교회가 종교사업에 쓰려고 토지를 사들이고 취득세를 면제받았지만, 3년이 지나도록 건물을 완공하지 못한 채 공사만 진행함

【심급】 1심 【세목】 취득세 【주문】 1. 원고의 청구를 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【이유】 1. 처분의 경위 등 가. 원고는 ****에 예배당 건물을 둔 개신교 교회로 비법인사단이다. 나. 원고는 2014. 6. 24. **** 소재 대 1,765.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 매매계약을 체결하면서 2019. 6. 24.까지 10차에 걸쳐 분할하여 매매대금을 지급하기로 하였고, 2019. 6. 24. 매매대금을 모두 지급하였다. 원고는 2019. 7. 12. 이 사건 토지에 관하여 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤고, 지방세특례제한법 제50조 제1항에 따라 취득세 등을 면제받았다. 다. 원고는 이 사건 토지에 지교회 건물을 신축하여 2023. 9. 21. 사용승인을 받았다. 라. 피고는 원고가 이 사건 토지를 취득한 날인 2019. 7. 12.부터 3년이 경과하였음에도 정당한 사유 없이 목적 사업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로, 2023. 2. 23. 취득세 ○○○원, 지방교육세 ○○○원, 농어촌특별세 ○○○원을 추징하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2024. 2. 13. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증의 1, 2, 갑제2호증의 1, 제3호증의 6, 을제1, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 원고의 주장 가. 원고는 교회 건물을 건축하기 위해 이 사건 토지를 취득하였고 교회 건물은 오로지 종교사업을 위해서만 사용될 수 있으므로, 이 사건 토지 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 교회 건물을 건축 중인 것만으로도 종교사업 용도로 직접 사용한 것으로 보아야 한다. 나. 피고는 원고가 건축하려고 하는 교회 건물이 너무 작아 주변 경관과 어울리지 않는다면서 더 크게 지으라고 행정지도를 하였고, 그에 따라 설계를 변경하는 과정에서 준공이 늦어졌다. 또한 코로나바이러스감염증-19의 확산 등도 공사가 늦어진 원인이 되었다. 이런 사정을 종합하면 원고가 이 사건 토지를 해당 용도에 직접 사용하지 아니한 데에는 정당한 사유가 있다. 3. 이 사건 처분의 적법성에 관한 판단 가. 관련 법령 별지 기재와 같다. 나. 이 사건 토지를 해당 용도로 직접 사용하였는지 여부 원고가 이 사건 토지를 취득한 2019. 7. 12.로부터 3년이 경과한 후인 2023. 9. 21.에야 교회 건물에 대한 사용승인을 받은 사실은 앞서 본 바와 같다. 한편 앞서 본 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 고려하여 보면, 교회 건물을 건축 중이었다는 사정만으로는 이 사건 토지를 종교사업 용도로 직접 사용하였다고 보기 부족하다. 1) 건물의 착공행위는 토지를 건축물 등의 용도로 직접 사용하는 행위라기보다는 이를 위한 준비행위에 불과하다(대법원 2008. 5. 29. 선고 2008두3319 판결 등 참조). 2) 교회 용도로 짓는 건물이라도 종교사업 외의 사용이 불가능한 것은 아니고, 건물이 준공되어 실제 종교사업을 위해 사용되기 전까지는 그 부지의 용도가 확정되었다고 볼 수 없다. 3) 지방세특례제한법은 문화 및 관광에 대한 지원 목적으로 그에 부합하는 사업이나 업무에 직접 사용하기 위해 취득하는 부동산의 취득세에 관해 여러 특례 조항(제50조, 제52 내지 제54조)을 두었고 종교사업도 그중 하나인데, 그 규정에 따라 취득세 감면을 받은 토지에서 건물을 짓고 있는 상태만으로도 사업 용도로 사용했다고 인정한 예를 찾을 수 없고, 종교사업이라고 특혜를 받을 이유는 없다(원고 주장처럼 해석한다면, 종교사업을 내세워 토지를 취득한 후 일단 건물을 착공하기만 하면 아무리 늦게 완공하더라도 취득세를 면제받을 수 있게 된다). 다. 정당한 사유의 존부 1) 관련 법리 등 지방세특례제한법에서 정하는 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 사업에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애 정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다 하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(대법원 2005. 1. 27. 선고 2003두10213 판결 등 참조). 2) 판단 위 인정사실과 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들을 앞서 본 법리에 비추어보면, 이 사건 토지 사용에 관하여 원고 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유가 있었다거나 원고가 이 사건 토지를 해당 용도에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였는데도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘겼다고 보기 어려우므로, 원고에게 이 사건 토지를 그 취득일로부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 않은데 정당한 사유가 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 주장은 받아들이지 아니한다. 가) 이 사건 토지 취득 후 코로나바이러스감염증-19가 유행한 기간이 있었기는 하나, 을제4호증의 기재 등을 고려하면 취득일로부터 3년 내에 준공할 수 없을 정도로 장기간 공사를 중단해야 하는 등의 명백한 장애사유가 발생하였다고 보기는 어렵다. 나) 행정지도란 행정기관이 그 소관 사무의 범위에서 일정한 행정목적을 실현하기 위하여 특정인에게 일정한 행위를 하거나 하지 아니하도록 지도, 권고, 조언 등을 하는 행정작용을 말하는 것으로(행정절차법 제2조 제3호), 이는 그 자체로 상대방을 구속하지 않을 뿐만 아니라 특별한 제재적 효력을 가지고 있지 않다. 따라서 설령 피고가 원고에 대하여 교회 건물의 규모 등에 관한 행정지도를 하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 어떤 외부적인 장애사유가 있었다고 보기는 어렵다. 4. 결 론 원고의 청구는 이유 없으므로 기각한다. 별지 ■ 지방세특례제한법 제50조(종교 및 제사 단체에 대한 면제) ① 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우