문화재조사 연구재단이 부동산을 취득하고 취득세를 낸 뒤 학술연구단체라며 감면을 요구한 사건

• 원고인 문화재조사 연구재단은 2008년 민족문화유산의 보호·보존, 조사·연구 등을 목적으로 설립된 비영리재단법인으로, 2011년 매장문화재 지표 및 발굴조사기관으로 등록되었다.
• 원고는 2014년 1월 28일 OO지역 소재 대지 661.10㎡와 지상 건물 2,368.79㎡(취득가액 1,918,335,000원)를 취득하고 취득세 등 합계 88,243,410원을 신고·납부했다.
• 원고는 2014년 3월 13일 자신이 지방세특례제한법상 학술연구단체에 해당한다며 이미 낸 취득세 등을 돌려달라는 경정청구를 했으나, 피고는 2014년 4월 15일 학술연구단체가 아니라는 이유로 거부했다.
• 원고는 이에 불복해 2014년 7월 10일 심판청구를 제기했으나 조세심판원은 같은 해 10월 31일 이를 받아들이지 않았다.
• 원고의 2012·2013년 주요 수입은 도로 확장공사, 둑높이기 사업, 대학 신축공사 등과 관련된 매장문화재 지표·발굴조사 용역대금이 대부분이었다.
• 원고는 이 사건 부동산 중 일부는 임대하고 나머지는 직접 사용하는 한편, 비슷한 다른 문화재연구 재단들은 취득세 감면을 받았다는 점도 내세웠다.

문화재조사 연구재단(원고)이 부동산을 취득하며 취득세 등 88,243,410원을 신고·납부한 뒤, 자신이 학술연구단체에 해당한다며 환급을 요구했으나 피고(구청장)가 거부하자 소송을 냈다. 법원은 원고의 수입 대부분이 문화재 조사 용역대금이고 순수한 학술연구 활동의 증빙이 부족하다며 학술연구단체로 보기 어렵다고 판단해 원고의 청구를 받아들이지 않았다.

• 법원은 원고가 비영리재단법인이고 문화재 조사·연구를 목적으로 하는 것은 맞지만, 세금 감면 대상인 '학술연구단체'에 해당하는지는 실제 하는 일의 성격을 보고 따져야 한다고 보았다.
• 원고의 2012·2013년 수입 내역을 보면 거의 전부가 건설공사 시행자 등으로부터 받은 지표·발굴조사 용역대금이어서, 수익사업 성격이 강하다고 판단했다.
• 조사보고서를 정리하는 것 외에 별도의 학술연구나 발표 활동을 했다는 증거가 부족하다는 점도 지적했다.
• 다른 문화재연구 재단들이 감면을 받았다는 사정은 그 자체로 원고에게도 감면을 해줘야 하는 법적 근거가 되지 않는다고 보았다.
• 결국 원고를 학술연구단체로 볼 수 없다는 전제에서 한 피고의 거부처분은 적법하다고 판단해 원고의 청구를 받아들이지 않았다.

세금 감면 대상인 '학술연구단체'인지는 이름이나 설립 목적만으로 정해지지 않고, 실제 수입 구조와 활동 내용을 따져 판단한다는 점을 보여주는 사건이다. 문화재 조사 용역이 주된 수입원이라면 순수 학술연구단체로 인정받기 어렵고, 비슷한 다른 단체가 감면을 받았다는 사정만으로 같은 대우를 요구할 수는 없다.