대형할인매장 운영사업자가 물류창고 사업장의 공통매입세액을 해당 사업장 면세비율로 전액 공제 신고함

• 원고는 대형할인매장 운영사업자로, 전국 여러 매장과 함께 물류창고 사업장을 운영하고 있었다.
• 2003년 제2기 부가가치세 예정신고 때, 원고는 물류창고 사업장의 공통매입세액을 해당 사업장의 면세비율 1.22%로 계산해 전액 공제 신고했다.
• 세무서장인 피고는 전체 사업장의 면세비율 19.99%를 적용해 일부 매입세액을 공제받지 못하게 부과처분했다.
• 원고는 사업장별로 과세해야 한다며 피고의 처분에 이의를 제기했다.
• 법원은 사업장별 과세 원칙에 따라 원고의 주장을 받아들여 피고의 부과처분을 취소했다.

대형할인매장 운영사업자인 원고가 물류창고 사업장의 공통매입세액을 해당 사업장 면세비율로 전액 공제 신고했으나, 세무서장인 피고는 전체 사업장 면세비율로 안분해 부과했다. 쟁점은 어느 기준으로 안분해야 하는지였고, 법원은 사업장별 과세 원칙에 따라 원고의 손을 들어 처분을 취소했다.

• 부가가치세는 원칙적으로 각 사업장별로 납부해야 하며, 내부거래도 독립적인 공급으로 본다.
• 공통매입세액도 각 사업장별로 계산하고, 해당 사업장의 총 공급가액 대비 과세 및 면세 비율로 안분해야 한다.
• 경제적 효과가 다른 사업장에 미친다는 이유로 전체 사업장 기준으로 안분하면 사업장별 과세 원칙이 무너진다.
• 물류창고 사업장은 독립적으로 운영되며, 해당 사업장에서 발생한 비용이므로 그 사업장 기준으로 안분하는 것이 타당하다.
• 세금계산서 명의가 서울사무소로 되어 있어도, 여러 사업장을 가진 한 사업자의 경우 사실과 다른 세금계산서로 보지 않는다.

물류창고 사업장의 공통매입세액은 전체 사업장 기준이 아니라 해당 사업장 기준으로 안분해야 하며, 면세비율이 낮아 전액 공제받는 것이 맞다. 세금계산서 명의 문제는 여러 사업장을 둔 사업자의 특성상 허위로 보지 않는다.