노인복지시설을 취득하며 본점을 성남시로 이전하고 사업시설 일부를 본점 사무실로 사용함.

• 원고는 노인복지시설을 설치하기 위해 성남시로 본점을 이전하고, 해당 부지 중 도시계획시설부지로 결정된 토지를 취득했다.
• 원고는 사업시설(주거시설, 커뮤니티시설, 요양시설)을 건축하고 일반세율로 취득세와 등록세를 신고·납부했다.
• 피고는 세무조사 후 원고가 사업시설 일부를 본점 사무실로 사용한 점을 확인하고, 사업시설 전체에 등록세 중과세를 적용했다.
• 또한 토지거래허가일 기준으로 신고했으나 잔금지급일 기준으로 가산세를 부과했고, 사업외부지를 명의신탁으로 취득했다고 보아 취득세를 부과했다.
• 원고는 이 같은 취득세·등록세 중과세 및 가산세 부과처분의 취소를 요구하는 소송을 제기했다.

원고가 노인복지시설 취득 과정에서 본점을 성남시로 이전하며 일부 사업시설을 본점 사무실로 사용한 점이 쟁점이었다. 피고는 사업시설 전체에 등록세 중과세와 가산세를 부과했으나, 법원은 본점 사무실로 직접 사용하는 부분만 중과세 대상이며, 가산세 부과 기준일도 토지거래허가일이 맞다고 판단해 일부 부과처분을 취소했다.

• 법령은 법인이 본점 용도로 직접 사용하는 부동산에만 등록세 중과세를 적용하도록 규정하고 있어, 본점 사무실로 직접 사용하는 부분만 중과세 대상이다.
• 원고가 본점 업무를 수행하는 사무실 부분만 등록세 중과세 대상이며, 커뮤니티시설 및 요양시설 전체에 중과세를 적용한 것은 과도한 처분이다.
• 토지거래허가구역 내 토지의 취득 시기는 잔금지급일이 아니라 토지거래허가일로 보아야 하며, 원고가 이 기준에 따라 신고·납부했으므로 가산세 부과는 부당하다.
• 사업외부지는 원고가 아닌 소외인이 취득한 것으로 계약상 명확해, 원고가 명의신탁으로 취득했다고 본 처분은 위법하다.
• 따라서 피고가 부과한 등록세 중과세액 일부와 가산세, 사업외부지 취득세 부과처분을 취소했다.

법원은 노인복지시설 취득과 관련해 본점 사무실로 직접 사용하는 부분에만 등록세 중과세를 인정했고, 토지 취득 시점도 토지거래허가일로 봐야 한다고 판단했다. 이에 따라 일부 세금 부과처분이 부당하다고 인정되어 취소됐다.