이전공공기관으로 지정된 후 법인등기에 대해 등록면허세 감면을 신청함

• 한국주택금융공사는 혁신도시법에 따라 이전공공기관으로 지정되었다.
• 2015년 6월, 이전공공기관으로서 법인등기를 마치고 등록면허세 8억 원과 지방교육세 1억 6천만 원을 신고했다.
• 부산광역시 남구청장은 지방세특례제한법에 따른 면제 요건을 충족하지 못했다며 등록면허세 감면을 거부하는 경정거부처분을 내렸다.
• 한국주택금융공사는 이에 불복하여 경정거부처분 취소를 요구하는 소송을 제기했다.
• 1심 법원은 한국주택금융공사의 손을 들어주며 경정거부처분을 취소했다.
• 남구청장은 이에 항소했으나, 항소심 법원은 1심 판결을 유지하며 항소를 기각했다.

한국주택금융공사는 이전공공기관으로 지정된 후 법인등기에 대해 등록면허세 감면을 요구했으나, 부산 남구청장은 면제 요건 미충족을 이유로 거부했다. 쟁점은 이전공공기관 지정만으로 등록면허세 감면이 가능한지 여부였으며, 법원은 이전공공기관 지정만으로 면제가 인정된다고 판단해 남구청장의 거부 처분을 받아들이지 않았다.

• 조세법률주의 원칙에 따라 조세 감면 요건은 법문 그대로 해석해야 한다.
• 이전에는 구 지방세법이 지방이전에 따른 등록세 감면을 법인등기에 한정해 규정했으나, 현재 법은 이전공공기관 지정만으로 등록면허세 면제를 규정하고 있다.
• 입법 취지와 혁신도시법, 균형발전법의 목적을 고려할 때, 이전공공기관에게 지방이전 준비를 위한 재원 마련 차원에서 등록면허세 감면 혜택을 주려는 의도가 명확하다.
• 따라서 이전공공기관 지정만으로 등록면허세 면제가 가능하므로, 남구청장의 경정거부처분은 부당하다.
• 1심 판결 이유를 인용하며 항소를 기각했다.

이 사건은 이전공공기관으로 지정된 한국주택금융공사가 법인등기에 대해 등록면허세 감면을 요구했으나, 지방자치단체가 이를 거부하면서 벌어진 분쟁이다. 법원은 이전공공기관 지정만으로 등록면허세 감면이 가능하다고 판단해 거부 처분을 취소했다.