원고가 특수관계자에게 감정가액으로 토지를 매도하였으나, 세무 당국은 개별공시지가를 시가로 보고 법인세를 부과함.

【원 고】 【피 고】 성북세무서장 【변론종결】2009. 2. 25. 【주 문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【청구취지】피고가 2007. 10. 1. 원고에 대하여 한 2003 사업연도 법인세 795,700,540원의 부과처분을 취소한다. 【이 유】 1. 처분의 경위 가. 원고는 1999. 10. 20. 한국전력공사와 사이에 분할 전 서울 성북구 동소문동 4가 75 등 3필지 토지 4,544.58㎡ 지상의 건물을 증축하여 그 부지 중 651.89㎡ 부분과 지상 건물 중 4,677.12㎡ 부분(변전소 용도)을 한국전력공사에 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였는데(분할 전 서울 성북구 동소문동 4가 75 대 4,518.6㎡ 중 2,313.1㎡ 부분이 2002. 11. 12.경 분할되어 동소문동 4가 75-2 토지로 되었고, 매매대상토지 651.89㎡ 부분은 위와 같이 분할된 동소문동 4가 75-2 토지의 일부이다), 당시 매매대상토지 1㎡당 매매대금을 4,745,000원으로 정하였다(그 후 2003. 4. 12.경 매매대상토지의 면적이 631.53㎡로 변경되었다). 나. 원고는 2003. 12. 2. 법인세법상 특수관계자인소외 1 주식회사와 사이에 분할 후 서울 성북구 동소문동 4가 75 대 2,205.5㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 지상 건물, 같은 동 4가 54 대 50㎡ 및 지상 건물, 같은 동 4가 56 대 50㎡, 같은 동 4가 66 대 50㎡ 및 지상 건물, 같은 동 4가 68-4 대 34.2㎡를소외 1 주식회사에 매매대금(부가가치세 포함) 합계 8,164,464,425원으로 정하여 매도하는 내용의 매매계약을 체결하였는데, 당시 매매대상 토지의 매매대금을 정함에 있어서 이 사건 토지, 서울 성북구 동소문동 4가 54 토지, 같은 동 4가 56 토지, 같은 동 4가 66 토지의 대금은 그 전에 실시된○○감정평가법인 및△△감정평가법인의 감정가액의 평균액(이 사건 토지의 경우 1㎡당 3,425,000원으로서 2003. 1. 1. 기준 1㎡당 개별공시지가 4,270,000원보다 낮은 금액이고, 나머지 3필지 토지의 경우 2003. 1. 1. 기준 1㎡당 개별공시지가보다 높은 금액이다)으로 정하고, 서울 성북구 동소문동 4가 68-4 토지의 대금은 2003. 1. 1. 기준 1㎡당 개별공시지가를 적용한 금액(감정가액의 평균액보다 높은 금액이다)으로 정하였다(그 결과 매매대상 토지 중 이 사건 토지의 경우 감정가액의 평균액과 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가 중 낮은 금액이 매매대금으로 정하여지고, 나머지 4필지 토지의 경우 감정가액의 평균액과 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가 중 높은 금액이 매매대금으로 정하여졌다). 다. 원고는 2004. 3. 31.경 피고에게 원고와소외 1 주식회사 간의 매매계약상의 매매대금을 익금에 산입하여 2003 사업연도(2003. 1. 1. ~ 2003. 12. 31.) 법인세 신고를 하였는데, 피고는 2007. 4. 17.경 원고에게 원고와소외 1 주식회사 간의 매매계약상의 매매대상 토지 중 이 사건 토지의 1㎡당 시가를 그 전에 이루어진 원고와 한국전력공사 간의 서울 성북구 동소문동 4가 75-2 토지 중 631.53㎡ 부분에 관한 매매계약상의 1㎡당 매매대금 상당액인 4,745,000원으로 보는 한편, 원고와소외 1 주식회사 간의 매매계약 중 이 사건 토지에 관한 부분이 그 시가에 비하여 지나치게 낮은 금액으로 이루어져 법인세법상 특수관계자 간의 자산 저가양도에 해당하는 것으로 보아 그 차액인 2,911,260,000원{1,320,000원(4,745,000원 － 3,425,000원) × 2,205.5㎡}을 부당행위계산부인으로 익금에 가산하여 2003 사업연도 법인세 1,214,625,930원을 부과할 예정임을 통지하였다. 라. 원고는 2007. 5. 14. 국세청장에게 과세전적부심사청구를 하였고, 국세청장은 2007. 8. 31. 원고와 한국전력공사 간의 매매계약상 매매대금은 이 사건 토지 매매 시점으로부터 4년 전의 매매에 따른 것이어서 이 사건 토지의 시가로 볼 수 없고 또 원고가 이 사건 토지의 시가로 주장하는○○감정평가법인 및△△감정평가법인의 이 사건 토지에 관한 감정가액도 부적정한 감정평가에 기한 것이어서 이 사건 토지의 시가로 볼 수 없다는 이유로구 법인세법 시행령(2003. 12. 30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항에 의하여 이 사건 토지의 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가를 이 사건 토지의 시가로 적용하여 부당행위계산부인을 한다는 내용의 결정을 하였다. 마. 이에 따라 피고는 2007. 10. 1. 원고에 대하여 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가를 적용한 이 사건 토지 가액과 원고가 당초 신고한 이 사건 토지 매매대금의 차액인 1,863,647,500원{845,000원(4,270,000원 － 3,425,000원) × 2,205.5㎡}을 익금에 가산하여 2003 사업연도 법인세 795,700,540원(가산세 292,515,722원 포함)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다. [인정 근거] 갑 제1, 2, 5호증, 을 제1호증, 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장 원고와소외 1 주식회사 간의 이 사건 토지 매매 당시 그 시가가 불분명한 상태에서 이 사건 토지에 관한 감정평가기관의 감정가액이 존재하고 있었으므로, 원고와소외 1 주식회사 간의 이 사건 토지 매매가 법인세법상 특수관계자 간의 자산 저가양도에 해당하는지를 판단함에 있어서는 개별공시지가가 아닌 감정평가기관의 감정가액을 이 사건 토지의 시가로 보아야 할 것인데도, 이 사건 처분은 개별공시지가를 이 사건 토지의 시가로 보아 이루어진 것이어서 위법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 인정 사실 (1) 이 사건 토지는 2003년경 당시 서울 성북구 동소문동 6가 소재 돈암초등학교의 남서쪽 인근에 위치하는 부정형 평지의 토지로서 남동쪽으로 노폭 약 30m의 포장도로(‘동소문로’)에, 북서쪽으로 노폭 약 6m의 포장도로에 각 접하면서 상업용 건물 부지로 이용되어 있고, 주위로 ‘동소문로’를 따라 노선상가지대가 형성되어 있으며, 용도지역이 제3종 일반주거지역 및 일반상업지역으로 지정되어 있었고, 한편 이 사건 토지의 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가는 1㎡당 4,270,000원이다. (2)○○감정평가법인은 주식회사 신한은행 을지로지점장의 감정의뢰에 따라 2003. 9. 8. 이 사건 토지 및 지상 건물에 관하여 금융기관에 대한 담보제공 목적의 감정평가를 실시하여 이 사건 토지의 2003. 9. 8. 당시의 가액을 7,057,600,000원(1㎡당 3,200,000원)으로 평가하였는데, 이 사건 토지의 가액을 평가함에 있어서 서울 성북구 동소문동 4가 41 대 57.1㎡(용도지역 : 일반상업지역, 이용상황 : 상업용 건물 부지, 도로교통 : 광대한면, 형상·지세 : 가장형 평지, 2003. 1. 1. 기준 1㎡당 공시지가 : 4,200,000원) 및 같은 동 4가 111 대 334.5㎡{용도지역 : 일반주거지역, 이용상황 : 주상 기타 주거건물 부지, 도로교통 : 세각(가), 형상·지세 : 사다리형 평지, 2003. 1. 1. 기준 1㎡당 공시지가 : 1,700,000원}를 비교표준지로 선정하고, 인근토지의 지가수준을 전면 노선상가지대의 경우 1㎡당 6,000,000 ~ 7,000,000원으로, 후면 주거지대의 경우 1㎡당 2,100,000 ~ 2,300,000원으로 조사하고 이 사건 토지의 시세를 1㎡당 3,600,000 ~ 4,000,000원으로 본 다음, 인근 토지의 지가수준 및 입지조건, 형태, 규모, 이용상황, 지세, 교통 및 접근조건, 주위환경 등 제반 가격형성요인과 인근 유사토지의 거래시세, 담보로서의 안정성 및 환가성을 종합적으로 참작하여 이 사건 토지의 1㎡당 가액을 3,200,000원으로 평가하였다. (3)△△감정평가법인은 원고의 감정의뢰에 따라 2003. 11. 28. 이 사건 토지 및 지상 건물에 관하여 금융기관에 대한 담보제공 목적의 감정평가를 실시하여 이 사건 토지의 2003. 11. 28. 당시의 가액을 8,050,075,000원(1㎡당 3,650,000원)으로 평가하였는데, 이 사건 토지의 가액을 평가함에 있어서 서울 성북구 동소문동 4가 41 대 57.1㎡(용도지역 : 일반상업지역, 이용상황 : 상업용 건물 부지, 도로교통 : 광대한면, 형상·지세 : 가장형 평지, 2003. 1. 1. 기준 1㎡당 공시지가 : 4,200,000원)를 비교표준지로 선정하고, ‘동소문로’변에 위치한 인근 토지의 지가(호가)수준을 1평당 15,000,000 ~ 20,000,000원으로 조사한 다음, 비교표준지의 공시지가를 기준으로 하여 가격시점까지의 지가변동률, 입지조건, 위치, 교통사정 및 가로접근조건, 획지의 형태 및 규모, 이용상황, 장래의 효용성 등 제반 가격형성요인을 비교분석하고 인근 유사토지의 일반적인 가격수준 등을 종합적으로 참작하여 이 사건 토지의 1㎡당 가액을 3,650,000원으로 평가하였다. [인정 근거] 갑 제4호증의 1, 2, 갑 제7호증의 1의 각 기재, 변론 전체의 취지 라. 판 단 (1)법인세법 제52조 제1항,제2항,구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호,제89조 제1항,제2항,구 상속세 및 증여세법(2005. 1. 14. 법률 제7335호로 개정되기 전의 것) 제61조 제1항 제1호 등에 의하면, 법인세법상 부당행위계산 부인의 대상이 되는 자산 저가양도의 판단기준인 시가를 산정함에 있어서는 ‘당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격’이 없는 경우에는 ‘지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률(2005. 1. 14. 법률 제7335호로 전부 개정되어 ‘부동산 가격공시 및 감정평가에 관한 법률’로 되었다, 이하 같다)에 의한 감정평가법인이 감정한 가액’이 있는 경우 그 가액을 시가로 보되, 시가로 볼 수 있는 감정평가법인의 감정가액이 없는 경우 ‘상속세 및 증여세법 제38조 내지제39조의2 및같은 법 제61조 내지제64조를 준용하여 평가한 가액’으로서 토지의 경우에는 ‘지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 개별공시지가’를 시가로 보아야 하고, 한편 감정평가법인의 감정가액을 시가로 볼 수 있기 위해서는 그 감정이 적정하게 이루어져 객관적이고 합리적인 방법으로 평가되었다는 점이 인정되어야 하고, 감정평가법인의 감정가액이 적정한 교환가치를 반영한 것으로 인정되지 않는 경우에는 이를 시가로 볼 수 없다(대법원 2003. 5. 30. 선고 2001두6029 판결 참조). (2) 토지의 가액을 감정평가함에 있어서는 모든 가격산정요인들을 구체적·종합적으로 참작하여 그 각 요인들이 빠짐없이 반영된 적정가격을 산출하여야 하고, 이 경우 감정평가서에는 모든 가격산정요인의 세세한 부분까지 일일이 설시하거나 그 요소가 평가에 미치는 영향을 수치상으로 표현할 수는 없다고 하더라도 적어도 그 가격산정요인들을 특정·명시하고 그 요인들이 어떻게 참작되었는지를 알아볼 수 있는 정도로 기술하여야 하며, 감정평가가 비교표준지와의 개별요인 등의 품등비교를 함에 있어서 그 격차율의 적정함을 인정할 만한 구체적인 이유 설시를 하여야 함에도 단순히 격차율을 나열하거나 구체적인 이유 설시를 하지 아니하였다면 그 감정평가는 그 기재 내용의 진실성과 정당성을 담보할 수 있을 정도의 합리적인 이유 설시가 없는 것이어서 위법하다(대법원 1998. 1. 23. 선고 97누17711 판결 등 참조). 이 사건의 경우, 위 인정 사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정, 즉 이 사건 토지에 관한○○감정평가법인 및△△감정평가법인의 감정평가는 그 감정평가서(갑 제4호증의 1, 2)에 비교표준지의 공시지가를 기준으로 가격시점까지의 지가변동률과 획지의 형태 및 규모, 가로조건, 접근조건, 이용상황 등 제반 가격형성요인 및 인근 유사토지의 가격수준 등을 종합적으로 참작하여 이 사건 토지의 가액을 평가하였다는 취지만이 기재되어 있을 뿐, 이 사건 토지와 비교표준지 간의 지역요인, 개별요인 등의 구체적인 품등비교 내역이나 그 격차율 등의 기재가 전혀 없는 등으로 여러 가격산정요인이 이 사건 토지 가액의 평가에 어떻게 참작되었는지를 알 수 있는 구체적인 내용이 전혀 기재되어 있지 않고, 그 감정평가의 목적도 금융기관에 대한 담보제공을 위한 것인 점에 비추어 보면, 이 사건 토지에 관한○○감정평가법인 및△△감정평가법인의 감정가액은 이 사건 토지의 적정한 교환가치를 객관적이고 합리적인 방법으로 평가·반영한 시가로 볼 수 없다. (3) 따라서 이 사건 토지의 시가로 볼 수 있는 감정평가법인의 감정가액이 존재하지 않는 것으로 보아 이 사건 토지의 2003. 1. 1. 기준 개별공시지가를 이 사건 토지의 시가로 인정하는 한편, 원고와소외 1 주식회사 간의 이 사건 토지 매매를 특수관계자 간의 자산 저가양도에 해당하는 것으로 보아 이루어진 이 사건 처분은 적법하다. 3. 결 론 그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 판사 한승(재판장) 정성완 장종철