이유로 양도차익을 513,487,688원으로 산출하고, 특별부가세분 방위세 38,668,151원, 가산세 53,224원 합계 38,721,375원으로 증액경정 결정·고시했다.
• 원고는 양도가액도 기준시가(90,820,098원)로 계산해야 하므로 6,327,048원을 초과한 부분은 취소되어야 한다고 주장하며 소송을 제기했다.

원고(비영리법인)가 토지를 양도한 후 특별부가세분 방위세를 신고·납부했으나, 세무서장이 양도비용 과다공제 등을 이유로 세액을 증액경정하자, 원고는 양도가액도 기준시가로 계산해야 한다며 소송을 제기했다. 법원은 원고의 주장을 일부 받아들여, 양도가액을 기준시가로 계산한 금액을 초과하는 부과처분을 취소했다.

• 과세관청이 납세자의 신고에 대해 증액경정처분을 한 경우, 당초 신고에 의한 조세채무는 경정처분에 흡수되어 소멸하므로, 경정처분 전체가 쟁송대상이 된다. 따라서 원고는 경정처분 전체에 대해 다툴 수 있다.
• 원고가 설립 시 출연받은 기본재산인 토지를 양도한 경우, 양도가액은 실지거래가액이 확인되므로 실지거래가액을 기준으로 해야 한다. 그러나 취득가액은 출연받은 재산으로 실지거래가액이 불분명하므로, 기준시가(환산가액)로 산정해야 한다.
• 원고의 주장처럼 양도가액을 기준시가로 계산해야 한다는 법적 근거는 없다. 양도가액은 실지거래가액이 확인되므로 실지거래가액을 적용하는 것이 타당하다.
• 다만, 피고가 증액경정하면서 양도비용을 과다공제한 부분을 시정한 것은 적법하나, 원고가 주장하는 양도가액 기준시가 적용 주장은 받아들일 수 없다. 따라서 원고가 계산한 기준시가 기준 세액 6,327,048원을 초과하는 부분만 취소한다.

이 사건은 비영리법인이 출연받은 토지를 양도할 때 취득가액 산정 방법이 쟁점이 되었다. 법원은 양도가액은 실지거래가액을, 취득가액은 불분명한 경우 기준시가를 적용해야 한다고 판단하여, 세무서의 증액경정처분 중 일부를 취소했다. 이는 비영리법인의 재산 양도 시 세금 계산 방법을 명확히 한 사례이다.