저축은행이 장애인 고용부담금을 손금에 산입하지 않고 법인세를 신고·납부한 후, 해당 부담금이 제재적 공과금이 아니라고 주장하며 경정청구를 하였으나 세무서가 거부하자 소송을 제기함.

• 저축은행은 2018년과 2019년에 장애인 고용부담금을 각각 약 1억 5,726만 원과 1억 6,699만 원을 신고·납부하였다.
• 2019년과 2020년 법인세 신고 시 해당 부담금을 손금에 산입하지 않고 세금을 납부하였다.
• 2021년 11월, 저축은행은 이 부담금이 제재적 성격이 아니므로 손금산입이 가능하다며 경정청구를 하였다.
• 세무서는 2021년 12월 경정청구를 거부하였고, 저축은행은 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022년 5월 기각되었다.
• 이후 저축은행은 법원에 소송을 제기하여 세무서의 거부처분 취소를 구하였다.

법원은 장애인 고용부담금이 법인세법상 손금불산입 대상인 '제재적 공과금'에 해당하지 않는다고 판단하여, 세무서의 경정거부처분을 취소하고 저축은행이 환급을 받을 수 있도록 하였다.

• 장애인 고용부담금은 장애인 고용의무를 이행하지 않은 사업주에게 부과되지만, 그 목적은 장애인 고용촉진이라는 정책적 목표를 달성하기 위한 것이지 위반에 대한 제재가 아니다.
• 부담금 산정 시 장애인 고용률에 따라 차등을 두는 것은 정책적 유인을 위한 것이지 징벌적 성격을 의미하지 않는다.
• 과거 법인세법 개정 전에는 장애인 고용부담금이 손금산입 대상으로 명시되었고, 개정 후에도 제재적 공과금에 해당하지 않는다면 손금산입이 가능하다.
• 헌법재판소 결정에 따라 공과금은 원칙적으로 손금산입되어야 하며, 제재적 공과금만 예외적으로 손금불산입된다는 점에서 장애인 고용부담금은 제재적 성격이 없으므로 손금산입 대상이다.

이 사건은 장애인 고용부담금이 법인세법상 손금불산입 대상인 '제재적 공과금'이 아니라는 점을 확인한 판례로, 기업이 유사한 부담금을 손금에 산입할 수 있는 근거를 마련하였다. 또한, 법인세법 개정의 취지와 헌법재판소 결정을 고려할 때, 공과금의 성격을 면밀히 검토해야 함을 보여준다.