원고가 법원 경매로 취득한 재화의 경락대금에 부가가치세가 포함되지 않은 점을 두고 매입세액 공제 여부가 다툼이 됨.

• 원고는 2002년 2월, OO지역에 있는 나산유통 소유의 건물, 기계설비, 유체동산 등을 법원 경매로 낙찰받아 10월에 경락대금을 모두 냈다.
• 경락대금은 총 325억 원이었고, 이 중 건물 등 재화에 대한 금액은 172억 2,500만 원으로 부가가치세는 포함되지 않았다.
• 나산유통은 건물 등 재화에 대해 공급가액과 부가가치세를 구분해 세금계산서를 발행했고, 원고는 이를 근거로 2002년 12월 매입세액 약 15억 6천만 원을 환급받았다.
• 그러나 세무서장은 경락대금에 부가가치세가 포함되지 않았다는 이유로 이 매입세액 공제를 인정하지 않고, 2005년 2월 부가가치세 약 15억 6천만 원을 다시 부과했다.
• 원고는 이 처분에 불복해 여러 차례 이의신청과 심판청구를 했으나 모두 받아들여지지 않았다.

원고는 법원 경매로 취득한 재화에 대해 매입세액 공제를 받으려 했으나, 경락대금에 부가가치세가 포함되지 않았다는 이유로 세무서장이 이를 인정하지 않았다. 원고는 과세관청의 예규 변경과 신뢰보호 원칙 위반을 주장했지만 법원은 이를 받아들이지 않고 세무서장의 처분이 적법하다고 판단했다.

• 경매에서 정해진 경락대금에 부가가치세가 포함되어 있지 않으면, 그에 따른 매입세액 공제는 원칙적으로 인정되지 않는다.
• 원고가 받은 세금계산서가 부가가치세를 포함하고 있더라도, 경락대금 자체에 부가가치세가 포함되지 않은 이상 매입세액 공제는 불가능하다.
• 과거 과세관청의 해석이나 예규가 변경되었더라도, 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 장기간 과세하지 않은 사실이 없고, 일부 과세관청이 잘못 해석한 사례가 있었을 뿐이다.
• 따라서 과세관청의 처분은 소급과세금지 원칙이나 신뢰보호 원칙에 위배되지 않는다.
• 원고가 주장한 이의신청 각하결정이 세무서장을 기속하는 효력이 없으며, 이에 반하는 처분도 적법하다.

법원은 경매로 취득한 재화의 경락대금에 부가가치세가 포함되어 있지 않으면 매입세액 공제를 할 수 없다고 판단했다. 과세관청의 예규 변경과 신뢰보호 원칙 위반 주장은 받아들여지지 않아 원고의 청구가 기각되었다.