원고가 공사대금 일부를 지급하기 전에 공급시기 이전에 세금계산서를 발급받아 매입세액 공제를 신고함

• 원고는 2003년 11월 15일 OO지역 소재 모텔 신축공사를 공사대금 544,500,000원, 공사기간 2003년 11월 5일부터 2004년 5월 14일까지로 정해 OO회사에 도급했다.
• OO회사는 공사 완공이 지연되어 자금난을 겪던 중 2004년 7월 30일 원고에게 공급가액 300,000,000원(매입세액 30,000,000원)의 세금계산서를 교부하고 기성금 일부 지급을 요청했다.
• 원고는 2004년 8월 16일 40,000,000원, 8월 19일 45,000,000원 등 합계 85,000,000원을 지급했고, OO회사가 2004년 9월 17일 모텔 사용승인을 받은 후 원고는 2004년 10월 6일 29,500,000원, 10월 8일 430,000,000원 등 나머지 공사대금 459,500,000원을 모두 지급했다.
• 원고는 2004년 10월경 2004년 제2기 부가가치세 확정신고를 하면서 위 세금계산서의 매입세액 30,000,000원을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 신고했다.
• 피고는 위 세금계산서가 공급시기 이전에 작성된 부적법한 세금계산서라며 매입세액 공제를 부인하고 2006년 7월 15일 원고에게 부가가치세 41,391,000원을 부과했다.
• 원고는 이에 불복해 소송을 제기했고, 제1심 법원은 원고의 청구를 인용했으며, 피고가 항소했다.

원고가 공사도급계약에 따라 공사대금을 지급하면서 공급시기 이전에 작성된 세금계산서를 교부받아 부가가치세 매입세액 공제를 신고했으나, 피고가 이를 부인하고 부가가치세를 부과한 사안에서, 법원은 공급시기 이전에 작성된 세금계산서라도 같은 과세기간 내에 작성되고 거래사실이 확인되면 적법한 세금계산서로 보아야 한다며 피고의 과세처분을 취소한 원심을 유지했다.

• 부가가치세는 일정 기간을 과세단위로 하므로, 세금계산서가 실제 공급시기와 다르게 작성되었더라도 같은 과세기간 내에 작성되었다면 세금계산서의 상호검증기능과 부가가치세 제도의 취지를 해치지 않는다.
• 공급시기 이후에 작성된 세금계산서를 적법한 것으로 보는 규정(부가가치세법 시행령 제60조 제2항 제3호)과 마찬가지로, 공급시기 이전에 작성된 세금계산서도 필요적 기재사항 일부가 착오로 기재되었으나 거래사실이 확인되는 경우에는 적법한 세금계산서로 보아야 한다(대법원 1993. 2. 9. 선고 **** 판결 참조).
• 이는 공급시기를 의제하는 부가가치세법 제9조 제3항과는 별개의 문제이다.
• 이 사건에서 원고와 OO회사 사이에 세금계산서 기재와 같은 용역의 공급이 실제로 있었고, 세금계산서가 용역 공급시기와 같은 과세기간 내에 작성되었으므로 적법한 세금계산서로 취급해야 한다.
• 따라서 이와 다른 전제에서 이루어진 피고의 부가가치세 부과처분은 위법하다.

세금계산서가 실제 공급시기와 다르게 작성되었더라도 같은 과세기간 내에 작성되고 거래사실이 확인되면 매입세액 공제가 가능하다는 점을 확인한 사례로, 공급시기 이전 작성 세금계산서도 거래의 실질을 반영하면 적법하게 인정될 수 있음을 보여준다.