원고가 아파트 신축·분양 사업 과정에서 PM 용역비와 금융자문수수료 등에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 신청함.

• 원고는 OO지역에서 아파트 신축·분양 사업을 진행하며 PM 용역비와 금융자문수수료 등에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 받았다.
• 피고는 원고가 제출한 세금계산서가 사실과 다르다고 보고, 일부 용역비에 대한 매입세액을 공제하지 않았다.
• 또한, 금융자문수수료 등 일부 비용을 토지 관련 매입세액으로 판단해 공제 대상에서 제외했다.
• 아파트 사업이 과세와 면세가 섞여 있어 공통으로 사용된 비용에 대해 예정공급가액 비율로 안분 계산하여 일부 매입세액을 불공제했다.
• 원고는 이 같은 부가가치세 부과 처분에 불복해 소송을 냈으나, 조세심판원에서도 기각되었다.

원고가 아파트 사업 관련 용역비 등에 대해 부가가치세 매입세액 공제를 받으려 했으나, 피고는 세금계산서의 진실성, 토지 관련 비용 여부, 공통매입세액 안분 계산의 적법성을 문제 삼았다. 주요 쟁점은 세금계산서가 사실과 다른지, 금융자문수수료 등이 토지 관련 비용인지, 공통매입세액 안분 계산이 적법한지였다. 법원은 피고의 판단이 옳다고 보고 원고의 청구를 기각했다.

• 원고가 받은 세금계산서 중 일부는 실제 용역 제공자가 아닌 다른 사업자가 발행한 것으로, 사실과 다른 세금계산서로 인정되어 매입세액 공제가 불가했다.
• 금융자문수수료 등은 대출금 중 토지 취득에 사용된 비율만큼 토지 관련 비용으로 보아 매입세액 공제 대상에서 제외하는 것이 합리적이며, 법에도 근거가 있다.
• 토지 신탁등기 및 소유권 이전 등기 수수료, 지구단위계획 수립 용역비 등도 토지 취득과 관련된 비용으로 인정되어 매입세액 불공제 대상이었다.
• 아파트 사업이 과세와 면세가 섞여 있어 공통으로 사용된 비용은 예정공급가액 비율에 따라 안분 계산하는 것이 법령에 맞으며, 사업 승인 여부와 무관하게 적법했다.
• 원고가 주장한 회계 처리 방식이나 사업 승인 여부는 법원의 판단에 영향을 미치지 못했다.

원고가 부가가치세 매입세액 공제를 받으려 한 비용 중 일부는 세금계산서의 진실성 문제와 토지 관련 비용으로 인정되어 공제 대상에서 제외됐다. 또한, 과세와 면세 사업이 혼합된 경우 공통비용은 법에 따라 비율로 나누어 계산하는 것이 적법하다고 판단되었다.