공법인이 국가로부터 무상양여받은 간척토지를 보유하며 임대·처분 권한을 행사해 온 가운데, 지방자치단체가 재산세 등을 부과함

【심급】 1심 【세목】 재산세 【주문】 1. 원고의 청구를 모두 기각한다. 2. 소송비용은 원고가 부담한다. 【이유】 1.처분의 경위 및 내용 가.원고는□□□□□공사 및 농지관리기금법(이하‘농어촌공사법’이라 한다)제1조,제3조,제6조에 근거하여 국가가 그 자본금 전부를 출자하여 설립된 공법인이다. 나.농림수산부(현 농림축산식품부)는1991. 8. 13.○산~○안 간 방조제33㎞를 축조하고 방조제 내부를 매립하여 간척토지28,300㏊와 담수호11,800㏊를 조성하기로 하는 내용의○○○지구 간척종합개발사업(이하‘○○○ 사업’이라 한다)시행계획을 확정하고,사업시행자는 농림수산부장관으로 지정하였으며,사업시행의 전반적인 업무를 원고(당시 농어촌진흥공사)에게 위탁하였다. 다.○○○ 사업이 진행되던 중,당초100%농업용지로 개발될 예정이었던 ○○○ 부지를 농업용지,산업용지 및 관광용지 등 용도별로 종합개발하는 것으로 계획이 변경되었고,그에 따라 ○○○3, 4호 방조제 구간 중 일부 구간의 용도가 관광·레저용지‘또는’기타 용지‘로 전환되었다. 라.○○○ 사업의 위탁사업시행자인 원고는 일부 공사가 완성된 ○○○3, 4호 방조제 및 그 주변 외곽시설 부분에 관하여 분할준공인가 신청을 하였고,농림수산식품부가2011. 5. 6.○○○3, 4호 방조제 구간에 대하여 분할준공인가를 하였다.이에 따라 ****잡종지2,484,912.4㎡(이하‘이 사건 토지’라 한다)가 포함된 토지3,104,505.5㎡에 관하여 원시취득자인 대한민국 명의로 소유권보존등기가 경료되었고,같은 날 이 사건 토지에 관하여 양여를 원인으로 한 원고 명의의 소유권이전등기가 경료되었다. 마.피고는2018. 8. 10.원고에게 이 사건 토지에 관하여 별지 목록 기재 재산세(토지),지방교육세(이하‘이 사건 재산세 등’이라 한다)합계775,068,490원 부과처분을 하였다(이하‘이 사건 부과처분’이라 한다). [인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함,이하 같다),변론 전체의 취지 2.관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다. 3.이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단 가.원고 주장의 요지 ①구 지방세법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것,이하 구 지방세법이라고만 한다)제109조에 따르면,국가나 지방자치단체 등의 소유에 속하는 재산에 대하여는 재산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있는데,이 사건 토지는 비록 원고 명의로 소유권 등기가 이루어졌지만 사실상 국가 소유이므로,실질과세의 원칙에 따라 원고에게 이 사건 재산세 등을 부과하는 것은 위법하다.②설령,이 사건 토지가 비과세 대상이 아니라고 하더라도,농어촌정비법상 시행자가 다른 사람에게 공급할 목적으로 소유하는 토지에 해당하므로 재산세 등 분리과세 대상에 해당함에도,종합합산과세를 한 것은 위법하다. 나.판단 1)실질과세의 원칙에 위배되는지 여부에 관하여 구 지방세법(2005. 1. 5.법률 제7332호로 개정되기 전의 것)제234조의9제1항 및 구 지방세법(2010. 3. 31.법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것)제183조 제1항은 과세기준일 현재 토지나 재산을 사실상 소유하고 있는 자를 종합토지세 또는 재산세의 납세의무자로 규정하고 있다.종합토지세와 재산세의 입법 목적과 성격 등에 비추어 보면,위 각 규정에서‘토지나 재산을 사실상 소유하고 있는 자’라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 당해 토지나 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다고 보아야 할 것이다(대법원1996. 4. 18.선고93누1022전원합의체 판결,대법원2006. 3. 23.선고2005두15045판결등 참조). 그리고 종합토지세의 비과세대상으로 규정하고 있는‘국가의 소유에 속하는 토지’라 함은 공부상의 명의 여부에 관계없이 국가의 사실상 소유에 속하는 토지를 가리킨다고 할 것이지만,원고가 직접 공유수면을 매립하는 농업종합개발사업을 시행한 결과 공유수면매립법 제29조 제3항의 규정에 의하여 그 매립지의 소유권을 취득한 경우에는,비록 원고가 국가가 설치한 정부투자기관으로서 그 사업비용 전액을 국고로부터 지원받아 시행하였고 그 매립지를 국가의 감독하에 관리·처분하여야 하는 지위에 있었다고 할지라도,당해 매립지를 원고가 보유하는 동안 이를 지역농민들로 하여금 일시 경작케 하고 경작료를 징수하였던 이상,그 소유권은 법률상으로 뿐만 아니라 사실상으로도 국가와 별개로 독립한 법인격을 가진 공법인인 원고에게 귀속된다고 할 것이므로,이러한 토지를 두고 여기서 말하는 국가의 소유에 속하는 토지라고 할 수 없어 종합토지세의 비과세대상이 아니라고 할 것이다(대법원1999. 2. 23.선고98두17623판결등 참조). 앞서 든 증거들,을 제1내지6, 9호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 위 법리에 비추어 보면,이 사건 토지의 실질적인 소유자는 원고라고 할 것이므로,이 사건 부과처분이 실질과세의 원칙에 위배되어 위법하다고 볼 수 없다.따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. ①농림축산식품부 훈령인 매립지등의 관리·처분에 관한 규정에 따르면,원고는 매립지등 관리자로서 매립지등에 대한 임대차,일시사용 또는 매매계약에 관한 사항,매립지등의 임대료 및 일시사용료 등에 대한 회수 및 관리 등을 처리하도록 규정하고 있다.즉,원고는 이 사건 토지의 관리·처분에 관하여 국가의 감독을 받아야 하는 지위에 있기는 하지만,이 사건 토지에 관하여 형식적인 소유 명의만을 가지고 있는 것이 아니라 임대차,일시사용 또는 매매계약에 관한 사항,매립지등의 임대료 및 일시사용료 등에 대한 회수 및 관리 등에 관한 처리 권한을 보유하고 있다. ②원고가 국가가 설치한 공공기관으로서 그 사업비용 전액을 농지관리기금으로부터 지원받아 시행하였고 이 사건 토지를 국가의 감독하에 관리·처분하여야 하는 지위에 있다고 하더라도,이 사건 토지를 원고가 보유하는 동안‘○○○방조제 신시·야미구간 광광레저용지 개발사업 민간사업자 공모 공고’, ‘○○○ 오토캠핑장 위탁 운영자 모집 공고’, ‘임대 입찰공고’등을 하고,직접 위수탁계약 및 임대차계약 등을 체결하여 임대료를 받아 왔다. ③원고는 이 사건 토지의 처분대금이나 이 사건 토지에서 발생하는 수익금은 농지관리기금이나 유지관리적립금에 귀속되어 결국 모두 국가의 수익금이 되므로,이 사건 토지의 실질적인 소유자는 국가라고 주장하나,전출금·예탁금·예치금을 제외한 농지관리기금의 운용계획 등을 살펴보면,위 기금의 주된 사용자는 원고인 것으로 보인다. ④구 지방세특례제한법(2018. 12. 24.법률 제16008호로 개정되기 전의 것)에 따르면,원고가 농어촌공사법 제44조에 따라 취득·소유하는 부동산에 대하여 취득세 및 재산세의100분의50을 각각 경감한다고 규정하고 있다.즉,원고가 국가로부터 무상양여받은 토지는 원고의 소유이므로 취득세 및 재산세 부과대상이 된다는 전제하에 그에 대한 감면특례를 규정하고 있다. 2)이 사건 토지가 분리과세 대상인지 여부에 관하여 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며,특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원2009. 8. 20.선고2008두11372판결등 참조). 살피건대,을 제7호증의 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 위 법리에 비추어 보면,이 사건 토지는 분리과세대상에 해당하지 않는다.따라서 피고가 이 사건 토지를 종합합산과세대상으로 보아서 한 이 사건 부과처분은 적법하다. ①구 지방세법 제106조 제1항은 토지에 대한 재산세의 과세대상을 종합합산과세대상,별도합산과세대상,분리과세대상으로 구분하여 과세하되,분리과세대상에 해당하는 일정토지에 대하여는 정책적인 목적에 따라 예외적으로 별도의 기준에 의하여 다른 과세대상토지에 비하여 고율(골프장 및 고급오락장용 토지 등)또는 저율(전,답,과수원,목장용지,임야 등)의 세율에 의하여 재산세를 부과함으로써 종합합산과세에서 오는 불합리를 보완하고 있는바,구 지방세법 시행령(2018. 12. 31.법률 제29437호로 개정되기 전의 것,이하 구 지방세법 시행령이라고만 한다)제106조 제1항 제3호는 분리과세대상 토지를 세분하여 규율하면서‘농어촌정비법에 따른 농어촌정비사업 시행자가 같은 법에 따라 다른 사람에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지’를 분리과세대상으로 규정하였고,같은 법 시행령 제111조에서 위 토지에 관하여 과세표준액의 다과에 관계없이 과세표준액의1000분의2의 세율로 재산세를 부과하고 있다. ②한편,종합부동산세법은 제11조에서 분리과세대상에 해당하는 토지에 대하여는 종합부동산세의 과세대상에서 제외하고 있고,그에 따라 농어촌특별세법이 종합부동산세액의100분의20의 세율로 부과하는 농어촌특별세의 과세대상에서도 제외되어 있다.위와 같은 규정의 취지에 비추어 보면,구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제3호에서‘농어촌정비법에 따른 농어촌정비사업 시행자가 같은 법에 따라 다른 사람에게 공급할 목적으로 소유하고 있는 토지’를 분리과세대상으로 규정한 것은 일종의 조세감면규정으로써 특혜규정에 해당하므로,위 규정의 해석 및 적용 여부에 관한 판단은 엄격하게 이루어져야 한다. ③구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제3호에 따르면,분리과세대상은 해당 토지의 소유자가 농어촌정비사업‘시행자’인 경우라고 규정되어 있는데,○○○사업 추진 및 지원에 관한 특별법 제8조에 따라 ○○○청장이 원고를 ○○○사업의‘시행자’로 지정하였음을 인정할 수 있는 자료도 없을 뿐만 아니라,원고도 인정하고 있는 바와 같이 이 사건 토지의 소유자인 원고는 이 사건 토지에 관한 ○○○ 사업의 시행자가 아니라‘위탁시행자’에 해당하고,위탁시행자를 위 규정의 시행자와 동일시할 수는 없다. ④구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제3호는 엄격하게 해석되어야 하고,원고가 법문상 분리과세 요건인‘시행자’에 해당하지 않는 이상,원고가 소유한 이 사건 토지에 관하여 구 지방세법 시행령 제102조 제7항 제3호를 적용할 수는 없다. 4.결론 그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.