중소기업 통합 시 사업과 무관한 부채를 순자산가액에서 공제하여 양도소득세 이월과세를 신청했다가 세무서로부터 과세 처분을 받은 원고가 이에 불복하여 취소를 청구한 사건.

【원고, 항소인】 원고 (소송대리인 법무법인(유한) 광장, 담당변호사 이강 외 1인) 【피고, 피항소인】 용산세무서장 【제1심판결】 서울행정법원 2024. 10. 25. 선고 2023구합85123 판결 【변론종결】2025. 7. 25. 【주 문】 1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소비용은 원고가 부담한다. 【청구취지 및 항소취지】제1심판결을 취소한다. 피고가 2022. 3. 2. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 2,028,977,350원(가산세 포함)의 부과처분 중 137,649,242원을 초과하는 부분을 취소한다. (제1심법원은 원고의 제1심 공동피고 서울특별시 용산구청장에 대한 소를 각하하였고, 이에 대하여 원고가 항소하지 아니하여 제1심판결 중 제1심 공동피고 서울특별시 용산구청장에 대한 부분은 분리ㆍ확정되었다). 【이 유】 1. 제1심판결의 인용 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 아래와 같이 고쳐 쓰거나 추가하고, 원고가 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 ‘2. 추가 판단’을 기재하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다(다만, 분리ㆍ확정된 제1심 공동피고 서울특별시 용산구청장에 대한 부분은 제외한다). ○ 제1심판결 제2면 아래에서 제9행 괄호 안의 내용을 "이하 ‘이 사건 사업’ 또는 ‘이 사건 사업장’이라 한다"로 고쳐 쓴다. ○ 제1심판결 제3면 아래에서 제7행의 "예정신고하면서"를 "신고하면서"로 고쳐 쓴다. ○ 제1심판결 제9면 아래에서 제8행 말미에 아래 내용을 추가한다. 『(원고가 원용하는 서울고등법원 2015. 8. 20. 선고 2014누73373 판결이 ‘법원에서 인가한 현물출자액을 순자산가액으로 보아야 한다’는 취지로 설시하기는 하였으나, 위 사건은 해당 사건의 원고가 법원으로부터 특정 채무를 순자산가액에서 차감하라는 취지의 보정명령을 받아 이를 그대로 이행한 경우로서 사실관계를 달리한다. 또한 위 사건은 조특법 제32조 및 같은 법 시행령 제29조가 적용되어 ‘사업의 동일성’ 유지가 요건이 아니었으므로 이 사건과는 법적 근거를 달리 하며, 나아가 공제 대상 채무의 내용과 성격에 비추어 쟁점 사업과 관련성이 없다고 단정할 수도 없으므로, 어느 모로 보나 이 사건에는 적용될 수 없다)』 2. 추가 판단 가. 이 사건 사업장의 사업과 관련하여 발생한 부채만이 공제대상인지 여부 1) 원고는 명문의 규정 없이 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호의 ‘순자산가액’ 산정 시 공제되는 부채를 현물출자 전 사업장의 사업과 직접 관련된 것으로 한정하는 것은 조세법률주의에 위반되고, 이월과세 규정의 적용 여부가 피고의 자의적 판단에 의하여 좌우될 우려가 있다고 주장한다. 2) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 할 수 있는 것인바(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조), 관계 법령의 내용 등에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호의 ‘순자산가액’ 산정 시 공제되는 부채는 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 것으로 봄이 타당하고, 이를 두고 조세법률주의에 위반하여 법이 정하지 않은 요건을 새로이 창설하였다고 할 것은 아니므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. ① 조특법 제31조 제1항, 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호는 "통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액) 이상일 것"을 양도소득세 이월과세의 요건으로 삼고 있는바, ‘소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액’과 비교되는 ‘순자산가액’이란 통합되는 ‘사업장의’ 순자산가액을 의미하므로, 문언 자체로 통합되는 ‘사업장과 직접 관련된’ 순자산가액이라는 의미를 내포하고 있다고 볼 수 있다. ② 그런데 ‘순자산’이란 ‘자산’에서 ‘부채’를 차감한 금액을 의미하므로, 위 "순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액)"은 "소멸하는 사업장의 자산의 합계액에서 소멸하는 사업장의 부채(충당금 포함)의 합계액을 공제한 금액"을 의미하고, 따라서 순자산가액을 계산할 때 소멸하는 사업장의 자산에서 공제하는 부채는 ‘소멸하는 사업장과 직접 관련된 부채’를 의미하는 것으로 봄이 타당하다. ③ 조특법 시행령 제28조 제2항은 조특법 제31조 제1항의 ‘대통령령으로 정하는 사업용고정자산’을 ‘당해 사업에 직접 사용하는 유형자산 및 무형자산’으로 규정하는바, 이에 비추어 보더라도, ‘소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식의 가액’과 비교되는 순자산가액을 산정할 때 자산에서 공제하는 부채는 ‘소멸하는 사업장과 직접 관련된 부채’에 한하는 것으로 보아야 한다. ④ 원고는 순자산가액 산정 시 사업 관련성 없는 부채의 공제를 허용하지 않는다면, 현물출자 전 그 부채를 상환한 경우에만 이월과세 규정을 적용받을 수 있게 되어 중소기업 간의 원활한 구조조정을 지원하고자 하는 조특법 제31조의 취지에 반한다고도 주장하나, 소멸하는 사업장의 중소기업자는 해당 사업장과 무관한 부채를 통합법인에 승계하지 않거나, 승계하더라도 그 부채액을 공제하지 않은 순자산가액 상당의 주식을 발행받는 등의 방법으로 이월과세 규정의 적용을 받을 수 있는 것이고, 원고의 주장에 의하면 통합법인이 실제로 취득한 자산의 경제적 가치를 제외한 나머지 부분에 관하여도 원래 개인인 중소기업자가 부담해야 할 양도소득세를 통합법인에게 전가하거나 납부시기를 지연시킬 수 있도록 해주거나, 중소기업자가 임의로 채무를 발생시킴으로써 해당 사업장의 순자산가액 및 자신이 취득할 주식가액을 좌우할 수 있게 되어 통합법인의 자본충실을 저해할 우려가 있으므로 오히려 조특법 제31조 제1항이 정한 중소기업 간 통합에 대한 양도소득세 이월과세의 취지에 반하게 된다. ⑤ 중소기업 간의 통합에 따른 양도소득세 이월과세 제도는 ‘사업의 동일성’을 유지하면서, 즉 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산을 통합법인에 온전히 승계시키면서 기업운영의 형태만을 변경하는 경우에 미실현소득에 대하여 조기과세를 하는 것을 방지하기 위함이다. 그런데 소멸하는 사업장의 중소기업자가 사업 관련성 없는 부채를 통합법인에 부담시켜 개인기업의 사업과 무관한 채무를 승계시키고 출자금액을 부당하게 축소한 경우, 조특법 시행령 제28조 제1항이 정한 ‘사업의 동일성’ 요건을 충족시킬 수 없게 되는바, 이러한 경우에 대하여는 양도소득세 이월과세의 혜택을 부여하지 아니함이 타당하다. ⑥ 피고는 이월과세의 요건 중 순자산가액의 산정과 관련하여, 공제 가능한 부채는 사업 관련성이 있어야 한다는 입장을 일관되게 유지해왔고, 이 사건을 포함하여 중소기업자가 이월과세를 신청하면서 공제한 부채의 사업 관련성에 관하여 충분한 소명의 기회를 제공하여온 것으로 보인다. 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호의 순자산가액 산정 시 공제되는 부채를 현물출자 전 사업장의 사업과 직접 관련된 것으로 한정할 경우 이월과세 규정의 적용 여부가 피고의 자의적 판단에 의하여 좌우될 수 있다는 원고의 주장은 구체적 근거 없는 추정에 불과하다. ⑦ 원고는, 조특법 제2조 제2항, 국세기본법 제20조, 법인세법 제43조 등에 의하면 순자산가액 계산 시 공제되는 부채의 범위는 일반기업회계기준에 따라야 하고, 일반기업회계기준에 의하면 사업용 고정자산을 담보로 차입한 대출금은 해당 사업장의 부채로 계상되므로 이 사건 부채가 순자산가액에서 공제되어야 한다는 취지로도 주장하나, 조특법 제31조 제1항, 조특법 시행령 제28조 제1항 제2호의 순자산가액 산정 시 해당 사업장의 사업과 직접 관련된 부채만을 공제할 수 있음은 앞서 판단한 바와 같고, 일반기업회계기준이 위 법령에 우선하여 적용된다고 볼 이유가 없으므로 원고의 위 주장은 이유 없다. ⑧ 원고는 이 사건 부채가 순자산가액에서 공제될 수 없다고 하더라도 만약 피고가 이 사건 부채를 순자산가액에서 공제할 수 없다고 미리 안내하였다면 원고는 이 사건 부채를 공제하지 않은 순자산가액에 맞추어 통합법인의 주식을 교부받아 이월과세 적용을 받았을 것인데, 피고가 아무런 안내를 하지 않고 원고의 이월과세 신청 이후 2년이 지나서야 세무조사를 하여 이 사건 처분을 하였기에, 이 사건 처분은 위법ㆍ부당한 과세처분에 해당한다고도 주장하나, 원고의 양도소득세 이월과세 신청 전 피고에게 이 사건 부채의 공제 여부에 관한 사전안내 의무가 있다고 볼 근거가 없고, 원고가 위 이월과세 신청 전 피고에게 이 사건 부채의 공제 가능 여부에 대하여 문의하거나 확인한 바 없는 것으로 보이므로, 원고 주장의 사정만으로 이 사건 처분이 위법하다고는 볼 수 없다. 나. 이 사건 부채가 이 사건 사업장의 사업과 관련하여 발생한 부채인지 여부 1) 원고는 이 사건 부채 발생 전 원고의 재무상태는 자산 50억 원, 부채 2억 원, 자본 48억 원이었고, 이 사건 부채의 발생으로 투하자본 10억 원이 회수되었으며, 이후 재무상태가 자산 50억 원, 부채 12억 원, 자본 38억 원으로 변경되었는바, 대법원 2002. 1. 11. 선고 2000두1799 판결은 ‘당초 자기 자본으로 임대용 부동산을 취득하였다가 그 후 투하자본의 회수를 위하여 새로 차입한 금원을 자본인출금으로 사용한 경우에도, 초과인출금 상당의 부채에 해당한다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 그 차입금채무는 부동산임대업을 영위하는 데 필요한 자산에 대응한 부채로서 사업에 직접 사용된 부채에 해당한다’고 판시하였으므로, 위 법리에 따라 이 사건 부채는 이 사건 사업에 직접 사용된 부채로서 공제되어야 한다는 취지로 주장한다. 2) 그러나 관련 법령의 내용 및 앞서 든 증거들과 갑 제14호증의 기재에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다. ① 위 2000두1799 판결은 소득세법 시행령 제1항 제13호의 ‘총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자’의 해당 여부가 문제가 된 사안이고, 위 법리 적용의 기준인 ‘초과인출금’은 같은 시행령 제61조 제1항 제2호, 소득세법 시행규칙 제27조 제1항의 ‘지급이자 필요경비 불산입’인 가사관련경비에 관련된 개념이며, ‘자본인출금’은 ‘지급이자 필요경비 산입’인 그 반대 개념인바, 이러한 소득세법상 개념과 그에 관한 법리를 근거 법령, 입법 취지 및 쟁점을 달리하는 이 사건에 그대로 적용하는 것은 적절하지 않다. ② 설령 위 법리에 의하더라도 ‘사업에 직접 사용된 부채’가 되기 위해서는 이 사건 부채가 자본인출금으로 사용되었어야 하는바, 원고가 이 사건 부채를 차입할 당시 사업용 자산은 토지 342,500,000원, 건물 78,470,445원, 부채는 232,132,640원이었고, 원고가 이 사건 부채를 장부상 사업 관련 부채로 계상하지도 않았던 것으로 보이므로, 원고가 이 사건 부채를 자본인출금으로 사용하여 투하자본을 회수한 것으로 평가할 수도 없다. ③ 순자산가액을 계산할 때 소멸하는 사업장의 자산에서 공제하는 부채는 ‘사업장과 직접 관련된 부채’를 의미하는 것으로 봄이 타당함은 앞서 살펴보았다. 원고가 이 사건 부채를 부담함으로써 취득한 10억 원을 이 사건 사업장과 별개인 소외 2 회사에 대여하였음은 당사자 사이에 다툼이 없고, 위 대여금 채권이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 자산으로 계상되지도 않았으므로, 이 사건 부채는 이 사건 사업장과 직접 관련하여 발생한 부채라고 볼 수 없다. 3. 결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 판사 정총령(재판장) 조진구 이영창