교회가 담임목사 사택용으로 취득한 부동산을 타인에게 임대하고 보증금으로 다른 주택을 임차해 이사함

• 원고인 교회는 2006년 6월 12일 OO지역의 부동산을 매수·취득하여 담임목사의 사택으로 사용하였고, 과세관청은 이를 종교사업에 직접 사용하기 위해 취득·등기한 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 부과하지 않았다.
• 담임목사 A는 해당 부동산에서 거주하다가 2008년 2월 26일 이 부동산을 B에게 임대보증금 2억 1,500만 원에 임대하였다.
• 담임목사 A는 위 임대보증금에 500만 원을 더한 금액으로 C로부터 OO지역의 다른 주택을 임차보증금 2억 2,000만 원에 임차한 뒤 그 임차주택으로 이사하였다.
• 이에 과세관청은 원고가 이 부동산을 종교사업에 직접 사용하지 않았다는 이유로 2008년 6월 12일 취득가액 6억 3,000만 원을 과세표준으로 하여 취득세 15,395,940원과 등록세 15,395,940원을 부과·고지하였다.
• 원고는 임대보증금으로 담임목사의 새 거주지를 마련한 것이니 종교사업에 직접 사용한 것으로 봐야 하고, 입양한 혼혈아동의 진학 문○○라는 정당한 사유도 있다고 주장하며 과세처분의 취소를 구하였다.

교회(원고)가 담임목사 사택 용도로 취득해 취득세·등록세 비과세를 받았던 부동산을 타인에게 임대하면서, 과세관청(피고)이 종교사업에 직접 사용하지 않았다는 이유로 취득세와 등록세를 부과한 사건이다. 법원은 부동산의 실제 사용관계를 기준으로 판단해야 한다며, 임대 경위가 어찌 됐든 타인에게 임대한 이상 종교사업에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다고 보아 과세처분을 적법하다고 판단하고 원고의 청구를 받아들이지 않았다.

• 법원은 비영리사업자가 부동산을 그 사업에 직접 사용하는지는 사업목적과 취득목적을 고려해 실제 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단해야 한다고 보았다(대법원 2001두878 판결 취지).
• 원고가 담임목사 사택 용도로 구입한 이 부동산을 타인에게 임대하고 있는 이상, 다른 곳으로 이사하기 위한 보증금을 마련하려고 임대했다는 사정만으로는 종교사업에 직접 사용되고 있다고 볼 수 없다고 판단하였다.
• 따라서 지방세법 제107조, 제127조 제1항 각 단서에 따라 취득세와 등록세를 부과한 처분은 적법하며, 입법취지를 위반했다는 원고의 주장도 받아들이지 않았다.
• '정당한 사유'가 있는지는 공익성, 과세 입법취지, 목적사업에 사용할 수 없는 장애사유와 정도, 목적사업에 사용하려는 진지한 노력, 행정청의 귀책사유 등을 종합해 개별적으로 판단해야 한다고 보았다(대법원 **** 판결 취지).
• 입양자녀의 진학 문제는 참작할 여지가 있으나 원고의 개인적·내부적 사정일 뿐 사업과 본질적·직접적으로 관련이 없다며, 종교사업에 직접 사용하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 보기 어렵다고 하였다.

비영리 종교단체가 취득세·등록세 비과세를 받으려면 부동산을 실제로 종교사업에 직접 사용해야 하며, 명목상 사택 용도였다가 임대 등 다른 용도로 쓰이면 과세 대상이 될 수 있다는 점을 보여주는 사건이다. 임대 경위나 개인적 사정만으로는 '정당한 사유'가 인정되기 어렵고, 법원은 서류상 목적보다 실제 사용관계를 기준으로 판단한다는 점이 핵심이다.