원고가 폐업 시 보유한 건물과 건설 중인 자산, 구축물에 대해 부가가치세를 신고하지 않음.

• 원고는 대구서부화물역 건설 및 운영을 위해 설립된 법인으로 2006년 3월 31일 해산하고 폐업 신고를 하였다.
• 폐업 당시 원고가 보유한 건물과 건설 중인 자산, 구축물에 대해 부가가치세를 신고하지 않아 피고가 2006년 제1기분 부가가치세 약 17억 7천만 원을 부과하였다.
• 원고는 해당 건물이 국가에 무상으로 귀속되어 소유권이 없고, 건설 중인 자산과 구축물은 재산적 가치가 없거나 면세 대상이라며 부과가 부당하다고 주장하였다.
• 원고는 부가가치세 부과처분에 대해 이의신청과 심사청구를 했으나 모두 기각되자 소송을 제기하였다.
• 법원은 건물이 준공과 동시에 국가에 무상귀속되어 원고 소유가 아니라고 판단했고, 건설 중인 자산과 구축물은 독립적인 재산적 가치가 없거나 면세 대상이라고 보았다.
• 또한 부가가치세 과세표준인 시가 산정이 객관적이고 합리적인 방법에 따라 이루어지지 않았다고 판단하였다.

원고는 폐업 시 보유한 건물과 건설 중인 자산, 구축물에 대해 부가가치세를 내지 않아 세무서가 세금을 부과하였고, 원고는 건물은 국가 소유이고 자산과 구축물은 과세 대상이 아니라고 주장했다. 쟁점은 건물과 자산의 소유권과 과세 대상 여부, 그리고 세금 산정 방법의 적법성이었으며, 법원은 원고 주장을 받아들여 세금 부과 처분을 잘못된 것으로 판단했다.

• 건물은 철도기본시설로서 준공과 동시에 국가에 무상으로 귀속되어 원고가 소유권을 가지지 않으므로 부가가치세 부과 대상이 아니다.
• 건설 중인 자산과 구축물은 대부분 토지 조성 비용 등으로 토지와 분리할 수 없어 독립적인 재산적 가치가 없거나, 국가에 무상귀속되어 부가가치세 면세 대상에 해당한다.
• 부가가치세 과세표준인 시가 산정은 객관적이고 합리적인 방법으로 이루어져야 하는데, 세무서는 원고가 제출한 장부가액만을 시가로 보고 산정해 적법하지 않다.
• 관련 법령과 판례에 따라 시가가 불분명할 경우 감정평가법인의 감정이나 세법에 따른 평가 절차를 거쳐야 하는데, 세무서는 이를 하지 않았다.
• 따라서 부가가치세 부과 처분은 법률과 절차에 맞지 않아 위법하다.

원고가 폐업 당시 보유한 건물은 국가 소유이고, 건설 중인 자산과 구축물은 재산적 가치가 없거나 면세 대상이라 부가가치세 부과 대상이 아니다. 또한 세금 산정 과정에서 객관적이고 합리적인 시가 평가가 이루어지지 않아 부과 처분은 잘못되었다고 법원이 판단했다.