공장용지와 건축물을 사들여 취득가액 6억 1천만 원으로 신고·납부했으나, 관청이 시가표준액을 기준으로 등록세 등을 더 부과하자 그 취소를 다툼.

【심급】 1심 【세목】 등록면허세 【주문】 1. 피고가 2001. 7. 16. 원고에 대하여 한 등록세 24,759,820원, 지방교육세 금 4,539,290 원의 부과처분 중 등록세 금 24,756,740원, 지방교육세 금 4,538,730원을 각 초과하 는 부분을 각 취소한다. 2. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 3. 소송비용은 원고가 95%, 피고가 5%를 각 부담한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 2001. 3. 27. ****(이하 '****'이라 한다)으로부터 **** 공장용지 6,717㎡(이하 ‘이 사건 공장용지’라 한다)와 그 지상 건축물 1,530.56㎡를 취득하였다며, 그 취득가액을 금 610,000,000원으로 하여 그에 따른 취득세 금 12,200,000원, 농어촌특별세 금 1,220,000원, 등록세 금 18,300,000원 및 지방교육세 금 3,660,000원을 자진 신고·납부하였다. 나. 그러나 피고는 원고가 이 사건 공장용지 및 그 지상의 시멘트블럭조 스레이트 지붕 생산시설 1,375.2㎡와 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사원아파트 79.4㎡, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사무실 및 견본주택 76.0㎡ 합계 1,530.6㎡외에도 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사무실 및 견본주택 6.6㎡(이상 전부를 이하 ‘이 사건 취득 부동산’이라 한다)까지 사실상 취득하였을 뿐 아니라 신고한 취득가액은 시가표준액에 미달한다는 이유로 지방세법 제111조 제2항, 130조 제2항에 의하여 이 사건 취득 부동산의 시가표준합계액인 금 1,297,773,300원과 원고 신고가액과의 차액인 금 687,773,300원(= 금 1,297,773,300원 - 금 610,000,000원)에 대하여 지방세법 제112조 제1항, 제121조, 제131조 제1항 제3호 제⑵목, 구 지방세법(2001. 12. 29. 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제151조, 제260조의 3 제1항, 제260조의2, 구 농어 촌특별세법(2001.12.29 법률 제6549호로 개정되기 전의 것) 제5조, 제11조에 의한 세액을 산출하여 2001. 7. 16. 원고에게 취득세 16,506,550원(= 원세 금 13,755,460원 + 가산세 금 2,751,090원), 농어촌특별세 1,513,090원(= 본세 금 1,375,540원 + 가산세 금 137,550원), 등록세 24,759,820원(= 원세 금 20,633,190원 + 가산세 4,126,630원), 지방교육세 4,539,290원(= 본세 금 4,126,630원 + 가산세 금 412,660원)을 각 부과·고지하였다. 다. 이에 원고는 2001. 10. 15. 이의신청을, 2002. 3. 4. 심사청구를 차례로 하였으나 모두 기각되었다. [증거] 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증(을 제3호증과 같다), 갑 제4호증, 갑 제9호증, 갑 제11호증, 을 제1호증의 1, 2의 각 기재, 증인 이영길의 증언, 변론의 전취지 2. 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 이 사건 취득 부동산과 고양시 덕양구 대자동 298-1 임야 352㎡, 같은 동 300-1 임야 513㎡, 같은 동 300-3 임야 20㎡ 및 기계기구 172점 등(이하 ‘이 사건 낙찰 물건’이라 한다)을 금 802,200,000원에 낙찰받았다가 이 사건 낙찰 물건 일부에 마쳐진 근저당권 내지 가압류 등을 말소 내지 해제하여 금융기관으로부터 더 많은 액수를 대출받기 위해 법인인****과 사이에 이 사건 낙찰 물건에 관하여 매매대금은 그 말소 내지 해제에 소요되는 비용인 금 865,292,917원으로 하여 매매계약을 체결하면서 이 사건 취득 부동산 부분에 관한 대금은 금 610,000,000원으로 하기로 하였으므로 이 사건 취득 부동산에 대한 취득가액인 금 610,000,000원을 초과하여 부과한 청구취지 기재 각 처분은 위법하다는 취지로 주장한다. 나. 관련 법령 별지 관련 법령 기재와 같다. 다. 판단 ⑴ 인정사실 다음의 각 사실은 갑 제2호증의 1, 2, 갑 제3호증(을 제3호증과 같다), 갑 제9호증, 갑 제11호증, 갑 제12호증의 3 내지 6(각 일부), 7, 갑 제16호증의 1, 3, 8, 18의 각 기재 및 증인 이영길의 증언에 변론의 전취지를 종합하여 인정할 수 있고 이에 반하는 갑 제12호증의 3(일부), 4(일부), 5(일부), 6(일부)의 각 기재만으로는 아래 사실을 뒤집기에 부족하고 달리 반증이 없다. ㈎ 주식회사 신한은행이 1999. 2. 이 사건 낙찰 물건 중 일부에 대하여 부동산임의경매신청을 하여 개시된 서울지방법원 의정부지원 99타경14900호 부동산임의경매절차에서 원고가 2000. 11. 10. 법원의 일괄입찰 결정으로 이 사건 낙찰 물건 중 부동산 전부를 금 802,200,000원에 낙찰받고 그 입찰보증금 80,220,000원만을 납부한 상태에서 주식회사 신한은행이 2001. 3. 원고의 동의를 받아 위 경매를 취하하였다. ㈏ 그 후 원고는 2001. 2. 20.****과 사이에 이 사건 공장용지와 그 지상 건축물 1,530.56㎡에 관하여 매매대금을 금 610,000,000원으로 하는 내용의 매매계약서를 작성하였으나, 2001. 3. 27. 이 사건 취득 부동산 전부를 사실상 취득하였다. 그런데****은 파주세무서장에 의하여 이미 1998. 12. 31. 직권 폐업되었었다. ㈐ 한편 원고는 이 사건 공장용지에 관하여는 2001. 3. 27., 시멘트블럭조 스레이트 지붕 2층 생산시설(등기부상으로는 공장 및 사무실) 1층 770.3㎡ 및 2층 76.0㎡, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 생산시설(등기부상으로는 단층 공장) 528.9㎡, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사원아파트(등기부상으로는 단층 기숙사) 79.4㎡, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 단층 사무실 및 견본주택(등기부상으로는 단층 공장) 76.0㎡에 관하여는 각 2001. 4. 4. 자신 앞으로 소유권이전등기를 마쳤으나, 시멘트블럭조 스레이트 지붕 사무실 및 견본주택(등기부상으로는 단층 수위실) 6.6㎡(이하 ‘이 사건 미등기 건물’이라 한다)에 관하여는 그에 대한 등기부 용지가 개설되어 있음에도 적어도 2003. 1. 20.까지는 자신 앞으로 소유권이전등기를 마치지 아니하였다. ㈑ 이 사건 취득 부동산 중 이 사건 미등기 건물의 시가표준액은 금 85,800원이며, 그 나머지의 시가표준합계액은 금 1,297,687,500원이다. ⑵ 판단 지방세법 제111조 제1항, 130조 제1항은 취득세 또는 등록세의 과세표준은 취득당시의 가액 또는 등기·등록 당시의 가액으로 하고, 지방세법 제11조 제2항, 제130조 제2항에 의하면, 그 각 가액은 취득자 또는 등기·등록자가 신고한 가액으로 하며, 다만 신고가 없거나 그 신고가액이 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의하지만 지방세법 111조 제5항, 제3호, 제4호제130조 제3항은 법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득과 공매방법에 의한 취득의 경우에는 취득가격이 시가표준액에 미달하더라도 그 취득가격에 의하도록 되어 있고, 지방세법시행령 제82조의2 제1항 제2호에 의하면 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표 및 결산서를 법인장부로 보고 있는바, 이러한 지방세법 제111조 제5항의 취지는 같은 항 각호 해당 취득에 있어서는 그 취득가액이 명백하게 드러나는 것이어서 이 경우에는 취득자의 신고에 관계없이 사실상의 취득가액에 의하여 그 과세표준을 정한다는 것으로서 그와 같이 사실상의 취득가액에 의하여 과세표준을 정하는 것은 같은 조 제1항 및 제2항의 규정에 따라 취득자의 신고에 의하여 과세표준을 정하는 원칙적인 방법에 대한 예외에 해당하는 것인 만큼 같은 조 제5항 각호에 해당되는 취득의 경우에만 한정하여 적용된다고 보아야 할 것이다. 이 사건에 있어****이 작성한 원장 등의 법인장부에 의하여 이 사건 취득 부동산의 취득가격을 입증할 아무런 자료가 없는 이상 원고가 주장하는, 시가표준액에 미달하는 취득가격을 취득세 및 등록세의 과세표준으로 삼을 수는 없고, 따라서 원고가 사실상 취득한 이 사건 취득 부동산의 시가표준합계액인 금 1,297,773,300원을 과세표준으로 한 취득세 및 농어촌특별세 부과처분은 모두 적법하고, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다. 그러나지방세법 124조에 의하면, 등기 또는 등록하는 것을 등록세의 과세요건사실로서 규정하고 있고,지방세법 제130조 제1항,제104조 제4호,지방세법시행령 89조 제3항,제75조의 2각호,건축법 제2조 제1항 제2호 및 부동산등기법 제14조에 의하면, 등록세의 과세객체로서 부동산 중 토지를 제외한 건축물에는 등기의 대상이 되는 건물과 그렇지 아니한 건축물로 나눌 수 있고, 등기의 대상이 되는 건물인 경우 그것이 비록민법 제100조 제1항이 정한 종물이어서같은 조 제2항에 의하여 주물의 처분에 따른다 할지라도 이는 어디까지나 사법상의 효력을 정한 것에 불과하고 그에 관한 등록세 납세의무는 등기를 하는 때에 성립한다고 봄이 상당하다 할 것인바, 이 사건 미등기 건물은 등기의 대상이 되는 건물로서 등기부 용지가 개설되어 있는 사실과 원고는 2001. 3. 27. 사실상 이 사건 미등기 건물을 취득하긴 하였지만 피고가 자신에 대하여 등록세 및 지방교육세를 부과할 당시인 2001. 7. 16. 이후 적어도 2003. 1. 20.까지 이 사건 미등기 건물에 관하여 자신 앞으로 소유권이전등기를 마친 적이 없는 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 미등기 건물에 대한 시가표준액은 취득세의 과세표준액에 산입함은 별론으로 하고 등록세의 과세표준액에서는 제외되어야 할 것인데도 피고의 등록세 및 지방교육세 부과처분은 이를 제외하지 않고 합산하여 과세표준액을 산정한 위법이 있다고 할 것이다. 나아가 이 사건 미등기 건물을 제외한 나머지 부분에 대하여 원고가 추가로 납부하여야 할 세액을 계산해보면 다음에서 보는 바와 같이 등록세 금 24,756,740원, 지방교육세 금 4,538,730원이다. [계산내역] ※ 과세표준 : 금 1,297,687,500원(= 금 1,297,773,300원 - 금 85,800원) ※ 미납과세표준 : 금 687,687,500원(= 과세표준 금 1,297,687,500원 - 기신고과세표준 금 610,000,000원) ※ 추가 납부할 등록세 : 금 24,756,740원{= 원세 금 20,630,620원(= 미납과세표준 금 687,687,500원 × 30/1000, 원 미만은 국고금단수계산법 제1조 제1항, 제5조에 의하여 버림, 이하 같다) + 가산세 금 4,126,120원(= 원세 금 20,630,620원 × 20/100)} ※ 추가 납부할 지방교육세 : 금 4,538,730원{= 원세 금 4,126,120원(= 추가 납부할 등록세 본세 금 20,630,620원 × 20/100) + 가산세 금 412,610원(= 원세 4,126,120원 × 10/100)} 3. 결론 그렇다면 이 사건 등록세 및 지방교육세 부과처분 중 위에서 인정한 부분을 초과한 각 금원에 대한 부분은 위법하므로 그 범위 내에서 원고의 이 사건 청구는 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.