원고가 코스닥시장에서 주식을 나중에 산 것부터 먼저 파는 후입선출법으로 양도소득세를 신고·납부함.

• 1999년 12월 31일, 원고는 소외 회사의 대주주가 되었고, 2000년 7월 4일 코스닥시장에 소외 회사가 등록되었다.
• 2000년 7월 20일, 원고는 소외 회사 주식 114,548주를 대신증권 위탁계좌에 입고하였다.
• 2000년 8월 9일부터 12월 26일까지 원고는 코스닥시장에서 주식 24,800주를 추가로 매수하고 55,508주를 양도하였다.
• 원고는 주식을 나중에 산 것부터 먼저 판다는 후입선출법으로 양도소득세를 신고·납부하였다.
• 세무서는 주식 취득 시기가 불분명하다며 먼저 산 것부터 판다는 선입선출법을 적용해 세금을 다시 계산하고 추가 세금을 부과하였다.
• 원고는 이에 불복해 세금 부과 처분 취소를 요구하는 소송을 제기하였다.

원고는 코스닥시장에서 주식을 팔 때 주식 취득 시기를 나중에 산 것부터 먼저 판다는 후입선출법을 적용해야 한다고 주장했다. 세무서는 취득 시기가 불분명하다며 먼저 산 것부터 판다는 선입선출법을 적용해 추가 세금을 부과했다. 쟁점은 주식 취득 시기를 어떻게 특정할 것인지였으며, 법원은 후입선출법 적용이 맞다고 판단해 원고의 손을 들어주었다.

• 코스닥시장 주식은 실물 주권이 아닌 계좌상으로 관리되며, 주식은 증권예탁원에 집중 예탁되어 혼합 보관된다.
• 주식 거래는 계좌 내에서 입고와 출고로 기록되며, 실제 주권 발행번호 등으로 특정하기 어렵다.
• 증권회사들은 장기 보유 주식 확인과 세제 혜택을 위해 후입선출법을 업무 처리 기준으로 삼아 운영해 왔다.
• 원고도 대신증권 계좌에서 후입선출법에 따라 주식을 관리받았고, 이에 이의를 제기하지 않았다.
• 법원은 주식의 취득 시기를 특정할 수 없다는 세무서 주장은 증권예탁제도와 업무 관행에 맞지 않으며, 후입선출법 적용이 공정하고 타당하다고 보았다.
• 따라서 세무서의 선입선출법 적용에 따른 추가 세금 부과는 부당하다고 판단했다.

코스닥시장 주식은 계좌상으로 관리되며, 주식 취득 시기를 특정할 수 있어 후입선출법을 적용하는 것이 맞다. 법원은 세무서가 먼저 산 주식을 먼저 판 것으로 보고 세금을 다시 계산한 처분을 취소했다.