폐동을 실제로 사들이고 매입세금계산서 33장을 받아 매입세액을 공제한 뒤, 가공거래로 몰린 부가가치세 부과처분에 불복함

• 원고 회사는 2011년 12월 1일 경기 OO지역에서 비철금속 도매업을 하는 법인으로, 2012년 1기와 2기 부가가치세 기간 동안 주식회사 C과 폐동거래를 하며 공급가액 46억 6,700만 원에 해당하는 매입세금계산서 33장을 받았다.
• 원고는 이 매입세액을 매출세액에서 빼고 부가가치세를 신고·납부했는데, OO지방국세청이 C에 대한 세무조사를 벌인 뒤 이 거래를 가공거래로 확정해 피고에게 알렸다.
• 피고는 이 세금계산서를 실물거래 없는 허위 계산서로 보고 매입세액을 공제해주지 않아, 2014년 2월 14일 원고에게 2012년 1기분 3억 410만 원, 2기분 5억 449만 원의 부가가치세와 2012년 법인세 13억 6,396만 원을 다시 매겨 고지했다.
• 원고는 이에 불복해 조세심판원에 심판을 청구했고, 조세심판원은 2015년 3월 5일 거래 자체는 실물거래이지만 세금계산서는 공급자가 사실과 다른 계산서라며, 법인세는 세액을 다시 계산하라고 했고 부가가치세 부과처분은 받아들이지 않았다.
• 이에 원고는 부가가치세 부과처분을 취소해 달라며 소송을 냈고, 재판부는 2016년 4월 5일 변론을 마친 뒤 2016년 4월 26일 판결을 선고했다.

원고 회사는 2012년 1·2기 부가가치세 기간에 주식회사 C과 폐동을 거래하며 공급가액 46억 6,700만 원 상당의 매입세금계산서 33장을 받아 매입세액을 공제했다. 국세청이 이 거래를 가공거래로 확정하자 피고는 2012년 1기분 3억 410만 원, 2기분 5억 449만 원의 부가가치세를 다시 매기고 고지했다. 원고는 실제로 폐동을 사들인 것이라며 처분 취소를 청구했고, 법원은 원고의 손을 들어주었다.

• 법원은 특정 거래가 실제 재화의 공급인지, 아니면 이름만 있는 거래인지는 거래 목적과 경위, 이익이 누구에게 돌아가는지, 대금이 어떻게 오갔는지 등을 종합해 하나하나 따져봐야 한다고 전제했다.
• 그 거래가 명목상 거래라서 세금계산서가 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점은 원칙적으로 과세관청(피고)이 입증해야 한다는 대법원 판례(2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결)를 그대로 적용했다.
• 원고는 폐동을 납품받을 때마다 세금계산서, 계량증명서, 계량확인서, 거래명세서, 견적서 등을 직접 만들거나 받아 보관했고, 여기에는 실제 폐동을 옮긴 차량 사진과 동영상, 도로통행료 영수증까지 들어 있어 거래가 없었다면 나오기 어려운 자료들이었다.
• 원고가 2012년 4월부터 8월까지 C의 기업은행 계좌로 17억 4,100만 원, 국민은행 계좌로 29억 2,600만 원을 이체한 사실이 확인됐고, C이 이 돈을 전부 현금으로 빼갔거나 원고 계좌로 되돌려준 흔적은 없었다.
• 피고는 원고의 다른 매입처들과의 거래는 정상으로 보면서 C과의 거래만 가공으로 봤는데, 원고가 거래 전 직접 C 사업장을 찾아가 사업자등록증, 법인등기부등본, 거래통장 사본, 자동차등록증 사본까지 확인한 점에 비춰 C을 자료상(실물 없이 세금계산서만 발행하는 업체)으로 보기 어렵다고 판단했다.
• C의 대표는 조세범처벌법위반 혐의로 조사받았으나 2014년 6월 13일 가공거래를 인정할 증거가 없다는 이유로 불기소처분을 받았고, 이후 관련 사건에서 C의 주 매입처 대표가 'C과는 실제 거래가 있었다'고 진술해 2015년 3월 24일 다시 불기소처분이 내려진 점도 근거로 삼았다.

세금계산서가 가짜라는 점은 과세관청이 직접 증명해야 하며, 거래처의 전 단계 업체 일부가 자료상으로 찍혔다거나 매입가격이 조달청 고시가격보다 낮다는 정도만으로는 실제 거래를 부정할 수 없다는 점을 보여준 사건이다. 실물 거래를 뒷받침하는 계량증명서, 차량 사진, 대금 이체 내역 같은 증빙을 꼼꼼히 남겨둔 것이 결과를 뒤집는 데 결정적이었다.