산업합리화 대상 기업이 공장을 포괄양도하고 특별부가세를 신고하면서 물가상승률 공제액을 차감해 과세표준을 계산했다.

• 원고 회사는 구조세감면규제법에 따라 산업합리화 대상 기업으로 지정되어, 1983년 10월 10일 OO지역 소재 공장의 대지와 건물 등 영업 일체를 다른 회사에 포괄양도했다.
• 원고는 1983 사업연도 특별부가세를 신고하면서 자산별로 양도차익을 계산하되, 취득가액과 양도비용의 합계액이 양도가액을 초과하는 자산은 그 초과액만 차감하고, 그렇지 않은 자산은 물가상승률 공제액을 전액 차감하는 방식으로 과세표준 12,294,382,701원을 계산해 특별부가세와 방위세를 신고·납부했다.
• 피고 세무서장은 물가상승률 공제액은 해당 자산의 양도가액에서 취득가액과 양도비용을 뺀 금액을 한도로만 차감할 수 있다고 보았다. 즉 취득가액과 양도비용의 합계가 양도가액을 넘지 않더라도 물가상승률 공제액까지 합치면 양도가액을 초과하는 자산에 대해서는 그 초과 부분을 차감하지 않도록 과세표준을 다시 계산했다.
• 그 결과 과세표준이 원고가 신고한 금액보다 670,533,758원 늘어난 12,964,916,459원으로 경정되었고, 특별부가세 산출세액은 면제되었지만 그 산출세액을 기준으로 계산한 방위세 60,348,030원이 추가로 부과되었다.
• 피고는 1985년 7월 20일 원고에게 이 방위세를 부과·고지했고, 원고는 이 처분을 취소해 달라며 소송을 냈다.

원고 회사는 산업합리화 대상 기업으로서 공장을 포괄양도한 뒤 특별부가세를 신고하면서 물가상승률 공제액을 차감해 과세표준을 계산했다. 피고 세무서장은 취득가액과 양도비용을 합한 금액이 양도가액을 넘지 않더라도 물가상승률 공제액까지 더하면 양도가액을 초과하는 경우에는 그 초과 부분을 차감할 수 없다고 보고 방위세를 추가로 부과했다. 원고는 시행령 조항이 위임 근거 없이 만들어져 무효이고 기본통칙을 소급 적용한 것도 위법하다고 다투었으나, 법원은 원고의 청구를 받아들이지 않았다.

• 법원은 먼저 법인세법 시행령 제124조의2 제1항이 법인세법 제59조의2의 위임 근거 없이 만들어졌다는 원고 주장을 받아들이지 않았다. 이 시행령 조항은 납세자에게 유리한 보충적 규정으로서 효력이 있다고 보았다.
• 물가상승률 공제액은 해당 자산의 양도가액에서 취득가액과 양도비용을 뺀 금액을 한도로만 차감할 수 있다고 해석했다. 따라서 취득가액과 양도비용의 합계가 양도가액을 넘지 않더라도 물가상승률 공제액까지 더해 양도가액을 초과하게 되면, 그 초과 부분은 다른 자산의 양도차익에서 빼줄 수 없다고 판단했다.
• 원고가 문제 삼은 기본통칙의 소급 적용 주장에 대해서도, 법원은 이 사건 과세처분이 기본통칙에만 근거한 것이 아니라 법령 해석상 타당한 것이라고 보아 받아들이지 않았다.
• 자산을 하나로 보아야 한다는 원고 주장에 대해서는, 공장건물과 그 부속설비는 하나의 자산으로 보아 양도차익을 계산하는 것이 맞지만, 이 사건에서 문제 된 다른 자산들은 각각 독립한 자산으로 보아 자산별로 계산하는 것이 타당하다고 판단했다.

이 사건은 법인이 여러 자산을 양도할 때 물가상승률 공제액을 어디까지 차감할 수 있는지에 대한 기준을 세운 판결이다. 물가상승률 공제는 해당 자산의 양도가액에서 취득가액과 양도비용을 뺀 금액을 한도로만 적용되며, 그 한도를 넘는 부분은 다른 자산의 양도차익에서 빼줄 수 없다는 점을 분명히 했다. 세금 신고 시 공제 한도를 넘겨 과세표준을 줄여 신고하면 추가 세금이 부과될 수 있다는 점을 보여준다.