투자목적회사가 자회사 주식을 추가 취득해 과점주주가 된 후, 지주회사에 해당한다며 취득세 면제를 주장하며 과오납금 환부를 신청함

【심급】 4심 【세목】 취득세 【주문】 1. 원고의 항소를 기각한다. 2. 항소제기 이후의 소송총비용은 원고가 부담한다. 【이유】 1. 처분의 경위 가. 원고의 취득세 등 신고와 납부원고는 2006. 5. 10. 구 간접투자자산운용업법(2007. 8. 3. 법률 제8635호로 제정되어 2009. 2. 4.부터 시행된 ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률’ 부칙 제2조로 폐지되기 전의 것, 이하 ‘구 간접투자법’이라 한다]에 기하여 사모투자전문회사의 출자로 설립된 투자목적회사로서 다른 회사의 주식 또는 지분 등에 투자하는 것을 주된 사업목적으로 하고 있다. 원고는 **** 상호저축은행(이하 ‘이 사건 법인’이라 한다)의 주식 12,163,705주를 보유하고 있던 중 2008. 11. 3. 다시 이 사건 법인의 주식 7,676,395주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 추가로 취득하여 결국 이 사건 법인의 발행주식 총수인 24,952,195주 가운데 약 79.51%인 19,840,100주를 보유하게 되었다. 당시 원고의 자산은 1천억 원 이상이었고, 그 후 2009. 6. 30. 기준으로는 2천억 원을 상회하게 되었으며 그 중 주식이 자산총액의 약 80%를 차지하였다. 원고는 2008. 12. 2. 피고에게 이 사건 주식의 취득이 ‘ 지방세법(2007. 12. 31. 법률 제8835호로 개정된 것) 제22조 제2호, 제105조 제6항의 규정에 의해 법인의 주식을 취득함으로써 과점주주가 된 때에 해당’하는 것으로 보아 이 사건 법인 소유 **** 소재 **** 골프회원권에 대한 취득세 17,111,790원 및 농어촌특별세 1,711,170원(이하 이 사건 ‘자진납부세액’이라 한다)을 자진 신고한 후 같은 해 12. 2. 이를 납부하였다. 나. 원고의 과오납급 환부신청과 피고의 조치원고는 2009. 9.경. 종전의 입장을 바꾸어 이 사건 주식의 취득이 "과점주주에 대한 취득세 면제조항인 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제120조 제6항 제8호, 독점규제 및 공정거래에 관한 법률(2009. 2. 25. 법률 제9554호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘공정거래법’이라 한다) 제2조에 의해 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우로서 취득세 면제대상"에 해당한다고 주장하면서, 법제처의 행정해석 등을 근거로 피고에게 이 사건 자진납부세액에 관하여 과오납금 환부신청을 하였다. 피고는 이를 받아들여 그 무렵 원고에게 이 사건 자진납부세액을 전액 환급(이하 ‘이 사건 환급결정’이라 한다)하는 한편 취득세 감면분에 대한 농어촌특별세를 부과하는 처분을 하였다. 그러나 피고는 2010. 3. 18. 이 사건 환급결정이 잘못되었다는 이유로 원고에게 이 사건 취득세 감면분 농어촌특별세를 환부하는 한편 다시 취득세 17,111,790원, 농어촌특별세 1,711,170원(취득세액의 100분의 10)을 부과하는 이 사건 처분을 하였다.[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장원고는 다음과 같은 취지로 주장한다. 원고는 공정거래법상 지주회사이고 이 사건 주식의 취득은 지주회사가 자회사의 주식을 취득한 경우에 해당하므로 그로 인하여 비록 이 사건 법인의 과점주주가 되었다고 하더라도 조세특례제한법에 따라 취득세가 면제되어야 한다. 간접투자법 제144조의17 제1항에서 투자목적회사에 대하여 일정한 경우 공정거래법상 지주회사 규정을 적용하지 않는다는 취지는 그런 경우 아예 지주회사에 해당하지 않는다는 것이 아니라 투자목적회사의 특수성을 감안하여 예외적으로 공정거래법상 지주회사에 대한 규제를 풀어주겠다는 것이므로 이는 오히려 투자목적회사가 지주회사임을 논리적 전제로 하고 있다. 따라서 투자목적회사가 공정거래법상 지주회사에 해당하지 아니함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. 나. 관계 법령 별지 기재와 같다. 다. 판단 1) 조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다( 대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조). 2) 구 조세특례제한법 제120조 제6항 제8호(이하 ‘이 사건 법률조항’이라 한다)는 ‘독점규제 및 공정거래에 관한 법률에 의한 지주회사(금융지주회사를 포함한다)가 되거나 지주회사가 동법 또는 금융지주회사법에 의한 자회사의 주식을 취득함으로써 지방세법 제22조 제2호의 규정에 의한 과점주주에 해당하게 되는 경우 당해 과점주주에 대하여는 간주취득세의 부과에 관한 지방세법 제105조 제6항의 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있는데, 공정거래법 제2조 제1호의2, 같은 법 시행령 제2조 제1항, 제2항은 지주회사를 ‘주식(지분을 포함한다)의 소유를 통하여 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는 회사로서, 설립등기일 또는 직전 사업연도 종료일(사업연도 종료일 이전의 자산총액을 기준으로 지주회사 전환신고를 하는 경우에는 해당 전환신고 사유의 발생일) 등 현재의 대차대조표상 자산총액이 1,000억 원 이상인 회사’로 정의하면서, 국내회사의 사업내용을 지배하는 것을 주된 사업으로 하는지는 ‘회사가 소유하고 있는 자회사 주식가액의 합계액이 해당 회사 자산총액의 100분의 50 이상인지’를 기준으로 판단하도록 규정하고 있다. 한편 구 간접투자법 제144조의17 제1항은 ‘ 사모투자전문회사 또는 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 공정거래법에 의한 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있고, 여기에서 사모투자전문회사란 ‘회사의 재산을 주식 또는 지분 등에 투자하여 경영권 참여, 사업구조 또는 지배구조의 개선 등의 방법으로 투자한 기업의 가치를 높여 그 수익을 사원에게 배분하는 목적으로 설립된 합자회사로서 일정한 요건을 갖춘 회사’를 말하고( 제2조 제4호의2, 제144조의2 제1항, 제2항), 투자목적회사란 ‘그 주주 또는 사원의 전부가 사모투자전문회사이고 사모투자전문회사 재산의 운용방법과 동일하게 투자하는 주식회사 또는 유한회사’를 말한다( 제144조의9 제1항, 제144조의7 제1항 제1호 내지 제5호, 제7호). 지주회사를 간주취득세 부과대상에서 제외하고 있는 이 사건 법률조항의 입법 취지는 지주회사의 설립이나 지주회사로의 전환에 대하여 세제혜택을 줌으로써 소유와 경영의 합리화를 위한 기업의 구조조정을 지원하려는 데에 있다. 그런데 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사는 투자한 회사의 기업가치를 높여 창출한 수익을 투자자에게 배분하는 것을 주된 목적으로 하여 설립된 회사로서, 수직적 출자구조를 통하여 자회사의 사업을 지속적으로 지배함으로써 소유와 경영의 합리화를 도모하려는 목적으로 설립된 공정거래법상의 지주회사와는 설립목적이나 기능 등이 전혀 다르다. 이러한 이유로 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사의 경우에는 공정거래법 제2조 제1호의2 등에서 정한 지주회사의 요건을 형식적으로 갖추었다고 하여 이를 모두 지주회사로 취급하여 공정거래법상의 각종 행위제한에 관한 규정을 적용하는 것이 적절하지 아니하므로, 구 간접투자법 제144조의17 제1항은 위에서 본 것과 같이 일정한 요건을 충족하는 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 10년간 공정거래법의 지주회사에 관한 규정을 적용하지 아니하도록 규정하고 있다. 그리고 구 간접투자법 제144조의17 제3항 본문은 ‘ 사모투자전문회사 및 투자목적회사에 대하여는 제144조의7 제1항 제1호 또는 제2호의 요건을 충족하는 경우 그 요건을 충족하는 날부터 10년이 되는 날까지는 금융지주회사법에 의한 금융지주회사로 보지 아니한다’고 규정하고 있고, 그 문언 내용과 이 사건 법률조항의 입법 취지 등에 비추어 보면 위 규정에 따라 금융지주회사로 보지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항이 적용되지 아니한다고 봄이 타당한데, 사모투자전문회사나 투자목적회사가 일반 지주회사인지 아니면 금융지주회사인지에 따라 이 사건 법률조항의 적용을 달리할 합리적 이유도 없다. 또한, 공정거래법상의 지주회사에 대하여는 이 사건 법률조항 외에, 주식의 현물출자 등에 의한 설립이나 전환에 대한 과세특례( 구 조세특례제한법 제38조의2), 수입배당금액의 익금불산입제도( 법인세법 제18조의2) 등이 마련되어 있는 반면, 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 그와 별도로 지급배당금의 소득공제제도( 법인세법 제51조의2 제1항 제2호)나 등록세 중과배제제도( 구 조세특례제한법 제119조 제7항) 등이 규정되어 있는 등 세법상의 규율에도 차이가 있다. 위와 같은 관련 규정의 문언 내용과 입법 취지 및 체계, 사모투자전문회사 또는 투자목적회사와 지주회사의 설립목적 및 기능상의 차이, 그리고 1999. 12. 28. 법률 제6045호로 개정된 조세특례제한법이 이 사건 법률조항(당시에는 제120조 제5항 제8호)을 신설할 당시에는 구 간접투자법에 사모투자전문회사나 투자목적회사에 관한 규정이 아직 없었던 점 등을 종합하면, 공정거래법의 지주회사에 관한 규정이 적용되지 아니하는 구 간접투자법상의 사모투자전문회사나 투자목적회사에 대하여는 이 사건 법률조항도 적용되지 않는다고 봄이 타당하다. 3) 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.3. 결론그렇다면 원고의 청구는 이를 기각할 것인바, 이와 결론을 같이한 제1심 판결은 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.