원고가 특수관계 법인에 분양성과금 명목으로 총 10억 원을 지급하고, 공사에서 특수관계 법인에게 시가보다 과다한 공사대금을 지급함.

- 1 - 서 울 고 등 법 원 제 8 - 3 행 정 부 판 결 사 건2024누62358 법인세부과처분취소 원고 , 항소인 겸 피항소인 **** 소송대리인 법무법인(유한 ) **** 담당변호사 ****, **** 피고 , 피항소인 겸 항소인 **** 제 1 심 판 결서울행정법원 2024. 9. 13. 선고 2023구합 61837 판결 변 론 종 결2025. 7. 25. 판 결 선 고2025. 11. 14. 주 문 1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다. 가. 피고가 2021. 12. 8. 원고에 대하여 한 별지 1 표 기재 2018 사업연도 법인세 본 세(기납부세액 공제 ) 부과처분 중 110,016,625원을 초과하는 부분 , 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세에 대한 가산세 부과처분 중 49,730,198원을 초과하는 부 - 2 - 분, 같은 표 기재 2019 사업연도 결손금 감액처분 전부를 각 취소한다. 나. 원고의 나머지 청구를 기각한다. 2. 소송 총비용 중 20% 는 원고가, 80% 는 피고가 각 부담한다. 청구취지 및 항소취지 1. 청구취지 피고가 2021. 12. 8. 원고에 대하여 한 별지 1 표 기재 2017 사업연도 결손금 감액처 분 중 1,561,736,609원을 초과하는 부분 , 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세 본세 (기 납부세액 공제 ) 부과처분 중 110,016,625원을 초과하는 부분 , 1) 같은 표 기재 2018 사 업연도 법인세에 대한 가산세 부과처분 중 49,730,198원을 초과하는 부분 , 같은 표 기 재 2019 사업연도 결손금 감액처분 전부를 각 취소한다. 2. 항소취지 가. 원고 : 제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소하고, 청구취지와 같은 판결을 구한다. 나. 피고 : 제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고 그 취소 부분에 대한 원고의 청 구를 기각한다. 이 유 1. 처분의 경위 가. 원고는 부동산개발, 시행 , 분양 및 컨설팅을 주된 사업목적으로 하는 법인이고, 1) 원고는 청구취지변경신청서에서 별지 1 표에서 보는 바와 같이 2018 사업연도 법인세 부과처분 중 본세에 대하여 기납부세액 을 공제한 금액을 그 처분액으로 삼고 , 그 중 뒤에서 보는 부당행위계산부인액(5,307,513,099원)에 당시 한계세율을 적용한 금액을 제외하여 그 취소를 구하고 있고 , 이에 대하여 피고도 별다른 이의를 제기하지 않고 있다 (을 제7호증의 1, 제1심 5차 변론조서, 2024. 8. 16. 자 참고서면 참조 ). - 3 - ****(이하 ‘C’이라 한다 )은 건축공사업 및 부동산 분양대행업을 주된 사업목적으 로 하는 법인으로서 법인세법상 원고의 특수관계인에 해당한다. 나. 원고는 2017. 1. 5. **** **** 중심상업지역에 있는 건물의 상가 (근린생활시 설) 분양을 대행한 C 및 같은 건물의 오피스텔 분양을 대행한 D(변경 전 상호 : 주식회 사 E)에게 분양대행수수료 외 성과금 명목으로 각 5억 원씩 총 10 억 원을 지급하였다 (이하 ‘이 사건 분양성과금’이라 한다 ). 다. 원고는 2018, 2019 사업연도에 분양형 토지신탁계약에 따른 수탁자를 주식회사 G(이하 ‘G’이라 한다 ), 시공사를 C, ****(이하 ‘H’이라 한다 ), ****(이하 ‘I’ 라 한다 )의 3개 법인으로 구성된 공동수급체로 하여 F 신축공사(이하 ‘이 사건 공사 ’라 한다 )를 시행하였다. 라. 서울지방국세청은 2021. 7. 6. 부터 2021. 10. 27. 까지 원고 , C, D에 대하여 법인 세 통합조사를 실시한 결과 , 원고가 ① 업무와 관계없이 특수관계인인 C과 D에게 이 사건 분양성과금을 지급하였다는 이유로 2017 사업연도에 관하여 10 억 원을 기타사외 유출로 손금불산입하고, ② 이 사건 공사에 관하여 특수관계인인 C에게 6,801,423,099 원 상당의 공사대금을 시가보다 과다하게 지급하였다는 이유로 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다 ) 제52 조에서 정한 부당행위계산의 부인 규정을 적용하여 2018 사업연도에 관하여 5,307,513,099원, 2019 사업연도에 관하 여 1,493,910,000원을 각 기타사외유출로 손금불산입하여 과세자료를 피고에게 통보하 였다 . 마. 피고는 2021. 12. 8. 원고에게 별지 1과 같이 2017 사업연도 법인세, 2019 사업 연도 법인세에 관하여는 각 결손금을 감액경정·고지하고, 2018 사업연도 법인세에 관 - 4 - 하여는 1,639,139,850원(가산세 포함 )을 증액경정·고지하였다. 바. 피고는 2022. 10. 6. 원고의 경정청구를 받아들여 2018 사업연도에 관하여 최저 한세 적용대상 공제감면세액 36,500,000원을 반영하고 별지 1과 같이 2018 사업연도 법 인세를 1,589,613,655원(가산세 포함 )으로 감액경정·고지하였다(이하 2017 사업연도, 2019 사업연도 결손금 감액처분 및 당초 2018 사업연도 법인세 부과처분 중 감액되고 남은 부분을 통틀어 ‘이 사건 처분 ’이라 한다 ). [인정근거] 다툼 없는 사실 , 갑 제1, 2, 14 호증 , 을 제1, 7호증 (가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함 )의 각 기재 , 변론 전체의 취지 2. 관계 법령 별지 2 기재와 같다 . 3. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 이 사건 공사 관련 부당행위계산에서의 시가 등 산정 위법 주장에 관한 판단 1) 관련 법리 가) 구 법인세법 제52 조 제1항은 “납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청 장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정 되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 관계없이 그 법인의 각 사업연 도의 소득금액을 계산할 수 있다 .” 고 규정하고 있고 , 같은 조 제2항은 “제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래 에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 (요율 ·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 ‘시가 ’라 한다 )을 기준으로 한다 .” 고 - 5 - 규정하고 있다 . 나) 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다 ) 제88 조 제1항 제7호는 구 법인세법 제52 조 제1항의 ‘조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 ’의 하나로 ‘금전 , 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율 ·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우 ’를 들고 있고 , 같은 조 제3항 은 ‘제1항 제7호 등은 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100 분의 5 에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다’고 규정하고 있다 . 구 법인세법 시행 령 제89 조는 용역의 '시가 '에 대해 ① 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수 관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간 에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의하고(제1항), ② 위와 같은 거래의 실례가 없는 경우에는 구 법인세법 시행령 제89 조 제2항 각 호에서 정한 방법 에 의하여 산정할 수 있으며(제2항), ③ 이러한 방법에 의하여도 시가를 산정할 수 없 는 경우에는 보충적으로 당해 용역의 제공에 소요된 금액 (직접비 및 간접비를 포함하 며, “원가 ”라고 한다 )과 원가에 당해 사업연도중 특수관계인 외의 자에게 제공한 유사 한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액에 의하도 록 규정하고 있다 (제4항 제2호). 다) ‘시가 ’라 함은 원칙적으로 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가 치를 의미하는 것이지만, 거래를 통한 교환가격이 없는 경우에는 공신력 있는 감정기 관의 감정가액도 시가로 볼 수 있는 것이며, 그렇게 하여서도 그 시가의 산정이 어려 운 경우에는 보충적으로 그 시가에 갈음하여 객관적이고 합리적인 방법에 따라 그 가 - 6 - 액을 평가하여야 한다 (대법원 1987. 6. 9. 선고 85 누743 판결 , 대법원 1994. 12. 22. 선 고 93 누22333 판결 , 대법원 2007. 12. 13. 선고 2005두14257 판결의 각 취지 등 참 조), 한편 부당행위계산 부인의 적용기준이 되는 ‘시가 ’에 관한 주장 ·증명책임은 부당행 위계산 부인을 주장하는 과세관청에게 있다 (대법원 2005. 5. 12. 선고 2003두15287 판 결 등 참조 ). 라) 부당행위계산부인이란 법인이 특수관계에 있는 자와의 거래에서 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 법인세법 시행령 제88 조 제1항 각 호에 열 거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시 켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이 고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 경제적 합리성 유무에 관한 판단은 제반사정을 구체적으로 고려하여 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상 관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 하 며, 한편 부당행위계산부인에 있어 반드시 조세부담을 회피하거나 경감시킬 의도가 있 어야 하는 것은 아니다(대법원 2006. 11. 10. 선고 2006두125 판결 등 참조 ). 2) 인정사실 가) G은 2017. 10. 13. 경 C과 이 사건 공사에 관하여 준공예정일 2019. 2. 12., 연면적 13,200.57㎡를 주요조건으로 정한 공사도급계약을 체결하면서, 위 계약의 범위 에는 전기공사, 정보통신공사, 소방공사 등이 제외되고 제외되는 공사는 분리발주 및 공 동수급하기로 하되 , 2) 전기공사 등을 포함한 전체 공사대금의 합계액은 3.3 ㎡당 470 만 원(부가가치세 별도 )으로 정하였다. 이에 따라 전기공사 등을 모두 포함한 이 사건 공사 2) 공사도급계약 특수조건 제15 조(갑 제3호증의 1) - 7 - 대금은 18,800,811,818원(= 연면적 13,200.57㎡ / 3.3 ㎡ × 470 만 원)이었다. 나) G은 2018. 2. 23. C, H, I를 공동수급인으로 하여 다시 이 사건 공사에 관하 여 공사대금을 아래와 같이 정한 변경계약을 체결하면서, 기성대금은 공동수급대표자인 C에 일괄 지급하고 C이 H과 I의 기성대금을 각각 정산 지급하기로 정하였다. 공사명수급인 공사대금 (부가가치세 포함 , 원) 공급가액 (원) 전기 , 통신 , 소방 제외 일체 공사 C18,864,901,00017,149,910,000 전기공사H901,120,000819,200,000 통신공사H189,200,000172,000,000 소방공사 전기H97,680,00088,800,000 기계I591,800,000538,000,000 합계20,644,701,00018,767,910,000 다) C은 부가가치세 및 법인세를 신고하면서 2017년과 2018년에는 주업종코드를 ‘452101(기반 조성 관련 전문 공사업)’ 로, 2019년에는 ‘451104(비주거용 건물 건설업)’ 로 적용하였다. 라) 피고는 이 사건 공사에 대한 C의 투입원가인 10,518,541,986원을 기초로, 이 사건 공사의 계약체결일인 2017년경 C이 주업종으로 신고한 ‘기반 조성 관련 전문 공사 업’의 평균 매출원가율(87.9%)을 적용하여 이 사건 공사의 시가를 11,966,486,901원(= 10,518,541,986원 / 87.9%)으로 산출한 후, 이 사건 전체 공사대금(전기공사, 통신공사, 소방 공사 포함 ) 18,767,910,000원에서 위 시가 11,966,486,901원을 공제한 6,801,423,099원이 과 다하게 특수관계인인 C에 지급되었다고 보아 이 사건 처분을 하였다. [인정근거] 갑 제3, 4호증 , 을 제8호증의 각 기재 , 변론 전체의 취지 3) 피고가 2017년도 기반 조성 관련 전문 공사업(주업종코드: 452101)의 업종 평 균 매출원가율을 기초로 이 사건 공사의 법인세법상 시가를 산정한 것이 위법한지 본 - 8 - 다. 가) 먼저 원고는 2016. 10. J 주식회사와 오피스텔 신축사업에 관한 공사계약(도 급금액 128,282,000,000원)을 체결하였고, 2019. 7. L 주식회사와도 지식산업센터 신축 에 관한 공사계약(도급금액 286,621,386,000원)을 체결하였고(갑 제10, 11 호증 ), 각 계 약의 수익률은 9.19%, 17.98%인데 , 원고가 제출한 증거에 의하더라도 원고가 특수관계 인 외의 불특정다수인과 거래한 횟수는 2회에 불과하여 이를 계속적으로 거래하였다고 보기는 어렵고, 설령 횟수 자체로 계속된 거래가 인정되더라도 각 계약의 수익률 편차 가 큰 이상 계속적으로 거래한 가격이 있는 것으로 보기는 어렵다. 따라서 이 사건 공 사의 시가를 구 법인세법 시행령 제89 조 제1항에 따라 산정하기는 어렵고, 이 사건 공 사계약의 경우 구 법인세법 시행령 제89 조 제2항 각호에서 정한 방법에 의하여도 시가 를 산정할 수 없으므로, 결국 구 법인세법 시행령 제89 조 제4항 제2호에 따라 시가 산 정이 가능한지 본다 . 나) 피고는 국세청 내부전산망인 정보분석시스템에서 C의 2017년도 당시 주업 종코드 452101(전문직별 공사업)의 동종 업종 평균 매출원가율(2017년 주업종코드 452101로 법인세를 신고한 법인수는 7,888개에 이름 )을 적용하여 이 사건 공사의 시가 를 산출하였는데, 위 7,888개 법인 중 어떠한 법인의 용역이 C의 이 사건 공사와 유사 한지 선별하는 최소한의 절차를 취하지 않았던 것으로 보인다. 피고가 제시한 동종 업 종의 평균 매출원가율이 위 법인세법상 시가에 해당하기 위하여는 특수관계인과 거래 한 동종 법인의 매출 및 매출원가가 비교 대상에서 제외되어야 함에도 특수관계인 간 거래를 배제하기 위해 어떠한 작업을 거쳤는지도 알 수 없다 . 다) 2017년 주업종코드 452101로 법인세를 신고한 법인수가 7,888개에 이르므 - 9 - 로 표본의 개수가 절대적으로 부족한 것으로 보이지 않고 , 피고가 유사 용역계약을 임 의로 선별하는 것은 과세관청의 자의가 개입될 수 있는 여지가 있으며, 피고가 적용한 원가율에 따라 시가를 계산하였을 때 원고 측 내부자료에 기재된 공사비와 비슷한 금 액이 산정되었고, 원고의 대표이사가 피고 측 시가 산정에 동의한다는 내용의 확인서 를 작성하여 준 사정은 있으나, 피고 측에서 용역계약을 임의로 선별하지 않는 선에서 유사성 확보를 위한 최소한의 합리적인 조정을 위한 조치를 취할 수 없었다고 보기는 어렵다. 예컨대 피고로서는 대표성 있는 평균값을 얻기 위해 최고값과 최저값을 일정 비율로 공제하여 소위 절사평균을 산출할 수도 있고 , 도급인과 수급인 사이의 특수관 계 성립 여부를 확인하여 이를 평균 산출 과정에서 배제하거나 이 사건 공사의 규모 (또는 원고의 매출액 규모 ) 또는 건축물의 목적 면에서 유사한 용역계약을 선별할 수 도 있었을 것이나 피고는 어떠한 추가 조치 없이 전문직별 공사업 7,888개 업종의 평 균을 산출하였다. 피고가 특정 업종을 선정하여 그 평균 수익률을 바탕으로 이 사건 공사의 시가를 선정하는 방식 자체가 위법하다고 보기는 어려우나 그 과정에서 이 사 건 공사와 비교대상계약의 유사성을 확보하기 위한 조치가 전무하였으므로, 피고의 위 와 같은 시가 산정은 합리적이지 않다 . 라) 피고가 주장하는 수익률 산출방식이 객관성과 합리성을 갖는다고 하기 위해 서는 각 비교대상계약의 수익률이 공사시기, 공사대상, 용역의 구체적인 내용 , 규모 , 지 역, 공사진행 정도 등의 차이에도 불구하고 일정해야 한다는 점이 전제되어야 할 것이 나 이 점을 인정할만한 사정이 없고 , 오히려 피고는 건설 용역의 경우 위치 , 규모 , 공 사기간, 난이도, 지역 등이 제각각이므로 각 용역의 개별적 특성이 확연하고, 현장별로 수익률의 차이가 크다고 주장하고 있을 뿐이다. - 10 - 마) 피고가 기반 조성 관련 전문공사업(업종코드: 452101)을 기준으로 이 사건 용역의 시가를 산정한 것도 합리성과 타당성을 갖추지 못하였다. (1) 피고가 기반 조성 관련 전문공사업 또는 기타 비주거용 건물 건설업 기준을 적용하여 시가를 산정하는 경우 이 사건 공사 시가 및 부당행위계산부인이 이루어지는 금액은 아래 표와 같고 (2017, 2018 사업연도 452101, 2019 사업연도 451104), 원고의 주장과 같이 기타 비주거용 건물 건설업으로 계산하는 것이 부당행위계산부인액이 적 게 산정되는 등 원고에게 유리하다. 세무 신고 과정에서 주업종코드는 당해 법인의 중소기업 내지 중견기업 해당 여부 및 추계과세 시 적정 추계율 산정을 위하여 필요한 자료로서 납세자의 권리의무를 결 정짓는 과세요건 사실에 해당하지 않고 C의 경우 어느 업종을 선택하더라도 중소기업 및 중견기업 대상 업종에 해당하고, 추계과세를 적용받지 않았기 때문에 납부세액 관 련하여 업종코드별 구분 실익이 거의 없다 . (2) C은 이 사건 공사계약을 통하여 복합시설 관련 전기 , 통신 , 소방을 제외한 일체의 공사를 수급하였는바, 원고가 아래 표로 제시한 비주거용 건물 건설업과 각종 전문공사업의 관계에 비추어 보면 C은 ‘기반 조성 관련 전문 공사업’에 한정되지 않은 총체적인 공사업을 수행한 것으로 봄이 타당하다. - 11 - (3) ‘기타 비주거용 건물 건설업’( 업종코드: 451104)의 적용범위는 비주거용 건 물 건설용역만 해당되고(건설 후 판매 -> 부동산매매업), 직접 건설활동을 수행하지 않 더라도 건설공사에 대한 총괄적 책임을 지면서 하도급을 주어 전체적으로 건설공사를 관리하는 경우도 포함하는바, 건물의 건설을 포괄하는 활동이 그 부분을 이루는 활동 과 관련이 있다고 하여 그 부분을 이루는 활동의 수익률과 동일하다고 보기는 어렵다. (4) 결국 , 이 사건 공사 시가의 객관적, 합리적 산정의 일환으로 특정 업종의 평균 수익률을 적용함이 가능하다고 전제하더라도, 과세관청인 피고로서는 신고된 주 업종코드에 구애될 것이 아니라 해당 공사의 성격에 가장 부합하는 업종을 선정하여야 할 것인바, 이 사건 공사의 경우 비주거용 건물의 전기 , 통신 , 소방공사를 제외한 일체 의 공사에 관한 도급이 이루어진 것이므로 ‘기반 조성 관련 전문공사업’( 업종코드: - 12 - 452101) 보다는 ‘기타 비주거용 건물 건설업’( 업종코드: 451104)을 선정하여 이를 산정 의 기초로 삼는 것이 해당 공사의 성격에 더 부합한다고 보인다. 바) 한편 , 원고는 C이 원고에게 제공한 용역은 이 사건 공사뿐만 아니라 ABL 대출 (자산유동화담보부 대출 )에 관한 담보를 제공하는 것을 포함하는 것임에도 피고는 이 사건 용역의 시가를 산정하면서 위와 같은 담보 제공의 대가를 고려하지 않았다고 주장한다. 그러나 ABL 대출에 대한 담보 제공의 대가는 이 사건 공사계약서에 기재되 어 있지 않고 , 원고의 내부자료(을 제12 호증 )에 의하더라도 건축공사비와 ABL 대가 이 익금은 분리되어 산정되어 있다 . 따라서 원고와 C 사이의 공사대금 산정에 있어 ABL 대출에 대한 담보제공의 대가가 반영된 것으로 보기 어려우므로 피고가 ABL 대출에 대한 담보 제공의 대가를 고려하지 않고 이 사건 공사 시가를 산정한 것 자체를 위법 하다고 보기는 어렵다. 사) 위와 같은 사정을 종합하면 피고가 C이 수행한 이 사건 공사 부분의 시가를 단순히 기반 조성 관련 전문 공사업의 업종 평균 매출원가율을 기초로 삼아 11,966,486,901원으로 산정한 것에 위법이 있다 . 4) 피고가 이 사건 공사 부분의 시가를 산정하면서, C이 원고로부터 지급받은 공 사대금을 H, I의 공사대금까지 합한 18,767,910,000원으로 하여 시가보다 과다 지급된 공사대금을 산정한 것이 위법한지 본다 . 가) 공급자 I, 공급받는 자 C, 작성일자 2018. 12. 31., ① 품목 ‘Q건물 신축공사 중 기계설비공사대금(기계 )’, 공급가액 117,000,000원, 세액 11,700,000원, ② 품목 ‘Q건 물 신축공사 기계소방설비공사대금(소방 )’, 공급가액 16,000,000원, 세액 1,600,000원으 로 한 전자세금계산서가 발행된 사실은 다툼 없이 인정된다. - 13 - 나) 그런데 이 사건 공사 변경계약서는 제2조에서 공사의 종류별로 수급인을 달 리 정하고, 제3조 제3항에서 ‘도급인은 C에서 지불시기가 도래한 공사기성금을 일괄 지급하고, C은 수급인간 공동수급협정에 따른 분담비율에 따라 수급인 전원에게 공사 기성금을 각각 정산 지급하기로 함에 수급인 전원은 동의하며 C이 대가를 지급하지 않음을 이유로 수급인은 도급인에게 대가 지급을 요청할 수 없다 .’ 고 규정하고 있다 . 따라서 C이 원고 측으로부터 H과 I의 공사대금을 수령하였더라도 이를 C이 취득한 것 과 같이 보는 것은 위 계약의 문언에 반한다. 다) 피고는, C이 위와 같이 공동수급인에게 지급한 금액을 부가가치세 신고서상 매입금액에 포함하여 신고하였는바, C이 비용 항목으로 계상한 위 지급 금액을 법인세 법상 비용으로 처리하지 않기 위해서는 세무조정이 필요한데 C은 세무조정을 신고한 바 없고 , 결국 C은 그 외 공동수급인에게 지급한 도급금액을 법인세 신고시 비용으로 인식하였다는 취지로 주장한다. 그러나 ① C은 이 사건 도급계약에 관한 공사수입금을 장부에 계상하면서 이 사건 도급계약에 따른 공사대금 총액 18,767,910,000원 중 공동 수급액 1,657,000,000원을 전체 매출에서 차감하여 계상한 바 있고 , ② 이 사건 공사계 약에 관한 C의 외주비 계정별 원장으로도 위 공동수급액 1,657,000,000원은 비용으로 계상되지 않은 것으로 보인다(갑 제15 호증 등). 라) 피고는 C의 외주비 계정별 원장상 I에 대한 외주비 지급 사실이 확인된다는 취지로도 주장하나, C과 I 사이에는 Q건물 신축공사에 관한 별도의 기계설비공사 하도 급 계약이 체결되었던 것으로 보이므로, 피고의 주장만으로 C이 이를 비용으로 계상하 였다고 인정하기는 어렵다. 달리 C의 투입원가금액 10,518,541,986원에 H과 I가 투입 된 비용이 포함되어 있음을 확인할 만한 자료가 없다 . - 14 - 마) 따라서 C에 귀속되는 공사대금은 총 공사대금 중 17,149,910,000원이고, H, I 의 공사대금까지 합한 18,767,910,000원으로 하여 시가보다 과다 지급된 공사대금을 산정한 것은 위법하다. 5) 원고가 과다 산정된 공사대금을 지급한 것이 경제적 합리성을 상실한 행위로서 부당행위계산부인의 대상에 해당하는지에 관하여 본다 . 가) 원고가 내부적으로 작성한 자료에 의하면 총공사비는 18,767,910,000원, 건 축공사는 11,767,910,000원, ABL 대가 이익금은 7,000,000,000원으로서(을 제12 호증 ), 원고는 ABL 대출을 위한 담보 제공에 대한 대가 지급을 위하여 일부 금원을 공사비에 포함하여 C에 지급한 것이 아니라 공사대금과 ABL 대가 이익금을 별도로 두고 두 금원 을 합산하여 C에 지급한 것으로 보인다. 나) 원고와 C 간의 당초 공사비용이 11,767,910,000원이고, ABL 제공 대사 혹은 ABL 제공에 따른 공사도급액 증액분이 7,000,000,000원인바, C이 원고를 대신하여 이 사건 공사의 공사대금채권을 원고의 대출에 대한 담보로 제공하였다고 할지라도 제3자 간의 거래의 경우에는 당초 공사비용의 60% 에 달하는 공사비용의 추가 지급은 발생하 기 어려운 것이므로, 원고의 이러한 행위는 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 계약 으로 봄이 타당하다. 다) 원고는, 이 사건 공사도급계약에 따라 C에 지급되는 용역대금이 감소하게 되면 C이 원고의 대출에 대하여 제공할 수 있는 담보의 크기도 줄어들게 되므로 용역 대금을 과다 지급하게 되었다는 취지로 주장하나, 이는 결국 원고가 부담해야 할 용역 대금을 높이는 것인데 이러한 방식이 구체적으로 원고의 유동성 관리에 도움이 되는지 파악하기는 어렵다. - 15 - 라) 원고도 이 사건 도급금액을 7,000,000,000원 높게 책정한 사실에 대한 문제 점을 인식하고 세무조사(부당행위로 인한 원고에게 법인세 부과 우려 )에 대응하기 위 해 내부문건(을 제111 호증 )을 만들어 위 7,000,000,000원을 금전소비대차로 변경하여 도급금액을 변경하는 등의 방안을 검토하였으나 G의 동의가 없어 실행하지 못하는 등 이 사건 도급금액을 과다 지급함으로써 부당지원으로서의 비용 과대계상임을 인지하고 있었던 것으로 보인다. 마) 나아가 C의 공사대금채권을 담보로 원고가 금융기관으로부터 ABL 대출을 받을 수 있었다고 하더라도, ① 결국 위 대출금의 채무자는 원고이고 C이 이를 변제할 경우 C에게 구상금채무를 지는 점, ② 대출금을 포함한 사업비용을 줄이고 C에게 지급 해야 할 공사대금도 줄이는 것이 원고에게 이익인 점 등에 비추어 보면 , 공사대금채권 을 담보로 제공하였는지 여부와 관계없이 특수관계법인인 C에게 시가를 훨씬 초과하 는 공사대금을 지급하기로 약정하였다면 경제적 합리성을 상실한 행위에 해당하여 ‘부 당행위계산’에 해당한다고 봄이 타당하다. 나. 이 사건 분양성과금은 업무관련비용으로 손금에 해당한다는 주장에 관한 판단 이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 판결 이유는 제1심판결의 해당 부분 (제13 면 제1행부터 제16 면 제13 행까지) 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사 소송법 제420 조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다. 다. 소결론 이 사건 처분 중 이 사건 분양성과금에 관련된 2017 사업연도 결손금 감액처분에 대한 원고의 청구는 이유 없으나, 이 사건 공사에 관하여 공사대금을 시가보다 과다하 게 지급하였다는 것과 관련된 2018 사업연도 법인세 부분 , 2019 사업연도 결손금 감액 - 16 - 처분에 대한 원고의 청구는 이유 있다 . 따라서 피고가 2021. 12. 8. 원고에 대하여 한 별지 1 표 기재 2018 사업연도 법인세 본세 부과처분 중 110,016,625원을 초과하는 부 분, 같은 표 기재 2018 사업연도 법인세에 대한 가산세 부과처분 중 49,730,198원을 초과하는 부분 , 같은 표 기재 2019 사업연도 결손금 감액처분 전부를 각 취소함이 타 당하다. 4. 결 론 그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고 나머 지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부 당하므로 원고의 항소를 일부 받아들여 제1심판결을 주문과 같이 변경하기로 한다 . 재판장 판사이영창 판사정총령 판사조진구 - 17 - 별지 1 사업 연도 당초 과세표준경정 과세표준 처분액 결손금 감액처분 법인세 본세 (기납부세 액 공제 ) 3) 법인세 가산세 합계 12017- 4,460,004,503- 1,898,267,8942,561,736,609 2 2018 4) 1,796,356,1837,836,452,4041,171,519,244418,094,4111,589,613,655 32019- 3,579,898,423- 3,528,459,336 5) 51,439,087 3) ‘법인세 본세 ’ 금액은 이 사건 처분의 본세 1,510,790,480원에서 기납부세액 합계액 339,271,236원을 공제한 금액이다. 4) 원고는 2024. 4. 2. 자 청구취지변경 신청서 [별지 ]에 본세 1,208,019,244원, 가산세 431,120,613원, 합계 1,639,139,857원으로 기재하였으나, 이는 감액경정 전 2021. 12. 8. 당초 부과처분액이므로, 오기임이 명백하다. 5) 다만 원고는 이 사건 소제기 후인 2023. 6. 21. 피고에 대하여 2019 년경 지출한 PF 대출수수료에 관하여 회계기준에 따라 관 련 비용 전부를 지출 시점인 2019 사업연도 손금으로 산입하여야 한다는 취지의 경정청구를 하였고, 피고는 2023. 7. 18. 위 경정청구를 받아들여 2019 사업연도의 과세표준을 또 다시 위 –3,528,459,336원에서 –25,122,222,809원으로 변경하는 결손금 증액경정을 하였다. - 18 - 별지 2 관계 법령 ▣ 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제19 조(손금의 범위 ) ① 손금은 자본 또는 출자의 환급 , 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비 (損費 )의 금액으로 한다 . ② 제1항에 따른 손비는 이 법 및 다른 법률에서 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인 의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적 인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다 . 제52 조(부당행위계산의 부인 ) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 “특수관계인”이라 한다 )과의 거래로 인하여 그 법인 의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행 위 또는 소득금액의 계산 (이하 “부당행위계산”이라 한다 )에 관계없이 그 법인의 각 사업연 도의 소득금액을 계산할 수 있다 . ② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정 상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격 (요율ᆞ이자율ᆞ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 “시가 ”라 한다 )을 기준으로 한 다. ③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적 힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다 . ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 (算定 ) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ▣ 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것) 제88 조(부당행위계산의 유형 등) ① 법 제52 조제 1항에서 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우 ”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. - 19 - 7. 금전 , 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율ᆞ요율이나 임차료로 차용하거나 제공 받은 경우 ② 제1항의 규정은 그 행위당시를 기준으로 하여 당해 법인과 특수관계인 간의 거래 (특수관계 인 외의 자를 통하여 이루어진 거래를 포함한다)에 대하여 이를 적용한다. 다만 , 제1항제 8 호가목의 규정을 적용함에 있어서 특수관계인인 법인의 판정은 합병등기일이 속하는 사업 연도의 직전 사업연도의 개시일(그 개시일이 서로 다른 법인이 합병한 경우에는 먼저 개시 한 날을 말한다)부터 합병등기일까지의 기간에 의한다. ③ 제1항 제1호ᆞ제3호ᆞ제6호ᆞ제7호 및 제9호(제1항제 1호ᆞ제3호ᆞ제6호 및 제7호에 준하 는 행위 또는 계산에 한한다)는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100 분 의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한하여 적용한다. 제89 조(시가의 범위 등) ① 법 제52 조제 2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거 래된 가격이 있는 경우에는 그 가격 (주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다. ② 법 제52 조제 2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계 산한 금액에 따른다. 1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률 」에 따른 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액 (감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만 , 주식등은 제외 한다 . 2. 「상속세 및 증여세법」 제38 조ᆞ제39 조ᆞ제39 조의 2ᆞ제 39 조의 3, 제61 조부터 제66 조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101 조를 준용하여 평가한 가액 . 이 경우 「상속세 및 증여세 법」 제63 조제 1항제 1호나목 및 같은 법 시행령 제54 조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식 (주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다) 의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며 , 「상속세 및 증여세법」 제 63 조제 2항제 1호ᆞ제2호 및 같은 법 시행령 제57 조제 1항ᆞ제2항을 준용할 때 “직전 6개월 (증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다 )” 은 각각 “직전 6개월 ”로 본다 . ④ 제88 조제 1항제 6호 및 제7호의 규정에 의한 자산 (금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있 어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산 - 20 - 한 금액을 시가로 한다 . 1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100 분의 50 에 상 당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정 기예금이자율을 곱하여 산출한 금액 2. 건설 기타 용역을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 용역의 제공에 소요된 금액 (직접비 및 간접비를 포함하며, 이하 이 호에서 “원가 ”라 한다 )과 원가에 당해 사업연도 중 특수관계 인 외의 자에게 제공한 유사한 용역제공거래에 있어서의 수익률(기업회계기준에 의하여 계 산한 매출액에서 원가를 차감한 금액을 원가로 나눈 율을 말한다)을 곱하여 계산한 금액을 합한 금액 . 끝.